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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-7-3 21:58:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hlju-qq 于 2022-7-3 22:21 编辑
wzkchem5 发表于 2022-7-3 15:28
分别对单体和二聚体用https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpclett.0c02054的方法计算荧光量子产率,看 ...

感谢老师,那刚性呢?如何用计算体现??(http://bbs.keinsci.com/thread-1551-1-1.html)这篇帖里所询问的是参数相关,但是具体的计算过程好像并没有提到,

其中sob老师回复:可以做从头算动力学,然后计算出这一部分的RMSF(根均方波动)。RMSF在MD研究蛋白质的时候经常用来衡量蛋白质不同区段的柔性。
如果不做动力学,也可以尝试看看相关模式的振动频率,振动频率高说明力常数大,刚性强。

指的是特定部分的刚性强度,如果我对整个分子的刚性进行分析呢?  或者我整个分子上引入了某个基团,然后想证明他提高了我刚性,这要怎么体现?能有具体数值衡量吗?
sob老师里面提到的相关模式指的是什么?

劳烦老师解答一下.

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发表于 Post on 2022-7-3 23:59:25 | 只看该作者 Only view this author

gaussview6 打不开了

在一次计算过程中电脑主板烧了,于是换了主板,重新进系统后gaussview就再也打不开了。进任务管理器发现gaussview运行后就自动关闭了。
尝试了把系统从win10升级到win11。把guassview卸载重装,以及卸载gaussian(卸载gassian后打开gaussview会正常报错提示找不到gaussian啥的,但依然打不开、)。

不知道有没有人遇到类似的事情,该如何解决呢?

目前的电脑配置
主板是联想C422
CPU是W-2191b

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发表于 Post on 2022-7-4 00:01:34 | 只看该作者 Only view this author
老师,问个问题,我是Mac用户,从官网上下的最新软件包,但是打不开Multiwfn,显示文本编码Unicode (UTF-8)不适用。这个如何解决?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-4 01:04:02 | 只看该作者 Only view this author
Zonglun 发表于 2022-7-4 00:01
老师,问个问题,我是Mac用户,从官网上下的最新软件包,但是打不开Multiwfn,显示文本编码Unicode (UTF-8) ...

Multiwfn的问题别在此帖问,本帖1L明确说了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-4 01:04:47 | 只看该作者 Only view this author
BzForte 发表于 2022-7-3 23:59
在一次计算过程中电脑主板烧了,于是换了主板,重新进系统后gaussview就再也打不开了。进任务管理器发现gau ...

记住Gaussian、GaussView怎么拼

完整重新装操作系统
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-4 01:07:30 | 只看该作者 Only view this author
hlju-qq 发表于 2022-7-3 21:58
感谢老师,那刚性呢?如何用计算体现??(http://bbs.keinsci.com/thread-1551-1-1.html)这篇帖里所询问的是 ...

最直接的做法,拿xtb在GFN-xTB级别下跑动力学,然后统计RMSF,根本花不了什么时间。参考下文
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

对于容易旋转并从而导致构象显著变化的基团,可以考察旋转的势垒讨论构象变化难易。也可以用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)计算相应的二面角的力常数,力常数越大越难旋转

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发表于 Post on 2022-7-4 01:18:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-4 01:07
最直接的做法,拿xtb在GFN-xTB级别下跑动力学,然后统计RMSF,根本花不了什么时间。参考下文
使用Molclu ...

感谢sob老师的解答!

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发表于 Post on 2022-7-4 01:39:00 | 只看该作者 Only view this author
hlju-qq 发表于 2022-7-3 14:58
感谢老师,那刚性呢?如何用计算体现??(http://bbs.keinsci.com/thread-1551-1-1.html)这篇帖里所询问的是 ...

sob老师说的方法也可以用来衡量整体的刚性,完全一样的做法,完全一样的道理。
相关模式指的是和刚性关系最大的简正模,至于哪些简正模和刚性关系最大,需要你根据化学常识或者参考文献来判断。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-7-4 09:09:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-7-4 01:39
sob老师说的方法也可以用来衡量整体的刚性,完全一样的做法,完全一样的道理。
相关模式指的是和刚性关 ...

感谢老师!

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发表于 Post on 2022-7-5 10:32:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Dolantin 于 2022-7-5 10:39 编辑

请教一下大家,对于反应A+B=C+D,我先将A和B分子单独opt freq,再放在一块opt freq,发现可以直接优化到产物分子C、D,是说明该反应是没有过渡态吗?      如果没有过渡态,我需要计算反应的反应能,是取 反应物A+B放在一起opt freq的第一帧做单点计算,再取最后一帧做单点计算,最后做差吗?      
还是反应物分子不放在一块单独opt freq,单独做单点计算,将生成物分子的电子能量之和 减去反应物分子的电子能量和做差?


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发表于 Post on 2022-7-5 10:58:45 | 只看该作者 Only view this author
Dolantin 发表于 2022-7-5 10:32
请教一下大家,对于反应A+B=C+D,我先将A和B分子单独opt freq,再放在一块opt freq,发现可以直接优化到产物 ...

(1)不一定,因为你将A和B放在一起优化的初始结构可能已经接近产物(在过渡态之后),并不能说明没有过渡态。
(2)根据定义,反应的各种热力学状态函数的差值,是分别计算各个反应物和产物的热力学状态函数,然后相加减。所以要分开单独优化,如果你要算pre-cluster和post-cluster,那是另一回事。
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发表于 Post on 2022-7-5 21:55:53 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-7-5 10:58
(1)不一定,因为你将A和B放在一起优化的初始结构可能已经接近产物(在过渡态之后),并不能说明没有过 ...

(1) 那应该如何确定一个反应是否存在过渡态呢?我找了有段时间了,还是没啥进展
(2) pre-cluster和post-cluster中文译名是?是团簇方面的东西吗?找了好一会,还没不太明白。
量化新手,还请多多赐教,先感谢您啦

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发表于 Post on 2022-7-5 22:34:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-7-5 22:36 编辑
Dolantin 发表于 2022-7-5 21:55
(1) 那应该如何确定一个反应是否存在过渡态呢?我找了有段时间了,还是没啥进展
(2) pre-cluster ...

(1)先用opt=TS、opt=QST之类找,用opt=TS要猜一下过渡态结构(总之要有点物理直觉,也建议搜文献找类似体系的过渡态),
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2 QST3
http://sobereva.com/460
    如果找不到过渡态,建议柔性扫描,
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474
(2)pre-cluster和post-cluster我真的不知道中文术语。比如A和B反应,首先A和B相距无穷远,然后逐步靠近,可能先形成一个(A...B)结构,这个就是pre-cluster,假如反应后生成C和D,可能先有一个(C...D)结构,然后C和D再分开,这个(C...D)就是post-cluster。
有些文献叫 pre-reaction complex/post-reaction complex,pre-reaction state/post-reaction state。 刚查了IUPAC,叫pre-reactive complex/post-reactive complex,还是以IUPAC为准。
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发表于 Post on 2022-7-5 23:00:16 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,ORCA计算解析频率时如果单核分配内存较低是会运算的比较慢还是直接报错?

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发表于 Post on 2022-7-5 23:02:43 | 只看该作者 Only view this author
溪临昭煌 发表于 2022-7-5 16:00
请问各位老师,ORCA计算解析频率时如果单核分配内存较低是会运算的比较慢还是直接报错?

特别低会报错,低但不是非常低的话会比较慢。
这种问题自己算一下就知道了,尤其是具体低到什么程度会报错、低到什么程度会变慢,都是只能自己算了才知道
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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