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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-22 01:02:52 | 只看该作者 Only view this author
orangesea 发表于 2022-5-21 22:23
老师您好,在G16中使用了g09defaults关键词优化过渡态,但是出现了很小范围内的震荡,想尝试int=ultrafine ...

干嘛要和G09一致?
除非要精确重现G09的数据,否则,若没特殊情况就用G16默认设置,在合适情况下想适度节约时间再加个int=fine,甭用g09defaults
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-22 02:19:26 | 只看该作者 Only view this author
段家康 发表于 2022-5-21 13:45
最近优化一个两性分子的分子结构,但是一直都优化不出来,这是我的计算条件: # opt b3lyp/6-31g(d') scrf= ...

量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

若无特殊原因,不建议用6-31G(d')这种非主流基组,可能会糟审稿人吐槽
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发表于 Post on 2022-5-22 11:11:57 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,想问一下算IRC未报错就中断后想续算,但一续算就会出现这样子的问题,尝试过LQA/GS2/calcall都是出现这样子的报错,应该如何解决呢?输入文件:


输出文件



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发表于 Post on 2022-5-22 13:31:45 | 只看该作者 Only view this author
请问解压molclus后输入molclus指令出现molclus:command not found可能是由于什么原因呢?

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发表于 Post on 2022-5-22 15:09:55 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我计算U和La用了SDD赝势基组,应该引用哪些文献?BSE网站里的Stuttgart有好几个版本,我该如何选择呢?另外其作者官网我连不上没法查,好像需要科学上网。

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发表于 Post on 2022-5-22 15:16:38 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好!①请问在您关于TST法计算反应速率的博文中(http://sobereva.com/310),公式的e的指数部分为-delt-G/(kb*T),,而在表格中(http://sobereva.com/soft/TSTcalculator.xlsx)我把它抄出来发现为-deltG/((R/1000)*T),这个变形是怎么做的,小弟实在没看出来,麻烦您了。②我用的是液相双分子的那个表格,这里为什么没有原公式中的(RT/P0)^delt n这一内容。

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发表于 Post on 2022-5-22 16:00:14 | 只看该作者 Only view this author
taotaoguo 发表于 2022-5-22 06:31
请问解压molclus后输入molclus指令出现molclus:command not found可能是由于什么原因呢?

假设你用的是linux。有两种正确调用molclus的方法
(1)把molclus所在的路径添加到PATH变量,然后输入molclus
(2)在molclus所在的路径下输入./molclus,此时不需要设置PATH变量,但注意"./"是必不可少的
如果没有设置PATH变量,但又没加"./",就会导致你说的报错
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-5-22 21:14:34 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-22 16:00
假设你用的是linux。有两种正确调用molclus的方法
(1)把molclus所在的路径添加到PATH变量,然后输入mo ...

按照您的方法操作已经解决了,非常感谢!

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发表于 Post on 2022-5-22 21:20:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 taotaoguo 于 2022-5-22 23:52 编辑

请问为何我使用molclus调用高斯进行计算的时候(直接使用高斯计算时情况相同),总是只能使用一个核进行计算呢?应该如何设置才能使用所有的核进行计算?D:\\1

屏幕截图 2022-05-22 210840.png (28.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

任务管理器截图

任务管理器截图

屏幕截图 2022-05-22 211747.png (5.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

template.gjf文件截图

template.gjf文件截图

屏幕截图 2022-05-22 211837.png (12.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

是否是因为其他软件的环境变量设置导致该问题?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-23 00:44:07 | 只看该作者 Only view this author
taotaoguo 发表于 2022-5-22 21:20
请问为何我使用molclus调用高斯进行计算的时候(直接使用高斯计算时情况相同),总是只能使用一个核进行计 ...

我不知道你在什么环境下运行的,虚拟机、WSL还是什么情况
输出文件一开始会显示当前用多少核并行,先看看输出文件的信息对不对
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-23 00:46:41 | 只看该作者 Only view this author
Lyy1 发表于 2022-5-22 11:11
老师们好,想问一下算IRC未报错就中断后想续算,但一续算就会出现这样子的问题,尝试过LQA/GS2/calcall都是 ...

以正常结束方式中断说明Gaussian已经认为走到了距离极小点很近的位置
如果从过渡态开始刚跑一两步就自动停了,怎么解决下文明确说了
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
用restart根本没用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-23 00:47:56 | 只看该作者 Only view this author
游客,本帖隐藏的内容需要积分高于 25 才可浏览,您当前积分为 0

看Gaussian手册搞清楚SDD关键词对应哪种赝势版本,然后去Stuttgart网站上选相应版本的赝势,引页面上显示的文章
BSE上的Stuttgart赝势种类不全


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-23 00:53:59 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-5-22 15:16
老师,您好!①请问在您关于TST法计算反应速率的博文中(http://sobereva.com/310),公式的e的指数部分为- ...

分母是什么取决于deltaG的单位。指数项必须无量纲,这是基本常识
除以1000用来转换单位

气相才需要明确写那一项
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发表于 Post on 2022-5-23 11:44:39 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 taotaoguo 于 2022-5-23 11:52 编辑
sobereva 发表于 2022-5-23 00:44
我不知道你在什么环境下运行的,虚拟机、WSL还是什么情况
输出文件一开始会显示当前用多少核并行,先看 ...

我使用的是wsl2,跑了一整个晚上还没有跑完我就终止任务了,这样还能看到输出文件吗?非常抱歉我是纯小白,很多东西都搞不清楚。以下是gau.out和out.txt的截图,不知是否有用。

gau.out.png (8.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

gau.out文件

gau.out文件

out.txt.png (21.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

out.txt文件

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发表于 Post on 2022-5-23 15:40:51 | 只看该作者 Only view this author
请问,羟基自由基加成到下图的紫圈所在的碳上,单电子应该加到图中绿圈所在的碳上,还是篮圈所在的碳上,这个怎么判断,谢谢大佬!

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