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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-7-13 13:53:45 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian作业在新安装的Ubuntu系统上自动退出

各位老师,最近新安装了Ubuntu系统,并安装了Gaussian09,但是交了高斯作业之后,一个小时左右自动退出,非报错那种退出,请问该如何解决?还有就是安装了Ubuntu之后,不能连接Xshell,怎么解决啊。还请老师们赐教

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15977#
发表于 Post on 2022-7-13 15:31:00 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2022-7-13 02:48
各位老师好,我在用高斯对钴配合物进行波函数稳定性检验stable=opt过程中,出现如何下错误,加了scf=xqc, ...

读取这个任务的chk文件作为初猜,重新stable=opt。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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15978#
发表于 Post on 2022-7-13 16:26:26 | 只看该作者 Only view this author

irc能量曲线点太少,不平滑

各位老师,我用Gaussian软件跑IRC的时候,设定了100个点,跑了3个点就结束了,生成的能量曲线非常生硬。用的关键词如下:
#p irc=(rcfc,recorrect=never,maxpoints=100,lqa) b3lyp/chkbas nosymm pop=always em=gd3bj guess=read geom=allcheck scrf(iefpcm,solvent=Water)

请各位老师不吝赐教!

83975710c3007d3e1e04088eef56f64.png (26.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

83975710c3007d3e1e04088eef56f64.png

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15979#
发表于 Post on 2022-7-13 16:49:08 | 只看该作者 Only view this author
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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发表于 Post on 2022-7-13 17:04:13 | 只看该作者 Only view this author
当前过渡态过于平缓,从 IRC 输出文件看,走一步就到了极小点,能量差仅有 2 厘米波数(8E-6 Hartree)

个人猜测:或许这不是真正的过渡态,如果是,增大步长可能解决
十八介姑娘一蕾花呀,白白介牙齿、红红介嘴唇,得人惜

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-14 06:45:41 | 只看该作者 Only view this author
lulu_we 发表于 2022-7-13 16:26
各位老师,我用Gaussian软件跑IRC的时候,设定了100个点,跑了3个点就结束了,生成的能量曲线非常生硬。用 ...

有什么问题提问前先用公社论坛首页google框搜,避免重复问老生常谈的问题
仔细看
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-14 06:53:27 | 只看该作者 Only view this author
种花家的蓝兔 发表于 2022-7-13 13:53
各位老师,最近新安装了Ubuntu系统,并安装了Gaussian09,但是交了高斯作业之后,一个小时左右自动退出,非 ...

http://sobereva.com/ccFAQ#gaustop
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-7-14 11:04:21 | 只看该作者 Only view this author

超算中心怎么把chk文件转化fchk文件。

找不到formchk这个命令。

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-7-14 11:09:43 | 只看该作者 Only view this author
[Gaussian 目录]/formchk  [文件名].chk  [文件名].fch
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-7-14 16:51:55 | 只看该作者 Only view this author

新手上道,想向各位老师咨询一下关于gaussian09中chk档的相关问题。

请问老师一下,我首先用b3lyp优化结构产生了一个chk档文件,目前我想以这个chk档文件作为初猜继续用b3lyp进行能量计算。
%nprocshared=4
%chk=x\o-dapa b3lyp 6-31g(d).chk
# b3lyp/6-31g(d) scrf=(solvent=chloroform) guess=(read,save)
geom=connectivity

请问各位老师,这里的%chk=x\o-dapa b3lyp 6-31g(d).chk指的是我所要读取初猜的chk档文件还是我做能量计算即将保存的chk档文件?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-14 17:16:35 | 只看该作者 Only view this author
cxh19990601 发表于 2022-7-14 16:51
请问老师一下,我首先用b3lyp优化结构产生了一个chk档文件,目前我想以这个chk档文件作为初猜继续用b3lyp进 ...

好好写路径名
别有空格,别有括号,Linux下分隔符是/。写save完全多余

分清楚%chk和%oldchk,手册里写明了
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发表于 Post on 2022-7-14 19:01:28 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-7-13 15:31
读取这个任务的chk文件作为初猜,重新stable=opt。

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-14 19:57:31 | 只看该作者 Only view this author
不喝可乐 发表于 2022-7-14 11:04
找不到formchk这个命令。

恰当安装Gaussian,直接就能用formchk命令,仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

formchk就在Gaussian目录下,实在不行就写绝对路径。还有问题就问题问管理员
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发表于 Post on 2022-7-14 23:45:35 | 只看该作者 Only view this author
老师请问,我的实验中所有过程都是在溶剂环境下进行的,那么我在计算HOMO-LUMO gap时,是不是应该一直带着溶剂模型来算呢?

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发表于 Post on 2022-7-15 08:45:54 | 只看该作者 Only view this author

gaussian 基组 Cl要不要加赝势基组

gaussian 基组 Cl大尺寸团簇要不要加赝势基组

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