“第10届量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班将于5月4-8日于北京举办,这是一次性完整、系统学习波函数分析的各种理论知识和全面掌握强大的Multiwfn波函数分析程序使用的最不可错过的机会!请点击此链接查看详情和报名方式,欢迎参加!

“第18届北京科音分子动力学与GROMACS培训班” 将于5月23-26日于北京举办。这是一次性全面、系统学习分子动力学模拟知识和最流行的分子动力学程序GROMACS的关键机会!报名正在进行中,请点击此链接查看详情,欢迎参加!

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

55

帖子

0

威望

263

eV
积分
318

Level 3 能力者

16051#
发表于 Post on 2022-7-16 13:02:24 | 只看该作者 Only view this author

求助:小基组优化频率计算后用大基组算单点和直接用大基组能量相差大

大家好,对一个体系在BH&HLYP/def2svp下优化和频率计算后,结果显示无虚频,然后用这个结果再用B3LYP/6-311G*进行单点计算。用def2svp计算的ZPE和6-311G*下的电子能量之和结果 (A);随后对该体系直接在B3LYP/6-311G*下优化和频率计算,得到log文件中 Sum of electronic and Zero-point Energies的值(B)。然而A和B这两个值的差别有30多kcal/mol,相差比较大,请问这个是正常的情况吗?

1

帖子

0

威望

57

eV
积分
58

Level 2 能力者

16052#
发表于 Post on 2022-7-16 14:33:34 | 只看该作者 Only view this author

高斯结构优化

本帖最后由 娟娟 于 2022-7-16 14:33 编辑

用高斯优化结构,总是优化失败,看着能量图,觉得能量基本不再变化了,结构也基本不变了,为什么就是优化不出来呢,附上输入文件和结果截图,求助大神!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126405

管理员

公社社长

16053#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-16 14:44:51 | 只看该作者 Only view this author
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126405

管理员

公社社长

16054#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-16 14:52:50 | 只看该作者 Only view this author
不干正事 发表于 2022-7-16 13:02
大家好,对一个体系在BH&HLYP/def2svp下优化和频率计算后,结果显示无虚频,然后用这个结果再用B3LYP/6-311 ...

B3LYP/6-311G*在如今来看太过时了,看《坚持使用B3LYP算有机体系能量的人的下场》(http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html

不是同一计算级别没有可比性。
既然opt freq用B3LYP/6-311G*做得动就没必要用B3LYP/def2-SVP
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

39

帖子

0

威望

307

eV
积分
346

Level 3 能力者

16055#
发表于 Post on 2022-7-17 14:35:06 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,学生用Gaussian16计算了一个从mof上扣下来的团簇的原子电荷,现在想将这个电荷数据用到原来的mof材料,利用周期性进行后续的研究,但是不知道怎么操作,一些文章提到将相同环境的一类原子的原子电荷求平均,然后利用MS取体系的总电荷数为零,得到一个经过 MS 优化的平均电荷数。学生想求教:这样的做法可以吗?会不会增大误差,还有没有其他方式将Gaussian16计算的原子电荷返回到整个体系呢?请各位老师多多指教!谢谢大家!

24

帖子

0

威望

79

eV
积分
103

Level 2 能力者

16056#
发表于 Post on 2022-7-18 09:32:30 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我拜读了您写的这篇在Gaussian中做限制性优化的方法(http://sobereva.com/404),有一个问题想请教一下,我想只限制两个原子间的距离在一个范围内,不想直接固定一个数值,这种要怎么做呢

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126405

管理员

公社社长

16057#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-18 11:53:20 | 只看该作者 Only view this author
无敌菠萝派 发表于 2022-7-18 09:32
sob老师,我拜读了您写的这篇在Gaussian中做限制性优化的方法(http://sobereva.com/404),有一个问题想请 ...

看Gaussian手册GIC的这个部分,灵活变通

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126405

管理员

公社社长

16058#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-18 11:55:46 | 只看该作者 Only view this author
wyqms 发表于 2022-7-17 14:35
各位老师好,学生用Gaussian16计算了一个从mof上扣下来的团簇的原子电荷,现在想将这个电荷数据用到原来的m ...

看你在什么程序里模拟

诸如GROMACS,可以用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)创建MOF体系的拓扑文件,在assign_AT.dat里定义判断原子类型并同时设置原子电荷的规则。原子电荷就用簇模型算出来的原子电荷。如果是用的Multiwfn算的RESP电荷,可以根据簇结构在计算电荷时施加对称性约束保证等价位点原子电荷一致,下文说了
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

87

帖子

1

威望

4001

eV
积分
4108

Level 6 (一方通行)

16059#
发表于 Post on 2022-7-18 17:01:43 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,用ORCA 5.0在RI-wB97X-2-D3(BJ)/ma-def2-QZVP理论水平下计算体系的自旋极化单重态的单点能时,单点能的读取是否直接读取'FINAL SINGLE POINT ENERGY'一行的结果就可以了呢?

93

帖子

0

威望

665

eV
积分
758

Level 4 (黑子)

16060#
发表于 Post on 2022-7-18 17:07:39 | 只看该作者 Only view this author

请问sob老师 TPSS在Dalton里如何表达

1万

帖子

0

威望

1万

eV
积分
22411

Level 6 (一方通行)

16061#
发表于 Post on 2022-7-18 17:40:35 | 只看该作者 Only view this author
阿甘 发表于 2022-7-18 10:01
请问sob老师,用ORCA 5.0在RI-wB97X-2-D3(BJ)/ma-def2-QZVP理论水平下计算体系的自旋极化单重态的单点能时 ...

是的。orca的任何基态计算都可以直接这么读,对于激发态计算可能有一些特殊情况,比如你算了3个单重态激发态,没有设iroot,那么orca给的FINAL SINGLE POINT ENERGY是S1的能量,如果要读S2、S3需要自己往前找。如果不是这种情况,基本都是读FINAL SINGLE POINT ENERGY。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

581

帖子

0

威望

1700

eV
积分
2281

Level 5 (御坂)

16062#
发表于 Post on 2022-7-18 17:52:35 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-7-13 15:31
读取这个任务的chk文件作为初猜,重新stable=opt。

老师您好,读取check文件,报错了Basis set data is not on the checkpoint file. 如下是输入文件的关键词# m06/genecp stable=opt guess=read  

39

帖子

0

威望

307

eV
积分
346

Level 3 能力者

16063#
发表于 Post on 2022-7-18 19:22:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-18 11:55
看你在什么程序里模拟

诸如GROMACS,可以用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)创建MOF体系的 ...

谢谢sob老师,学生还有个其他的问题:对于从ccdc数据库下载的MOF文件,需要作限制性优化吗?还是说全优化呢?

153

帖子

0

威望

1745

eV
积分
1898

Level 5 (御坂)

16064#
发表于 Post on 2022-7-19 11:15:25 | 只看该作者 Only view this author
卢老师您好,请问在转换chk文件到fchk文件过程中显示 “Error:segmentaion violation” “已放弃(核心已转储)”这样的提示该如何解决,谢谢老师
Lure Over Love

153

帖子

0

威望

1745

eV
积分
1898

Level 5 (御坂)

16065#
发表于 Post on 2022-7-19 11:36:44 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2022-7-19 11:15
卢老师您好,请问在转换chk文件到fchk文件过程中显示 “Error:segmentaion violation” “已放弃(核心已 ...

已经解决,打扰老师
Lure Over Love

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-4-24 08:16 , Processed in 0.246130 second(s), 27 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list