简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-27 15:06:11

吴双发表于 2022-7-27 07:42
想跟各位老师请教一下，在用高斯计算的过程中，默认的PH数值是多少，以及如何更改PH值呢（关键词怎么设置呢 ...

默认情况下，高斯认为你画的分子来不及和周围溶剂发生质子交换。所以即便你画个HCl分子，在水溶液里计算，高斯也给你老老实实算HCl分子，而不是算H+和Cl-。类似地，你画个醋酸，或者画个醋酸根负离子，高斯都按照你画的算。所以你可以看出，根本不存在”默认的pH“这种说法，既然分子来不及和周围的溶剂、酸碱发生质子传递，那外界pH不管多酸、多碱，也不影响计算结果。
如果你研究的现象和pH有关，那必然是因为你的分子可以与酸、碱发生反应。那么你去算这个反应的平衡常数，然后用pH算出H+浓度，手动代入进去。高斯不可能让你直接设pH，必须用这种方法手算。

吴双 · 发表于 Post on 2022-7-27 16:17:02

wzkchem5 发表于 2022-7-27 15:06
默认情况下，高斯认为你画的分子来不及和周围溶剂发生质子交换。所以即便你画个HCl分子，在水溶液里计算 ...

好的谢谢老师

Gzh_NJ · 发表于 Post on 2022-7-27 18:26:45

wzkchem5 发表于 2022-7-26 22:45
可以是可以，但既然体系小算得动，不妨用更高理论级别算，比如DLPNO-CCSD(T)外推到基组极限。
不过我这 ...

非常感谢老师的详细回复！我多读一些有关计算类的文献再尝试下，做实验的老师开拓了视野，建议我再去多读一些文献

Gzh_NJ · 发表于 Post on 2022-7-27 18:35:06

sobereva 发表于 2022-7-27 01:49
要精确可以用CBS-QB3
要更便宜，也轮不到M062-X/def2-tzvp，对于Gaussian用户，优先考虑双杂化泛函

谢谢卢老师的建议和解答！获益匪浅，我再多阅读一些文献查看

虎王 · 发表于 Post on 2022-7-28 15:40:45

用高斯里的PM6方法优化一个模型时，出现以下错误，请问如何解决。
Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
Bend failed for angle 21 - 174 - 172
Tors failed for dihedral 181 - 21 - 174 - 172
Tors failed for dihedral 339 - 21 - 174 - 172
Tors failed for dihedral 340 - 21 - 174 - 172
Tors failed for dihedral 173 - 172 - 174 - 21
Tors failed for dihedral 175 - 172 - 174 - 21
FormBX had a problem.

chands · 发表于 Post on 2022-7-28 16:05:48

本帖最后由 chands 于 2022-7-28 16:06 编辑

多半是21，174, 172三原子成一直线，把原子挪一下，或者用opt=cartesian

虎王 · 发表于 Post on 2022-7-28 16:06:47

chands 发表于 2022-7-28 16:05
多半是三原子成一直线，把原子挪一下，或者用opt=cartesian

好的，谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-28 19:32:36

wangy0822 发表于 2022-7-27 10:39
请教大家一下，频率计算卡在这好久了，是正在算吗？是不是因为体系比较大算的慢（2000多个原子，用的ONIOM ...

高耗时的任务总是加上#P便于监控

护卫天使 · 发表于 Post on 2022-7-28 19:43:57

各位老师好，在学校服务器上的G16做几何优化，出现：CoulSu: requested number of processors reduced to: 11 ShMem 1 Linda.的问题，不知该如何解决?

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-7-28 19:49:16

本帖最后由 zjxitcc 于 2022-7-28 19:50 编辑

内存不足。输入文件开头用%mem=xxGB指定内存，例如%mem=48GB

wangy0822 · 发表于 Post on 2022-7-28 20:48:11

sobereva 发表于 2022-7-28 19:32
高耗时的任务总是加上#P便于监控

老师，我在输入文件里加了#p了，结构之前优化过了，泛函和基组与频率计算一样，这是目前输出的log文件，您看看是不是因为这部分计算比较慢，正在计算中

护卫天使 · 发表于 Post on 2022-7-28 20:55:09

本帖最后由护卫天使于 2022-7-28 21:49 编辑

老师您好，我在学校高性能平台的高斯16做几何优化，出现CoulSu: requested number of processors reduced to: 11 ShMem 1 Linda.问题，该如何解决？很抱歉，重复发帖了，占用资源了。抱歉

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-28 20:56:37

wangy0822 发表于 2022-7-28 20:48
老师，我在输入文件里加了#p了，结构之前优化过了，泛函和基组与频率计算一样，这是目前输出的log文件， ...

这么大体系半经验振动分析不慢才怪
一般这种情况都是用分子力场表达环境分子

wangy0822 · 发表于 Post on 2022-7-28 21:01:26

sobereva 发表于 2022-7-28 20:56
这么大体系半经验振动分析不慢才怪
一般这种情况都是用分子力场表达环境分子

好的老师，那我试试环境分子用UFF

Gzh_NJ · 发表于 Post on 2022-7-30 11:15:48

卢老师您好，请问使用CBS-QB3方法计算时，中途由于学校停电停止，如何进行续算？谢谢老师

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