简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

忘不掉的回忆 · 发表于 Post on 2022-7-1 21:29:43

wzkchem5 发表于 2022-6-29 20:26
可以，但是因为单点能即便加大基组一般也比opt+freq快，所以不如用更高精度的方法算单点能，比如用双杂化 ...

谢谢老师

忘不掉的回忆 · 发表于 Post on 2022-7-1 21:36:46

请教老师一个问题，我用M06-2X-D3/6-311+G**算了五个能量最低的双分子构型（考虑了BSSE校正），图片是五个构型的能量截图，能量最低的构型相互作用能并不是最低的。
请问老师，相互作用能最低的构型才是最稳定的构型?
也就是构型3才是最稳定的？谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-1 21:41:15

忘不掉的回忆发表于 2022-7-1 14:36
请教老师一个问题，我用M06-2X-D3/6-311+G**算了五个能量最低的双分子构型（考虑了BSSE校正），图片是五 ...

用counterpoise corrected energy加上自由能校正量来判断。这里的complexation energy指的是两个片段没有relax到自由片段结构的情况下算出来的结合能，而只有当片段relax到自由片段结构的情况下，算出来的能量才是和稳定性挂钩的（但正如我所说，还得加自由能校正量）

忘不掉的回忆 · 发表于 Post on 2022-7-1 21:58:01

wzkchem5 发表于 2022-7-1 21:41
用counterpoise corrected energy加上自由能校正量来判断。这里的complexation energy指的是两个片段没有 ...

请问老师，自由能校正量如何添加和使用？谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-1 23:03:57

忘不掉的回忆发表于 2022-7-1 14:58
请问老师，自由能校正量如何添加和使用？谢谢老师

http://sobereva.com/552

Marucs · 发表于 Post on 2022-7-2 09:17:01

sobereva 发表于 2022-7-1 20:12
写计算化学文章时引用理论方法、基组、程序时应注意的问题
http://sobereva.com/370（http://bbs.keinsc ...

谢谢老师

化小白 · 发表于 Post on 2022-7-2 09:41:05

wzkchem5 发表于 2022-6-27 15:12
还是那个问题：什么叫容易？
你把【OAc-先夺有机物的氢，然后有机物夺三氟乙醇的氢】的总自由能变算一下 ...

老师，我还是感觉OAc-无法夺取三氟乙醇的氢，因为弱酸不能制强酸吧，而且也找不到这个反应的过渡态，柔性扫描也证明这个过程时难以发生的，既然难以发生，那三氟乙醇负离子就很难被解离出来，从而无法进行后续反应

忘不掉的回忆 · 发表于 Post on 2022-7-2 10:40:27

wzkchem5 发表于 2022-7-1 23:03
http://sobereva.com/552

谢谢老师，那我是不是也可以使用Gaussian 09W对每个构型做频率分析，对比
EE + Thermal Free Energy Correction 后面的数据？谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-2 14:46:05

化小白发表于 2022-7-2 02:41
老师，我还是感觉OAc-无法夺取三氟乙醇的氢，因为弱酸不能制强酸吧，而且也找不到这个反应的过渡态，柔性 ...

弱酸不能制强酸，指的是弱酸不能用来定量地制备纯的强酸溶液，但是不排除可以得到低浓度的强酸。不然的话你可以想想，既然OAc-夺取三氟乙醇的氢是弱酸制强酸，那么OAc-夺取有机物的氢、有机物负离子再夺取三氟乙醇的氢，这两步反应里至少有一步也必然是弱酸制强酸，为什么后者就可以发生呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-2 14:46:59

忘不掉的回忆发表于 2022-7-2 03:40
谢谢老师，那我是不是也可以使用Gaussian 09W对每个构型做频率分析，对比
EE + Thermal Free Energy Cor ...

对，但需要注意你的体系能不能用RRHO，如果不能，必须改用Shermo做QRRHO计算

化小白 · 发表于 Post on 2022-7-2 15:23:00

wzkchem5 发表于 2022-7-2 14:46
弱酸不能制强酸，指的是弱酸不能用来定量地制备纯的强酸溶液，但是不排除可以得到低浓度的强酸。不然的话 ...

老师，你说得对，但是我确实找不到OAc-夺三氟乙醇氢的过渡态，这也就不知道三氟乙醇负离子的来源，现在就在发愁从哪里得到三氟乙醇负离子

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-2 15:37:39

化小白发表于 2022-7-2 08:23
老师，你说得对，但是我确实找不到OAc-夺三氟乙醇氢的过渡态，这也就不知道三氟乙醇负离子的来源，现在就 ...

找不到过渡态不代表这个反应不能发生。
A+B -> C+D没有过渡态且能量一直上升，表示如果你把C和D静止地放在一起，它们会自发变成A+B。但是如果A和B碰撞的速度足够快，仍然有可能生成C+D，而且只要C和D有一定的互相远离的速度（也就是它们短时间内碰不到一起去），你仍然可以起码暂时地得到产物C+D。好比你从地球飞上太空是能量一直上升、没有能垒的过程，但这不代表载人航天是不可能的。

Lucas_xin · 发表于 Post on 2022-7-2 16:50:24

请问orca多核并行这样子出错是空间不足吗？之前一直没问题的，用单核也可以跑。这个tmp是哪个目录下面的临时文件啊？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-2 16:57:07

Lucas_xin 发表于 2022-7-2 09:50
请问orca多核并行这样子出错是空间不足吗？之前一直没问题的，用单核也可以跑。这个tmp是哪个目录下面的临 ...

对，硬盘空间不足
/tmp目录就是/tmp目录，把/tmp下的文件删一删

Lucas_xin · 发表于 Post on 2022-7-2 17:55:10

wzkchem5 发表于 2022-7-2 16:57
对，硬盘空间不足
/tmp目录就是/tmp目录，把/tmp下的文件删一删

清这个tmp目录我得找管理员。请问是openmpi会把临时文件设在tmp目录下吗？然后跑完会自动清空吗？

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