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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-8 05:41:19 | 只看该作者 Only view this author
溪临昭煌 发表于 2022-7-7 23:42
请问各位老师,已知输入结构相同,GAUSSIAN的计算方法是B3LYP-D3/6-31G**,ORCA的计算方法是B3LYP-D3/DEF2- ...

对于有机,且弱相互作用对体系影响微弱的情况,优化出的结构起码肉眼看不出差异
对含过渡金属体系、弱相互作用对构象影响明显的情况相差会更大一些
也有个别有机体系,比如N,N-2甲基苯胺,会有肉眼可明显查觉的差异(def2-SVP的不足所致)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-8 05:45:27 | 只看该作者 Only view this author
wyqms 发表于 2022-7-7 20:45
给位老师好!对于Gaussian16优化收敛的问题,学生想请各位老师给个意见,请大家多多批评!
如图所示,能量 ...

通常起码跑25步,且最后十步看不出有收敛的苗头再去考虑是否修改关键词
通常优化初期能量、受力变化总比后期大得多,考察是否有收敛苗头也应当对后期放大坐标轴再去判断
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-7-8 09:49:52 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-7-7 23:56
大部分情况下几乎一致,极少数情况下(例如势能面极其平缓时)不排除会有定性区别

谢谢老师回复。我在这种情况下做优化,GAUSSIAN100步不到就收敛了,ORCA150步还没收敛,而且有一个氨基酸构象差的有点大,是和势能面有关吗

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发表于 Post on 2022-7-8 09:50:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-8 05:41
对于有机,且弱相互作用对体系影响微弱的情况,优化出的结构起码肉眼看不出差异
对含过渡金属体系、弱相 ...

明白了,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-7-8 10:04:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-8 05:45
通常起码跑25步,且最后十步看不出有收敛的苗头再去考虑是否修改关键词
通常优化初期能量、受力变化总比 ...

感谢老师指点

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发表于 Post on 2022-7-8 10:05:12 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-7-7 23:58
可以继续优化。这才优化了十几步,正常结构优化一般都需要几十步甚至上百步,所以前十几步只要不是错得离 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2022-7-8 14:43:55 | 只看该作者 Only view this author
溪临昭煌 发表于 2022-7-8 02:49
谢谢老师回复。我在这种情况下做优化,GAUSSIAN100步不到就收敛了,ORCA150步还没收敛,而且有一个氨基酸 ...

说明可能这个体系不止一个稳定构象。建议做构象搜索,找最稳定构象
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2022-7-8 14:54:32 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-7-8 14:43
说明可能这个体系不止一个稳定构象。建议做构象搜索,找最稳定构象

明白了,谢谢老师指点

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发表于 Post on 2022-7-13 09:48:50 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我在用高斯对钴配合物进行波函数稳定性检验stable=opt过程中,出现如何下错误,加了scf=xqc,仍然是同样的错误,希望老师指点一二。
The wavefunction has an RHF -> UHF instability.
Search did not lower the energy significantly.
The two search directions are symmetric.
Failed to find a lower point in StbLin:
EE=-2.634403283992253D+03 FVal=-2.634403283992253D+03 0.000000000000000D+00
Error termination via Lnk1e in /share/apps/gaussian/g09D01/g09/l508.exe at Tue Jul 12 13:31:58 2022.

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发表于 Post on 2022-7-13 13:53:45 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian作业在新安装的Ubuntu系统上自动退出

各位老师,最近新安装了Ubuntu系统,并安装了Gaussian09,但是交了高斯作业之后,一个小时左右自动退出,非报错那种退出,请问该如何解决?还有就是安装了Ubuntu之后,不能连接Xshell,怎么解决啊。还请老师们赐教

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发表于 Post on 2022-7-13 15:31:00 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2022-7-13 02:48
各位老师好,我在用高斯对钴配合物进行波函数稳定性检验stable=opt过程中,出现如何下错误,加了scf=xqc, ...

读取这个任务的chk文件作为初猜,重新stable=opt。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-7-13 16:26:26 | 只看该作者 Only view this author

irc能量曲线点太少,不平滑

各位老师,我用Gaussian软件跑IRC的时候,设定了100个点,跑了3个点就结束了,生成的能量曲线非常生硬。用的关键词如下:
#p irc=(rcfc,recorrect=never,maxpoints=100,lqa) b3lyp/chkbas nosymm pop=always em=gd3bj guess=read geom=allcheck scrf(iefpcm,solvent=Water)

请各位老师不吝赐教!

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发表于 Post on 2022-7-13 16:49:08 | 只看该作者 Only view this author
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-7-13 17:04:13 | 只看该作者 Only view this author
当前过渡态过于平缓,从 IRC 输出文件看,走一步就到了极小点,能量差仅有 2 厘米波数(8E-6 Hartree)

个人猜测:或许这不是真正的过渡态,如果是,增大步长可能解决
十八介姑娘一蕾花呀,白白介牙齿、红红介嘴唇,得人惜

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-14 06:45:41 | 只看该作者 Only view this author
lulu_we 发表于 2022-7-13 16:26
各位老师,我用Gaussian软件跑IRC的时候,设定了100个点,跑了3个点就结束了,生成的能量曲线非常生硬。用 ...

有什么问题提问前先用公社论坛首页google框搜,避免重复问老生常谈的问题
仔细看
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
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