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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-5-23 16:03:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-5-23 16:05 编辑
WOOOOWOOOO 发表于 2022-5-23 15:40
请问,羟基自由基加成到下图的紫圈所在的碳上,单电子应该加到图中绿圈所在的碳上,还是篮圈所在的碳上,这 ...

经典理论分析,既可以在紫圈所在的C的邻位,也可以在紫圈所在C的对位。
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发表于 Post on 2022-5-23 16:24:48 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-5-23 16:03
经典理论分析,既可以在紫圈所在的C的邻位,也可以在紫圈所在C的对位。

好的,谢谢呢。请问这种情况怎么讨论呀,Gussian又不能选择单电子所处的位置。这个苯环上的6个位置的加成我都做了,如果按照三个可能的位置,感觉工作量有点大的呀哈哈哈。

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发表于 Post on 2022-5-23 16:34:25 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-5-23 16:24
好的,谢谢呢。请问这种情况怎么讨论呀,Gussian又不能选择单电子所处的位置。这个苯环上的6个位置的加成 ...

Gaussian不需要选择单电子所处位置,因为本身就是一坨电子云。OH还可以加到苯环旁的双键上,有可能顺便再脱个羧啥的。至于OH与你的分子生成的可爱自由基后续再怎么反应,的确有N个通道
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发表于 Post on 2022-5-23 16:43:09 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-5-23 16:34
Gaussian不需要选择单电子所处位置,因为本身就是一坨电子云。OH还可以加到苯环旁的双键上,有可能顺便再 ...

大佬,我的研究思路第一步,就是先把羟基自由基与此分子的第一步反应研究了,就是抽氢和加成,然后在研究后续的问题。我今天在画图以及总结加成反应的时候发现,OH是我自己确定加到哪里的,然后让Gaussian去算就好了,但是单电子不确定(就如您所说,存在3个可能的位置)。如果不考虑后续研究的话,比如就单说我图中所问问题,这个单电子应该加在哪里或者说加到哪个位置的可能性更大,有什么方法给确定一下吗?

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发表于 Post on 2022-5-23 16:55:50 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-5-23 16:43
大佬,我的研究思路第一步,就是先把羟基自由基与此分子的第一步反应研究了,就是抽氢和加成,然后在研究 ...

我觉得可以用自旋密度查看,
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
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发表于 Post on 2022-5-23 17:00:18 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-5-23 16:55
我觉得可以用自旋密度查看,
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.co ...

好的,我去试试,谢谢您

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发表于 Post on 2022-5-23 22:47:19 | 只看该作者 Only view this author

优化激发态关键词问题

在优化激发态势时,比如优化S1态时使用了opt=calcfc,优化T1时使用了opt=gdiis(因为各自都出现了不收敛或者虚频情况,所以加了关键词),这种情况会不会导致S1和T1态出现的偏差比原本更大?如果两个态优化时都用一样的关键词,偏差会不会变小?

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发表于 Post on 2022-5-23 23:18:29 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-5-23 16:55
我觉得可以用自旋密度查看,
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.co ...

我研究了以下您推荐我的文章,我将我所有加成反应产物的自旋布局(log文件中Mulliken charges and spin densities)看了一下,真就是邻位以及对位的数值比较大,在这种情况下不考虑后续反应的话我要怎么去形容我的产物的单电子状态呢,就是如何作图,那个单电子的点怎么画呢?
还有一个问题,直接看图,当羟基加成到紫圈的位置时,最大自旋布局数出现在了红圈所在的氮原子上,达到了0.5几,理应不是双键另外一头的氧原子吗,请问这个正常吗,是什么原理呢?

)5SXVC9J@GJ~Y4T0$U5OG6I.png (15.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

)5SXVC9J@GJ~Y4T0$U5OG6I.png

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发表于 Post on 2022-5-23 23:19:54 | 只看该作者 Only view this author
原理上来说不会

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-24 01:25:18 | 只看该作者 Only view this author
taotaoguo 发表于 2022-5-23 11:44
我使用的是wsl2,跑了一整个晚上还没有跑完我就终止任务了,这样还能看到输出文件吗?非常抱歉我是纯小白 ...

Gaussian根本没开始算,安装有问题
先确Gaussian能手动正常运行再用molclus
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-24 01:26:49 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-5-23 23:18
我研究了以下您推荐我的文章,我将我所有加成反应产物的自旋布局(log文件中Mulliken charges and spin d ...

那叫自旋布居
单一Lewis结构根本没法严格描述单电子的分布。若非得画,通常哪个原子自旋布居最大画在哪就完了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-24 03:39:11 | 只看该作者 Only view this author
basketball 发表于 2022-5-23 22:47
在优化激发态势时,比如优化S1态时使用了opt=calcfc,优化T1时使用了opt=gdiis(因为各自都出现了不收敛或 ...

原理上只影响优化收敛过程,不影响结果
不得24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里同一问题,注意看群文件里群规,以及论坛置顶的论坛新社员必读贴
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发表于 Post on 2022-5-24 06:50:11 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-5-23 23:18
我研究了以下您推荐我的文章,我将我所有加成反应产物的自旋布局(log文件中Mulliken charges and spin d ...

我也觉得奇怪,按理说OH加到羧基的碳上,羰基另一头的氧原子是开壳层,单电子理应在氧原子上,而且机理上这个反应通道最终往往是羟基脱落。上个自旋密度图看看。各位老师过来瞄一下。
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发表于 Post on 2022-5-24 09:37:28 | 只看该作者 Only view this author
想请教老师,①文献里的公式6是进行能量校正吗?如果是的话,校正的含义是什么呢?②黄色部分提到每个能量都是在B3LYP/6-31G(d,p)水平计算的,可看起来只有公式的最后一项振动零点能是在B3LYP/6-31G(d,p)水平计算,那么如何理解黄色部分呢?希望老师解惑,谢谢。

202205240933362371..png (46.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

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发表于 Post on 2022-5-24 11:09:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 WOOOOWOOOO 于 2022-5-24 11:15 编辑
chands 发表于 2022-5-24 06:50
我也觉得奇怪,按理说OH加到羧基的碳上,羰基另一头的氧原子是开壳层,单电子理应在氧原子上,而且机理上 ...

大佬,图来了,羟基加成的位置我画出来了

自旋密度图.png (263 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

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