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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-6-11 21:23:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-11 15:22
一般说的BDE用焓来求差,作为近似可以用电子能量求差
通常优化完了应当用更高级别算单点
浅谈为什么优 ...

好的 谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-6-12 10:11:23 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,目前我在使用poly rate进行速率计算,目前的计算结果和理论有些差异,所以在检查输入文件的数据获取的是否正确。目前我写输入文件时Grad关键词用的是Gaussian的fchk文件中 Cartesian Gradient  的数据;Hessian关键词目前用的是Gaussian的fchk文件中Cartesian Force Constants 部分,都是直接复制过去的,grad的单位设置为bohr,hessian的单位设置为bohr。请问这样是否正确呢?

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发表于 Post on 2022-6-12 10:16:43 | 只看该作者 Only view this author

使用Gaussian优化分子结构,利用Gaussview打开时出现警告对话框

请问老师,利用Gaussian优化分子结构,优化结束后,利用Gaussview打开时出现警告了对话框,请问老师是哪里出现了问题?

1.png (85.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

优化分子结构时,使用的基组

优化分子结构时,使用的基组

2.png (103.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

需要优化的分子结构,红色是氧,黄色是磷

需要优化的分子结构,红色是氧,黄色是磷

3.png (22.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

优化之后,出现的警告

优化之后,出现的警告

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15619#
发表于 Post on 2022-6-12 11:22:58 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,请问下图加成反应中氧气应该是单重态还是多重态?
我可能的做法如下:①首先优化一个氧气分子,其电荷和自旋多重度应该设置为0 1(单重态) 或者0 3(三重态)
②氧气与N中心自由基进行过渡态搜索,此时体系自旋多重度应为0 2(单重态)或者0 4(三重态)?
③做IRC,找到反应物与产物
请问这个过程对吗;还有我在计算过程中应该用几重态?

N中心自由基与氧气.png (16.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

N中心自由基与氧气.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-12 11:46:11 | 只看该作者 Only view this author
涵zhouzhou 发表于 2022-6-12 10:16
请问老师,利用Gaussian优化分子结构,优化结束后,利用Gaussview打开时出现警告了对话框,请问老师是哪里 ...

无视
直接OK
以后量化程序的问题绝对不要发到“第一性原理”板块
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2022-6-12 15:54:06 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-6-12 04:22
各位老师好,请问下图加成反应中氧气应该是单重态还是多重态?
我可能的做法如下:①首先优化一个氧气分子 ...

三重态,因为(1)氧气的基态是三重态,所以常温下几乎所有氧气分子在没有光激发的时候都是三重态;(2)你这个反应很容易发生,即便基态氧气也能发生,不需要被激发到激发态再发生。所以参与你这个反应的氧气分子也几乎都是三重态。
确定自旋多重度应该始终用 自旋向上的单电子数-自旋向下的单电子数+1 的方法(起码对于基态DFT计算是这样的,其他类型的计算怎么判断你暂时不用学)。你这里已经把各个物种的最主要共振式画出来了,那就自己数单电子就行了。不要直接记结论,要记判断的方法,不然下次你遇到别的体系又不会判断了。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-6-12 15:55:59 | 只看该作者 Only view this author
bxpu 发表于 2022-6-12 03:11
各位老师好,目前我在使用poly rate进行速率计算,目前的计算结果和理论有些差异,所以在检查输入文件的数 ...

有差异是多大差异?理论是什么理论?
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-6-12 16:08:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 WOOOOWOOOO 于 2022-6-12 19:31 编辑
wzkchem5 发表于 2022-6-12 15:54
三重态,因为(1)氧气的基态是三重态,所以常温下几乎所有氧气分子在没有光激发的时候都是三重态;(2) ...

非常感谢,谢谢大佬!那我这个体系在算过渡态的时候,自旋多重度应该是4?就是一个自由基+三重态氧气的反应的自旋多重度也是看单电子?

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发表于 Post on 2022-6-12 16:41:35 | 只看该作者 Only view this author

几何优化和单点能计算

在几何优化和单点能计算时,看相关教程时上面写道要加D3校正,和溶剂,即em=gd3bj, scrf=(smd,solvent=THF)
想请教一下,D3校正必须要加吗?溶剂是根据什么确定的,可以不加溶剂吗?

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发表于 Post on 2022-6-12 17:24:18 | 只看该作者 Only view this author
如果有弱相互作用,建议加色散校正,加了没坏处。你加的体系有溶剂就加溶剂。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-6-12 21:46:10 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-6-12 09:08
非常感谢,谢谢大佬!那我这个体系在算过渡态的时候,自旋多重度应该是4?就是一个自由基+三重态氧气的反 ...

不对。注意一个分子虽然单独算的时候单电子自旋可能向上,但是参与反应的时候可能自旋是向下的。所以一定要画出过渡态的共振式,数过渡态的自旋向上、向下的单电子数,单是知道各个反应物的自旋向上、向下的单电子数是不够的
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-12 22:56:35 | 只看该作者 Only view this author
weifujing 发表于 2022-6-12 16:41
在几何优化和单点能计算时,看相关教程时上面写道要加D3校正,和溶剂,即em=gd3bj, scrf=(smd,solvent=THF) ...

谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html

溶剂下研究的各种问题,图保险就始终带上溶剂模型,虽然很多情况不是必须的,但初学者往往缺乏判断能力,索性始终都带着
更多的看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
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发表于 Post on 2022-6-13 09:17:22 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-6-12 17:24
如果有弱相互作用,建议加色散校正,加了没坏处。你加的体系有溶剂就加溶剂。

请问这个溶剂是指单晶晶体是从哪个溶剂中结晶得到的吗?我只是想对不同晶型的分子进行几何优化和单点能计算,然后去获得分子表面静电势和HOMO-LUMO gap

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发表于 Post on 2022-6-13 09:42:43 | 只看该作者 Only view this author
weifujing 发表于 2022-6-13 09:17
请问这个溶剂是指单晶晶体是从哪个溶剂中结晶得到的吗?我只是想对不同晶型的分子进行几何优化和单点能计 ...

不是。举例说,你要算气相的苯分子,就不用加溶剂模型,你要算溶解在乙醇中的苯分子,就要加溶剂模型,并将溶剂设为乙醇。如果不同晶型的晶体溶解在溶剂中,分散成相同的溶质分子,你只考虑溶质分子,就不用考虑晶型。如果你要考虑同一物种在不同溶剂中结晶形成不同晶型,而且晶体中还有溶剂分子的情况,这很复杂,建议开新帖,详细具体描述你的体系。
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发表于 Post on 2022-6-13 14:19:31 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢

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