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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-7-15 09:24:24 | 只看该作者 Only view this author
基组和赝势应该针对的是DFT方法吧,CI方法不需要基组。精度主要看截断到几重激发。

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-7-15 09:30:29 | 只看该作者 Only view this author
妙角不脆 发表于 2022-7-15 09:24
基组和赝势应该针对的是DFT方法吧,CI方法不需要基组。精度主要看截断到几重激发。

我猜他是问Cl(氯)要不要加赝势基组。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-7-15 09:45:25 | 只看该作者 Only view this author
老师,学生是想请教Cl(氯)要不要加赝势基组,谢谢各位老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-15 09:48:52 | 只看该作者 Only view this author
liurui 发表于 2022-7-15 08:45
gaussian 基组 Cl大尺寸团簇要不要加赝势基组

谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-15 09:49:13 | 只看该作者 Only view this author
liang666 发表于 2022-7-14 23:45
老师请问,我的实验中所有过程都是在溶剂环境下进行的,那么我在计算HOMO-LUMO gap时,是不是应该一直带着 ...

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发表于 Post on 2022-7-15 14:36:10 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-7-15 09:30
我猜他是问Cl(氯)要不要加赝势基组。

大意了,见笑了。

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发表于 Post on 2022-7-16 13:02:24 | 只看该作者 Only view this author

求助:小基组优化频率计算后用大基组算单点和直接用大基组能量相差大

大家好,对一个体系在BH&HLYP/def2svp下优化和频率计算后,结果显示无虚频,然后用这个结果再用B3LYP/6-311G*进行单点计算。用def2svp计算的ZPE和6-311G*下的电子能量之和结果 (A);随后对该体系直接在B3LYP/6-311G*下优化和频率计算,得到log文件中 Sum of electronic and Zero-point Energies的值(B)。然而A和B这两个值的差别有30多kcal/mol,相差比较大,请问这个是正常的情况吗?

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发表于 Post on 2022-7-16 14:33:34 | 只看该作者 Only view this author

高斯结构优化

本帖最后由 娟娟 于 2022-7-16 14:33 编辑

用高斯优化结构,总是优化失败,看着能量图,觉得能量基本不再变化了,结构也基本不变了,为什么就是优化不出来呢,附上输入文件和结果截图,求助大神!

PWDIRBC%6_3ND94FQSAXM7N.png (100.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-16 14:44:51 | 只看该作者 Only view this author
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-16 14:52:50 | 只看该作者 Only view this author
不干正事 发表于 2022-7-16 13:02
大家好,对一个体系在BH&HLYP/def2svp下优化和频率计算后,结果显示无虚频,然后用这个结果再用B3LYP/6-311 ...

B3LYP/6-311G*在如今来看太过时了,看《坚持使用B3LYP算有机体系能量的人的下场》(http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html

不是同一计算级别没有可比性。
既然opt freq用B3LYP/6-311G*做得动就没必要用B3LYP/def2-SVP
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发表于 Post on 2022-7-17 14:35:06 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,学生用Gaussian16计算了一个从mof上扣下来的团簇的原子电荷,现在想将这个电荷数据用到原来的mof材料,利用周期性进行后续的研究,但是不知道怎么操作,一些文章提到将相同环境的一类原子的原子电荷求平均,然后利用MS取体系的总电荷数为零,得到一个经过 MS 优化的平均电荷数。学生想求教:这样的做法可以吗?会不会增大误差,还有没有其他方式将Gaussian16计算的原子电荷返回到整个体系呢?请各位老师多多指教!谢谢大家!

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发表于 Post on 2022-7-18 09:32:30 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我拜读了您写的这篇在Gaussian中做限制性优化的方法(http://sobereva.com/404),有一个问题想请教一下,我想只限制两个原子间的距离在一个范围内,不想直接固定一个数值,这种要怎么做呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-18 11:53:20 | 只看该作者 Only view this author
无敌菠萝派 发表于 2022-7-18 09:32
sob老师,我拜读了您写的这篇在Gaussian中做限制性优化的方法(http://sobereva.com/404),有一个问题想请 ...

看Gaussian手册GIC的这个部分,灵活变通

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-18 11:55:46 | 只看该作者 Only view this author
wyqms 发表于 2022-7-17 14:35
各位老师好,学生用Gaussian16计算了一个从mof上扣下来的团簇的原子电荷,现在想将这个电荷数据用到原来的m ...

看你在什么程序里模拟

诸如GROMACS,可以用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)创建MOF体系的拓扑文件,在assign_AT.dat里定义判断原子类型并同时设置原子电荷的规则。原子电荷就用簇模型算出来的原子电荷。如果是用的Multiwfn算的RESP电荷,可以根据簇结构在计算电荷时施加对称性约束保证等价位点原子电荷一致,下文说了
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
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发表于 Post on 2022-7-18 17:01:43 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,用ORCA 5.0在RI-wB97X-2-D3(BJ)/ma-def2-QZVP理论水平下计算体系的自旋极化单重态的单点能时,单点能的读取是否直接读取'FINAL SINGLE POINT ENERGY'一行的结果就可以了呢?

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