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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-7-30 15:13:57 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2022-7-30 04:15
卢老师您好,请问使用CBS-QB3方法计算时,中途由于学校停电停止,如何进行续算?谢谢老师

停在了哪一步计算?在不同计算步骤断电,续算方法是不一样的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-7-31 00:44:18 | 只看该作者 Only view this author
读了sob老师的 “ 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算”,有个问题请教老师。研究A与B两个分子在气相的吸附能大小,以及A与B两个分子在水溶剂相的吸附能大小,这种情况还要单独计算溶解自由能吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-31 03:41:12 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2022-7-30 11:15
卢老师您好,请问使用CBS-QB3方法计算时,中途由于学校停电停止,如何进行续算?谢谢老师

有可能能续算,但操作起来可能很麻烦,有些中间数据没捣鼓对最后结果可能还是错的。建议你还是重算为好
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-31 03:43:05 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2022-7-31 00:44
读了sob老师的 “ 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算”,有个问题请教老师。研究A与B两个分 ...

看你的吸附能具体指什么
如果是吸附自由能,以比较严格的方式计算每个物质的溶剂下的自由能的时候需要用到溶解自由能,因此需要算。
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发表于 Post on 2022-7-31 10:18:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-31 03:43
看你的吸附能具体指什么
如果是吸附自由能,以比较严格的方式计算每个物质的溶剂下的自由能的时候需要用 ...

谢谢老师!计算某溶剂中A在B上的吸附自由能G(AB)-G(A)-G(B),还有几个问题请教:
1. 一个溶质在水溶剂下的自由能,用B2PLYPD3/def2TZVP scrf=smd opt freq这样计算的吉布斯自由能G没有任何用处,这个结果电子能量可以用,但G是不能用的,因为当前水平计算所包含的溶解自由能没意义,必须M052X/6-31G*计算溶解自由能,这样理解对吗?
2. 如果用的是混合溶剂,且各组分溶剂也没有非极性部分的参数,这种情况用IEFPCM模型计算可以吗?
3. 混合溶剂,且各组分溶剂也没有非极性部分的参数,用IEFPCM计算,是不是不需要算溶解自由能?这时用命令行B2PLYPD3/def2TZVP  scrf=(iefpcm,solvent=generic,read) opt freq得到的G可以直接用来算吸附自由能吗?
谢谢老师!!!

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发表于 Post on 2022-7-31 14:45:18 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-7-30 15:13
停在了哪一步计算?在不同计算步骤断电,续算方法是不一样的

谢谢老师回复,我自己也搞不懂停在哪一步计算,只是使用了这个方法,已经进行了重算
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发表于 Post on 2022-7-31 14:45:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-31 03:41
有可能能续算,但操作起来可能很麻烦,有些中间数据没捣鼓对最后结果可能还是错的。建议你还是重算为好

谢谢卢老师,已经重算完成
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-31 22:33:02 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2022-7-31 10:18
谢谢老师!计算某溶剂中A在B上的吸附自由能G(AB)-G(A)-G(B),还有几个问题请教:
1. 一个溶质在水溶剂下 ...

1 不是没意义。只不过M05-2X/6-31G*以外级别下结合SMD模型算的溶解自由能绝大多数都没有用M05-2X/6-31G*时候算的准确。
另外,双杂化泛函做opt freq相当昂贵,没特殊情况不要这么做。
正确的做法是普通泛函做opt freq,双杂化泛函算高精度单点,M05-2X/6-31G*专用来算溶解自由能。这样的流程最准确也最划算

2、3 IEFPCM不涉及非极性部分

所有细节在下文都写得很明白,先认真一个字一个从头到尾仔细阅读
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
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发表于 Post on 2022-8-1 19:25:40 | 只看该作者 Only view this author
sob及各位老师好。请教counterpoise使用做BSSE分析时需要对多分子体系按分子分片段,请问有没有对大量体系批量分别做分片段处理的方法?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-1 22:04:04 | 只看该作者 Only view this author
liustone 发表于 2022-8-1 19:25
sob及各位老师好。请教counterpoise使用做BSSE分析时需要对多分子体系按分子分片段,请问有没有对大量体系 ...

我不知道你想怎么分,目的是什么
这个idea听起来不怎么靠谱
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发表于 Post on 2022-8-2 09:16:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-31 22:33
1 不是没意义。只不过M05-2X/6-31G*以外级别下结合SMD模型算的溶解自由能绝大多数都没有用M05-2X/6-31G* ...

谢谢老师!!在混合溶剂,且各组分溶剂也没有非极性部分的参数的情况下,看老师的帖子说这时候用smd和iefpcm来算几何结构和能量相差不大,对吗?这时如果用m062x/def2TZVP  scrf=(iefpcm,solvent=generic,read) opt freq得到的G可以直接用来算吸附自由能G(AB)-G(A)-G(B),结果可以用来发文章吗?还有更准确的方式吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-2 09:22:44 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2022-8-2 09:16
谢谢老师!!在混合溶剂,且各组分溶剂也没有非极性部分的参数的情况下,看老师的帖子说这时候用smd和ief ...

SMD和IEFPCM优化的几何结构一般没有可察觉的差异
但即便你哪怕忽略SMD的非极性部分,SMD和IEFPCM算的绝对能量还是有差异,因为Gaussian里SMD默认用的原子半径和IEFPCM默认用的不同
你要想得到像样的deltaG,非极性部分不能简单地忽略掉
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发表于 Post on 2022-8-2 09:26:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liustone 于 2022-8-2 11:20 编辑
sobereva 发表于 2022-8-1 22:04
我不知道你想怎么分,目的是什么
这个idea听起来不怎么靠谱

是我表达不清楚引起歧义了,本意是在做BSSE时要对多分子体系中各个分子进行分片段,我是使用gaussview的atom groups分的,这种方法处理几百个体系效率太低了。我想请教有没有批量处理优化后的文件来进行BSSE计算的方法?

202208021120279813..png (212.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

202208021120279813..png

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发表于 Post on 2022-8-2 11:35:17 | 只看该作者 Only view this author
请问在用读取计算好的波函数进行计算时,那在此任务中不产生新的chk文件,那新计算的东西是写入了我们读取的那个chk文件里了吗?

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发表于 Post on 2022-8-2 11:46:06 | 只看该作者 Only view this author

关于使用赝势基组结束后继续计算的方法?

各位老师好!我根据“详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)”对分子簇进行优化,l9999报错,只有一个显示Yes,猜测是步数不够。想在此基础之上想继续计算,根据关键词“geom=allcheck guess=read”设置了继续计算。但是总是最初报错,个人猜测对赝势基组这种继续计算的设置不合理。赝势基组的定义参见上述链接中的“6. 使用赝势基组”。请问怎么针对赝势基组设置继续计算?后面的坐标需要删除吗?如果坐标删除,坐标后面的定义呢?
谢谢!

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