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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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15301#
发表于 Post on 2022-5-14 14:51:53 | 只看该作者 Only view this author

激发能求算

请问计算ΔEst一般是将S1态和T1态进行结构优化之后求算绝热差值更有意义还是利用已优化结构的S0态分别求算S1和T1态能量更有意义呢?利用td计算S1态和T1态能量是计算的垂直激发能吗?

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15302#
发表于 Post on 2022-5-14 14:57:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-5-14 14:59 编辑

哪种做法更有意义,取决于研究目的,不可一概而论。在一个结构下做TDDFT单点计算,得到的是垂直gap。参考我写的这篇《单-三态gap计算中的常见问题
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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15303#
发表于 Post on 2022-5-14 22:46:34 | 只看该作者 Only view this author
请问若利用第一性原理程序算出晶体的能量,代入社长ppt中提到的生成焓计算公式,是否能直接得到该物质在固态条件下的生成焓呢。

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15304#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-14 23:00:57 | 只看该作者 Only view this author
luzujia 发表于 2022-5-14 22:46
请问若利用第一性原理程序算出晶体的能量,代入社长ppt中提到的生成焓计算公式,是否能直接得到该物质在固 ...

可以。这里假定你说的能量是指焓

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发表于 Post on 2022-5-15 20:46:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-14 10:51
这不属于量化问题,应当发到第一性原理板块

好的,老师,不好意思。

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发表于 Post on 2022-5-16 15:05:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-14 10:50
大概率是做了二面角扫描,取其中极大点当过渡态初猜,做CBS-QB3计算过程中优化了过渡态、做了振动分析并 ...

谢谢sob老师。再追问一下您指的极大点是扫描曲线上的能量最高点吗?稳定结构不都想让能量低吗,为啥要选取极大点呢?麻烦老师解答,谢谢

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发表于 Post on 2022-5-16 15:18:49 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,对过渡态初步优化(有虚频)、扫描后的结构(以扫描后的结构作为过渡态),再利用CBS-QB3计算单点能。CBS-QB3方法也是自带优化的,但是在gaussview的result查看振动频率时候发现没有虚频,这种情况是正常的吗,还是说CBS-QB3这里也要出现虚频才说明过渡态找对了呢?谢谢老师。

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15308#
发表于 Post on 2022-5-16 15:37:53 | 只看该作者 Only view this author
请问一下我在Gaussuan 09 D.01 和 E.01 版本下算同一个sp任务,
输入行如下:
#sp wb97xd/def2tzvpp scrf=(smd,solvent=toluene)
算出的电子能量差了0.0003a.u. ,也就是差了0.2kcal/mol。
我知道G16和G09的能量不能直接比较,不同小版本的计算结果也不能直接比较吗?

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发表于 Post on 2022-5-16 15:51:56 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-5-16 08:05
谢谢sob老师。再追问一下您指的极大点是扫描曲线上的能量最高点吗?稳定结构不都想让能量低吗,为啥要选 ...

因为你要算的是过渡态,过渡态不是能量局部极小值点。只要了解过渡态的定义就知道为什么要找极大点。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-5-16 15:52:47 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-5-16 08:18
请教老师,对过渡态初步优化(有虚频)、扫描后的结构(以扫描后的结构作为过渡态),再利用CBS-QB3计算单 ...

必须结构优化收敛,且有且仅有一个虚频,才是过渡态。这一点不随计算方法是否自带结构优化而改变
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-5-16 16:27:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2022-5-16 16:40 编辑
wzkchem5 发表于 2022-5-16 15:51
因为你要算的是过渡态,过渡态不是能量局部极小值点。只要了解过渡态的定义就知道为什么要找极大点。

谢谢老师回复。过渡态理论中的过渡态指反应物转变成产物的过程中,经过的能量最高状态(或称活化络合物)。借助柔性扫描可以帮助寻找过渡态,最高点的结构如果合理的话可以作为过渡态的初猜。

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发表于 Post on 2022-5-16 16:32:18 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-16 15:52
必须结构优化收敛,且有且仅有一个虚频,才是过渡态。这一点不随计算方法是否自带结构优化而改变

老师,对于这个初步优化有虚频,CBS-QB3计算完了没虚频的情况:如果我没有使用这个组合方法优化+单点计算,就只计算单点(CBS-QB3=SP),仍然以初步优化的虚频作为过渡态的证明,这样在CBS-QB3的结果就不包括频率,自然也无法出现上述没虚频的问题,那不就矛盾了吗?

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发表于 Post on 2022-5-16 17:44:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2022-5-16 10:46 编辑
糖糖糖豆9988 发表于 2022-5-16 09:32
老师,对于这个初步优化有虚频,CBS-QB3计算完了没虚频的情况:如果我没有使用这个组合方法优化+单点计算 ...

什么和什么矛盾?
一个结构在某个理论级别下有虚频、在另一个理论级别下没有虚频,是正常的,说明两个理论级别中有一个不可信。此时应当取其中理论级别较高的那个,或者另做一个比两个理论级别都要高的计算来确定哪个靠谱。
当然也有一定概率是CBS-QB3直接优化也是能找到过渡态的,但结构和你初步优化差得比较远,所以即便以初步优化的结构为初猜,也找不到这个过渡态。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-5-16 18:04:21 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我想用力场算3d过渡金属MOF催化的反应,从文献中得到了相应的力场,我该用什么软件进行计算呀?高斯可以算吗?

问题1.PNG (31.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 67)

问题1.PNG

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-17 02:16:54 | 只看该作者 Only view this author
harrisonmo 发表于 2022-5-16 15:37
请问一下我在Gaussuan 09 D.01 和 E.01 版本下算同一个sp任务,
输入行如下:
#sp wb97xd/def2tzvpp scrf= ...

没具体输出文件没法判断
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