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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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16006#
发表于 Post on 2022-7-18 17:07:39 | 只看该作者 Only view this author

请问sob老师 TPSS在Dalton里如何表达

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发表于 Post on 2022-7-18 17:40:35 | 只看该作者 Only view this author
阿甘 发表于 2022-7-18 10:01
请问sob老师,用ORCA 5.0在RI-wB97X-2-D3(BJ)/ma-def2-QZVP理论水平下计算体系的自旋极化单重态的单点能时 ...

是的。orca的任何基态计算都可以直接这么读,对于激发态计算可能有一些特殊情况,比如你算了3个单重态激发态,没有设iroot,那么orca给的FINAL SINGLE POINT ENERGY是S1的能量,如果要读S2、S3需要自己往前找。如果不是这种情况,基本都是读FINAL SINGLE POINT ENERGY。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2022-7-18 17:52:35 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-7-13 15:31
读取这个任务的chk文件作为初猜,重新stable=opt。

老师您好,读取check文件,报错了Basis set data is not on the checkpoint file. 如下是输入文件的关键词# m06/genecp stable=opt guess=read  

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发表于 Post on 2022-7-18 19:22:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-18 11:55
看你在什么程序里模拟

诸如GROMACS,可以用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)创建MOF体系的 ...

谢谢sob老师,学生还有个其他的问题:对于从ccdc数据库下载的MOF文件,需要作限制性优化吗?还是说全优化呢?

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发表于 Post on 2022-7-19 11:15:25 | 只看该作者 Only view this author
卢老师您好,请问在转换chk文件到fchk文件过程中显示 “Error:segmentaion violation” “已放弃(核心已转储)”这样的提示该如何解决,谢谢老师
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发表于 Post on 2022-7-19 11:36:44 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2022-7-19 11:15
卢老师您好,请问在转换chk文件到fchk文件过程中显示 “Error:segmentaion violation” “已放弃(核心已 ...

已经解决,打扰老师
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发表于 Post on 2022-7-19 12:04:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-18 11:53
看Gaussian手册GIC的这个部分,灵活变通

好的,多谢指点

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-19 14:14:28 | 只看该作者 Only view this author
wyqms 发表于 2022-7-18 19:22
谢谢sob老师,学生还有个其他的问题:对于从ccdc数据库下载的MOF文件,需要作限制性优化吗?还是说全优化 ...

看具体目的
一般都是固定重原子而优化氢原子,尤其是用簇模型来研究的时候
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
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发表于 Post on 2022-7-19 14:20:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wyqms 于 2022-7-19 14:23 编辑
sobereva 发表于 2022-7-19 14:14
看具体目的
一般都是固定重原子而优化氢原子,尤其是用簇模型来研究的时候

我之前把簇模型全优化了,结构与优化之前差别挺大的,那这组计算的数据是不是需要重新在限制性条件下跑?主要是用Gaussian来计算电荷和研究其表面吸附构型

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发表于 Post on 2022-7-19 15:29:55 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2022-7-19 04:36
已经解决,打扰老师

以后如果自己解决了自己提出的问题,一定要把解决方案也发上来,这样别人遇到相同问题、搜到这个帖子,可以直接知道怎么办,不需要再问你
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-7-19 19:18:06 | 只看该作者 Only view this author
本人在用GAUSSIAN给charge=0的体系做NBO分析时发现计算结果中的电荷综合不为零。为什么会这样呢,这样正常吗?谢谢各位老师解答。

202207191914564847..png (56.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

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发表于 Post on 2022-7-19 23:26:01 | 只看该作者 Only view this author
大佬们,请问我图中的这个反应能够发生吗(氧气是三重态)。虽然扫描图显示能量是一直上升的,但我的直觉这个反应应该是能够发生的呀,毕竟抽掉氮上的氢形成双键更为稳定呀。

反应.png (20.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

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发表于 Post on 2022-7-19 23:40:11 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-7-19 23:26
大佬们,请问我图中的这个反应能够发生吗(氧气是三重态)。虽然扫描图显示能量是一直上升的,但我的直觉这 ...

未必发生,N可能与邻位的C自由基有一定的超共轭作用,但未必就能削弱N-H键,就算能形成一个-N---H---O-O的过渡态,过渡态的能量也会很高。个人觉得更可能O2直接加到C自由基位置,形成-C-O-O·自由基。
反应是气相还是液相?
看坛子上的各位还有什么想法。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-7-20 08:59:41 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-7-19 23:40
未必发生,N可能与邻位的C自由基有一定的超共轭作用,但未必就能削弱N-H键,就算能形成一个-N---H---O-O ...

谢谢大佬,这是一个水中的反应。我已经做了C自由基邻位的碳上的抽氢能够形成双键,您说的加成我也做了。然后就想试试能否夺掉N上的氢,或者夺不掉有什么原因哈哈哈。

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发表于 Post on 2022-7-20 09:47:11 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2022-7-19 11:15
卢老师您好,请问在转换chk文件到fchk文件过程中显示 “Error:segmentaion violation” “已放弃(核心已 ...

附个人解决方案:属于小众问题,是由于在formchk过程中想同时转换2个chk,结果后来注意到这样使用语法会将第一个chk文件转换格式到第二个chk
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