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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-7-22 15:51:21 | 只看该作者 Only view this author
segmentation fault,N多原因,可能是访问越界了,或者访问了空地址,解决不了的话找管理员。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-22 15:54:02 | 只看该作者 Only view this author
不喝可乐 发表于 2022-7-22 14:48
请问各位老师,我刚刚算出的单点,chk格式转化为fchk出现了图片的问题,这是什么原因。

把此文提到的和formchk有关的该注意的都注意了
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html

死活不行就重算一次单点再尝试转换
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2022-7-22 16:41:16 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2022-7-22 18:19:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 阿甘 于 2022-7-22 19:38 编辑

老师,请问我在用ORCA 5.0.3 算单点能的时候遇到了以下报错,SCF算了一次就跳出来了,请问是什么原因呢?以下是我的输入文件:
! wB97X-2 D3 ma-def2-QZVP def2/J def2-QZVPP/C RIJCOSX noautostart
%scf
thresh 1e-12
tcut 1e-14
HFTyp=UKS
end
%maxcore  3000
%pal nprocs  48 end
# DFT-D3(BJ) parameter for wB97X-2, see SI of PCCP, 20, 23175 (2018)
%method
D3S6 0.547
D3A1 3.520
D3S8 0.0
D3A2 7.795
end
* xyz   0   1

202207221821119142..png (12.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

202207221821119142..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-22 20:00:17 | 只看该作者 Only view this author
阿甘 发表于 2022-7-22 18:19
老师,请问我在用ORCA 5.0.3 算单点能的时候遇到了以下报错,SCF算了一次就跳出来了,请问是什么原因呢?以 ...

先串行运行试试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-22 20:00:41 | 只看该作者 Only view this author
aser 发表于 2022-7-22 14:23
请问各位大佬,这种图是用什么软件画出来的?

VMD
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-22 20:01:37 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2022-7-22 09:38
卢老师您好,请问找过渡态过程中涉及到了最终产物自旋多重度为1的开壳层体系,但是反应物是闭壳层的话,是 ...

可以试试,如果最后收敛到的过渡态又变成了闭壳层,说明过渡态就是闭壳层的
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发表于 Post on 2022-7-22 22:04:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-22 20:01
可以试试,如果最后收敛到的过渡态又变成了闭壳层,说明过渡态就是闭壳层的

谢谢卢老师,我都尝试下
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发表于 Post on 2022-7-25 10:59:13 | 只看该作者 Only view this author
在文献中看到作者使用M05–2X/jun cc-pVTZ方法对异丁基结构优化,请问各位老师M05–2X和M06–2X有什么差别,或者有这两种泛函在使用的时候如何区分选择呢?谢谢老师

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发表于 Post on 2022-7-25 14:01:41 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-7-25 03:59
在文献中看到作者使用M05–2X/jun cc-pVTZ方法对异丁基结构优化,请问各位老师M05–2X和M06–2X有什么差别 ...

M06-2X是M05-2X的改进版。所以一般几乎没有什么理由用M05-2X,因为理论上没有任何理由比M06-2X好,即使好也是碰巧。SMD溶解自由能是一个例外,有人坚持必须用M05-2X/6-31G*算,因为SMD溶剂化模型是在M05-2X/6-31G*水平下拟合的,但是即便这种情况下,M06-2X/6-31G*也基本上一样好,所以很多人考虑到M06-2X更为常见,仍然用M06-2X/6-31G*而非M05-2X/6-31G*。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-26 02:31:18 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-7-25 10:59
在文献中看到作者使用M05–2X/jun cc-pVTZ方法对异丁基结构优化,请问各位老师M05–2X和M06–2X有什么差别 ...

二者各方面性能和适用性基本都半斤八两
后提出的M06-2X更为流行,所以如果没有特殊情况都用M06-2X
http://sobereva.com/327所述,M05-2X/6-31G*很适合结合SMD算溶解自由能,但此目的用M06-2X/6-31G*也完全可以,Truhlar自己的文章也经常这么用
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发表于 Post on 2022-7-26 14:41:18 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-7-25 14:01
M06-2X是M05-2X的改进版。所以一般几乎没有什么理由用M05-2X,因为理论上没有任何理由比M06-2X好,即使好 ...

谢谢老师!

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发表于 Post on 2022-7-26 14:41:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-26 02:31
二者各方面性能和适用性基本都半斤八两
后提出的M06-2X更为流行,所以如果没有特殊情况都用M06-2X
如ht ...

谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2022-7-26 14:42:50 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,为什么利用gaussian09跑的IRC,用gauss view6.0看张这个样子呢?

202207261442018700..png (36.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

202207261442018700..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-26 15:44:17 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-7-26 14:42
请教各位老师,为什么利用gaussian09跑的IRC,用gauss view6.0看张这个样子呢?

兼容性bug
用gview5看,或者G16跑IRC
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