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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-7-7 16:10:19 | 只看该作者 Only view this author
1.请问老师 吉布斯自由能计算 如A+B---->C+D
是不是单独优化A B C D 并计算单点能后,分别相加 让(C+D)相加 减去 (A+B)
而不是整体优化计算后相减
2.频率校正计算能量的时候 是不是只考虑ZPE校正因子
其他几个可以忽略? Fundamental 这个因子还需要校正吗?
谢谢各位老师!

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-7-7 18:05:47 | 只看该作者 Only view this author
liusci 发表于 2022-7-7 16:10
1.请问老师 吉布斯自由能计算 如A+B---->C+D
是不是单独优化A B C D 并计算单点能后,分别相加 让(C+D) ...

1. 是,否则就会把比如A和B相互作用的那部分能量算进去。
2. 有些文献只给出对ZPE的频率校正因子,有些文献会给出对ZPE, 焓变和熵变的校正因子,如果有三个校正因子(ZPE、焓、熵),那就全用上。
    基频(fundamental)的校正因子只是用来算频率的,不是用来算热力学校正量的。
    谈谈谐振频率校正因子
    http://sobereva.com/221
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-7-7 20:45:16 | 只看该作者 Only view this author
给位老师好!对于Gaussian16优化收敛的问题,学生想请各位老师给个意见,请大家多多批评!
如图所示,能量和受力总体处于下降趋势但是位移却很飘忽且受力下降有些慢,请问各位老师,这种情况我还有必要继续等吗?挺纠结的

202207072042562384..png (63.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 62)

能量

能量

202207072044177212..png (63.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

受力

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202207072044486745..png (84.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

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15964#
发表于 Post on 2022-7-7 23:42:29 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,已知输入结构相同,GAUSSIAN的计算方法是B3LYP-D3/6-31G**,ORCA的计算方法是B3LYP-D3/DEF2-SVP rijcosx,两种方法优化完之后得到的几何结构会几乎一致吗,还是不会一致,还是条件不充分没办法确定

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发表于 Post on 2022-7-7 23:56:59 | 只看该作者 Only view this author
溪临昭煌 发表于 2022-7-7 16:42
请问各位老师,已知输入结构相同,GAUSSIAN的计算方法是B3LYP-D3/6-31G**,ORCA的计算方法是B3LYP-D3/DEF2- ...

大部分情况下几乎一致,极少数情况下(例如势能面极其平缓时)不排除会有定性区别
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-7-7 23:58:30 | 只看该作者 Only view this author
wyqms 发表于 2022-7-7 13:45
给位老师好!对于Gaussian16优化收敛的问题,学生想请各位老师给个意见,请大家多多批评!
如图所示,能量 ...

可以继续优化。这才优化了十几步,正常结构优化一般都需要几十步甚至上百步,所以前十几步只要不是错得离谱,一般不需要特别担心。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-8 05:41:19 | 只看该作者 Only view this author
溪临昭煌 发表于 2022-7-7 23:42
请问各位老师,已知输入结构相同,GAUSSIAN的计算方法是B3LYP-D3/6-31G**,ORCA的计算方法是B3LYP-D3/DEF2- ...

对于有机,且弱相互作用对体系影响微弱的情况,优化出的结构起码肉眼看不出差异
对含过渡金属体系、弱相互作用对构象影响明显的情况相差会更大一些
也有个别有机体系,比如N,N-2甲基苯胺,会有肉眼可明显查觉的差异(def2-SVP的不足所致)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-8 05:45:27 | 只看该作者 Only view this author
wyqms 发表于 2022-7-7 20:45
给位老师好!对于Gaussian16优化收敛的问题,学生想请各位老师给个意见,请大家多多批评!
如图所示,能量 ...

通常起码跑25步,且最后十步看不出有收敛的苗头再去考虑是否修改关键词
通常优化初期能量、受力变化总比后期大得多,考察是否有收敛苗头也应当对后期放大坐标轴再去判断
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-7-8 09:49:52 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-7-7 23:56
大部分情况下几乎一致,极少数情况下(例如势能面极其平缓时)不排除会有定性区别

谢谢老师回复。我在这种情况下做优化,GAUSSIAN100步不到就收敛了,ORCA150步还没收敛,而且有一个氨基酸构象差的有点大,是和势能面有关吗

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发表于 Post on 2022-7-8 09:50:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-8 05:41
对于有机,且弱相互作用对体系影响微弱的情况,优化出的结构起码肉眼看不出差异
对含过渡金属体系、弱相 ...

明白了,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-7-8 10:04:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-8 05:45
通常起码跑25步,且最后十步看不出有收敛的苗头再去考虑是否修改关键词
通常优化初期能量、受力变化总比 ...

感谢老师指点

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发表于 Post on 2022-7-8 10:05:12 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-7-7 23:58
可以继续优化。这才优化了十几步,正常结构优化一般都需要几十步甚至上百步,所以前十几步只要不是错得离 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2022-7-8 14:43:55 | 只看该作者 Only view this author
溪临昭煌 发表于 2022-7-8 02:49
谢谢老师回复。我在这种情况下做优化,GAUSSIAN100步不到就收敛了,ORCA150步还没收敛,而且有一个氨基酸 ...

说明可能这个体系不止一个稳定构象。建议做构象搜索,找最稳定构象
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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15974#
发表于 Post on 2022-7-8 14:54:32 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-7-8 14:43
说明可能这个体系不止一个稳定构象。建议做构象搜索,找最稳定构象

明白了,谢谢老师指点

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15975#
发表于 Post on 2022-7-13 09:48:50 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我在用高斯对钴配合物进行波函数稳定性检验stable=opt过程中,出现如何下错误,加了scf=xqc,仍然是同样的错误,希望老师指点一二。
The wavefunction has an RHF -> UHF instability.
Search did not lower the energy significantly.
The two search directions are symmetric.
Failed to find a lower point in StbLin:
EE=-2.634403283992253D+03 FVal=-2.634403283992253D+03 0.000000000000000D+00
Error termination via Lnk1e in /share/apps/gaussian/g09D01/g09/l508.exe at Tue Jul 12 13:31:58 2022.

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