简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-2 18:37:08

Lucas_xin 发表于 2022-7-2 10:55
清这个tmp目录我得找管理员。请问是openmpi会把临时文件设在tmp目录下吗？然后跑完会自动清空吗？

对，理论上应该可以改成把临时文件放在其他地方，这个得看openmpi手册

hlju-qq · 发表于 Post on 2022-7-2 19:50:33

老师好,想请问一下,如果我合成出了一个分子,如何用计算来体现分子的刚性和聚集诱导?

化小白 · 发表于 Post on 2022-7-2 22:53:24

wzkchem5 发表于 2022-7-2 15:37
找不到过渡态不代表这个反应不能发生。
A+B -> C+D没有过渡态且能量一直上升，表示如果你把C和D静止地放 ...

老师，这样说的话感觉不太能够说服审稿人吧，而且有点牵强，并且也没有准确解释三氟乙醇负离子是怎么来的

chands · 发表于 Post on 2022-7-2 23:34:09

化小白发表于 2022-7-2 22:53
老师，这样说的话感觉不太能够说服审稿人吧，而且有点牵强，并且也没有准确解释三氟乙醇负离子是怎么来的

楼上是对的。不过你在体系里是不是加了什么碱（据几天前的帖子是OAc-)，通常溶液中酸碱质子转移反应足够快，在达到平衡的情况下是会有三氟乙醇负离子的（只是多少的问题）

liang666 · 发表于 Post on 2022-7-2 23:42:55

老师，我想计算一下吡咯质子化的结构，请问在建模的时候，是按照正常的吡咯结构搭建，然后把电荷设置为1么？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-3 00:03:21

化小白发表于 2022-7-2 15:53
老师，这样说的话感觉不太能够说服审稿人吧，而且有点牵强，并且也没有准确解释三氟乙醇负离子是怎么来的

你就说，按你一开始算的分步反应是有可能的、但直接夺氢的途径也不能排除，就行了。本来对于大多数反应而言，质子怎么传递的都不是很重要，只要始态给定、终态给定，而且已知存在一条路径可以很容易地把质子传递过去的话，是否存在第二条更容易的途径不太重要，一般不影响对机理的解读，做有机的人也不太关心。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-3 00:04:06

liang666 发表于 2022-7-2 16:42
老师，我想计算一下吡咯质子化的结构，请问在建模的时候，是按照正常的吡咯结构搭建，然后把电荷设置为1么 ...

不是，必须把质子也画上。结构不变的情况下把电荷加1，代表的是拿掉一个电子变成自由基阳离子，而不是质子化。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-3 00:05:22

hlju-qq 发表于 2022-7-2 12:50
老师好,想请问一下,如果我合成出了一个分子,如何用计算来体现分子的刚性和聚集诱导?

这个取决于你要研究的是聚集诱导什么。聚集诱导发光、聚集诱导猝灭、乃至聚集诱导生色等等的计算方法都是不一样的。

liang666 · 发表于 Post on 2022-7-3 08:38:42

wzkchem5 发表于 2022-7-3 00:04
不是，必须把质子也画上。结构不变的情况下把电荷加1，代表的是拿掉一个电子变成自由基阳离子，而不是质 ...

老师请问，比如醋酸根离子和醋酸自由基形式，是不是建模时候都用醋酸，然后对于前者电荷和自旋多重度设置为-1 1 ，后者设置为0 2 呢

RES · 发表于 Post on 2022-7-3 13:08:38

请问各位老师，我们做频率优化计算的时候，类似石墨烯这样C原子不饱和的计算和计算氢化的饱和的结构有什么区别吗，在用Gaussian计算的时候会有不一样的设置或者是关键词吗？

hlju-qq · 发表于 Post on 2022-7-3 14:01:12

wzkchem5 发表于 2022-7-3 00:05
这个取决于你要研究的是聚集诱导什么。聚集诱导发光、聚集诱导猝灭、乃至聚集诱导生色等等的计算方法都是 ...

老师好,主要想研究聚集诱导猝灭.

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-3 15:21:27

liang666 发表于 2022-7-3 01:38
老师请问，比如醋酸根离子和醋酸自由基形式，是不是建模时候都用醋酸，然后对于前者电荷和自旋多重度设置 ...

都用醋酸少了那个质子的结构。其他方面你说的是对的

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-3 15:22:50

RES 发表于 2022-7-3 06:08
请问各位老师，我们做频率优化计算的时候，类似石墨烯这样C原子不饱和的计算和计算氢化的饱和的结构有什么 ...

在电荷和自旋多重度设定正确的情况下，没有任何区别。如果要说有区别就是SCF计算、结构优化收敛的难易程度不同，导致需要加不同的关键词来帮助收敛，但是并不是必然这样的，同一套关键词能同时收敛两者也是可能的。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-3 15:28:47

hlju-qq 发表于 2022-7-3 07:01
老师好,主要想研究聚集诱导猝灭.

分别对单体和二聚体用https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpclett.0c02054的方法计算荧光量子产率，看二聚体比单体低多少倍，就行了

RES · 发表于 Post on 2022-7-3 16:22:01

wzkchem5 发表于 2022-7-3 15:22
在电荷和自旋多重度设定正确的情况下，没有任何区别。如果要说有区别就是SCF计算、结构优化收敛的难易程 ...

多谢老师，我明白了。

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