简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

溪临昭煌 · 发表于 Post on 2022-7-6 09:18:29

wzkchem5 发表于 2022-7-5 23:02
特别低会报错，低但不是非常低的话会比较慢。
这种问题自己算一下就知道了，尤其是具体低到什么程度会报 ...

好的，谢谢老师，因为频率计算比较昂贵又不能从中断点继续所以没敢自己探索

Dolantin · 发表于 Post on 2022-7-6 09:25:53

chands 发表于 2022-7-5 22:34
（1）先用opt=TS、opt=QST之类找，用opt=TS要猜一下过渡态结构（总之要有点物理直觉，也建议搜文献找类似 ...

感谢您的解答！

吴双 · 发表于 Post on 2022-7-6 16:24:13

想跟各位老师请教一下，我想计算一个多金属氧酸盐的团簇，CrMo6O18(OH)63-，初始结构中Cr是+3价，后期想用H2O2 氧化这个团簇结构，这时候想查看一下Cr的化合价应该怎么用什么方法查看呢？（分析Cr的自旋密度可以么）

WOOOOWOOOO · 发表于 Post on 2022-7-6 16:38:52

本帖最后由 WOOOOWOOOO 于 2022-7-7 19:58 编辑

大佬们，我做如下加成反应的过渡态搜索，其中TS13、TS14均已找到，但是做TS12的时候发现原分子加成上去的氧气就直接与苯环分离了，然后再发生加成，而不是像TS13、TS14那样形成内环，这个要怎么处理呀，柔性扫描也是这样，氧直接分离成氧气分子。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-6 17:38:23

WOOOOWOOOO 发表于 2022-7-6 09:38
大佬们，我做如下加成反应的过渡态搜索，其中TS13、TS14均已找到，但是做TS12的时候发现原分子加成上去的氧 ...

可以试试从产物往反应物扫描

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-6 17:41:37

吴双发表于 2022-7-6 09:24
想跟各位老师请教一下，我想计算一个多金属氧酸盐的团簇，CrMo6O18(OH)63-，初始结构中Cr是+3价，后期想用H ...

分析自旋密度（准确来说是自旋布居数）可以，但是比较严格的方法是http://sobereva.com/362的方法。
不过前提是你已经知道氧化完的团簇长什么样，搞不好确定氧化完的团簇的结构（尤其是氢的数目和电荷数）才是最难的步骤。

吴双 · 发表于 Post on 2022-7-6 20:36:33

wzkchem5 发表于 2022-7-6 17:41
分析自旋密度（准确来说是自旋布居数）可以，但是比较严格的方法是http://sobereva.com/362的方法。
不 ...

好的谢谢老师

吴双 · 发表于 Post on 2022-7-6 20:44:33

想跟各位老师请教一个问题，就是我用高斯优化多金属氧酸盐团簇的时候，因为多酸内部包含过渡金属，所以涉及到优化不同自选多重度，我现在在优化的结构存在两种情况，二重态和四重态，四重态的结构很好优化，但是优化二重态的时候一直出现SCF不收敛的情况，因此我借鉴了http://sobereva.com/61 解决SCF不收敛问题的方法采用了其中的一些关键词，比如SCF=noincfock结果正常收敛了，但是我在二重态的势能面上其他结构并没有加SCF=noincfock这个关键词，为了保证在同一计算水平下，我是不是应该拿加了SCF=noincfock正常终止的结构，再在不加这个关键词的条件下重新优化一下。帖子上的关键词会对能量产生影响么？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-6 21:08:44

吴双发表于 2022-7-6 13:44
想跟各位老师请教一个问题，就是我用高斯优化多金属氧酸盐团簇的时候，因为多酸内部包含过渡金属，所以涉及 ...

不需要。默认的incremental Fock build指的是每若干步SCF迭代（比如10~20步）精确计算一次Fock矩阵，其余SCF步骤近似计算Fock矩阵，而SCF=noincfock指的是每一步都精确计算。不仅如此，这里的近似计算Fock矩阵引入的误差是随机误差而不是系统误差，在能量相减的时候不能抵消，所以但凡是靠谱的量化程序，incremental Fock build引入的误差都是小于SCF收敛阈值，或者至少和SCF收敛阈值在一个量级的。这就说明，加不加SCF=noincfock引入的误差至多和SCF收敛阈值在一个量级，也就是和SCF收敛误差在一个量级。既然SCF收敛误差是可以接受的，那么SCF=noincfock不统一引入的误差必然也是可以接受的。
要充分理解每个关键词的原理，才能判断一个关键词不统一是否影响能量的可比性。sob老师总结的那些关键词有的会影响能量的可比性（比如格点），但大部分都不影响。

吴双 · 发表于 Post on 2022-7-6 21:18:58

wzkchem5 发表于 2022-7-6 21:08
不需要。默认的incremental Fock build指的是每若干步SCF迭代（比如10~20步）精确计算一次Fock矩阵，其余 ...

老师那我如果采用了其他关键词（有些关键词如果我不太确定是否会对能量产生影响的情况下），是否可以采用取帖子中加入关键词正常终止的结构，去掉关键词进行统一优化的方式呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-6 21:51:15

吴双发表于 2022-7-6 14:18
老师那我如果采用了其他关键词（有些关键词如果我不太确定是否会对能量产生影响的情况下），是否可以采 ...

可以，但是建议还是先了解那个关键词的基本原理，确定那个关键词到底对能量有没有不可忽略的影响。要是没有影响的话，就省得再做计算了，而且是一劳永逸，以后遇到这个关键词都可以少做重复计算

吴双 · 发表于 Post on 2022-7-7 08:21:23

wzkchem5 发表于 2022-7-6 21:51
可以，但是建议还是先了解那个关键词的基本原理，确定那个关键词到底对能量有没有不可忽略的影响。要是没 ...

好的谢谢老师

Roonry · 发表于 Post on 2022-7-7 14:07:54

各位老师好，
1.我做的这个是乙烯醋酸乙烯，自己画了一个模型化合物，就是想问一下是不是还需要分别讨论乙酰基在同侧和不同侧的两种情况？就如下图所示的两种情况，两个乙酰基取代的氢是同侧还是异侧。
2.如果需要分别讨论，我应该怎么说哪种情况更可能？结合电子能量吗？
感谢各位老师指点

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-7 14:34:14

Roonry 发表于 2022-7-7 07:07
各位老师好，
1.我做的这个是乙烯醋酸乙烯，自己画了一个模型化合物，就是想问一下是不是还需要分别讨论乙 ...

需要。但是不能只由能量判断，原因是聚合物的立体异构往往是由动力学而非热力学决定的，也就是各种构型的比例主要取决于是怎么聚合的，聚合的时候加入不同的添加剂、催化剂，得到的构型都会不一样。所以要么查文献的实验结果，要么自己实验表征，要么就要计算这个聚合物的合成过程。

Roonry · 发表于 Post on 2022-7-7 16:08:41

wzkchem5 发表于 2022-7-7 14:34
需要。但是不能只由能量判断，原因是聚合物的立体异构往往是由动力学而非热力学决定的，也就是各种构型的 ...

好的谢谢您的指点

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

评分 Rate

浏览过的版块