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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-8-2 12:01:27 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-8-2 11:35
请问在用读取计算好的波函数进行计算时,那在此任务中不产生新的chk文件,那新计算的东西是写入了我们读取 ...

可以用%oldchk=xxx.chk指定原来的读取的chk文件,用%chk=xxx.chk指定新的要写入的chk文件。

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发表于 Post on 2022-8-2 16:14:15 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 WOOOOWOOOO 于 2022-8-2 16:37 编辑

请问,我读取了稳定的波函数计算一个自旋极化单重态的过渡态,计算完成发现电荷密度处处为零,这个正确吗?

输入文件.png (111.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

输入文件.png

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发表于 Post on 2022-8-2 16:46:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-8-2 17:49 编辑
WOOOOWOOOO 发表于 2022-8-2 16:14
请问,我读取了稳定的波函数计算一个自旋极化单重态的过渡态,计算完成发现电荷密度处处为零,这个正确吗?

你没有指定片段的自旋多重度,指定之后电荷数/自旋多重度那一行应该是0 1 0 2 0  -2 (如果片段的自旋多重度是2)

看这个帖子
http://sobereva.com/82
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发表于 Post on 2022-8-2 16:56:01 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-8-2 16:46
你没有指定片段的自旋多重度,指定之后电荷数/自旋多重度那一行应该是0 1 0 1 0  -1 (如果片段的自旋多 ...

卧槽,是的,谢谢

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发表于 Post on 2022-8-2 21:49:49 | 只看该作者 Only view this author
请问,根据http://sobereva.com/82片段组合的方法计算出来的自旋极化单重态波函数自旋密度是正确的,但是将log文件拖入到GV中发现我设置两个片段都变成了alpha电子,这是哪个地方出问题了呀。



然后读取这个波函数计算出来的过渡态,两个片段也是均变成了alpha电子,而且自旋密度处处为零。

输入文件.png (110.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

输入文件.png

输出文件.png (166.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

输出文件.png

自旋密度图.png (612.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

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发表于 Post on 2022-8-2 22:54:51 | 只看该作者 Only view this author

Linux下Gaussian完成TDDFT后chk无法顺利转换成fchk

老师们好,我在Linux下做完Gaussian计算后,登录节点想把chk转换为fchk时,报错如下:

以下为gjf写的计算关键词,计算是正常完成的,不确定是什么原因引起的

202208022252107893..png (23.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

202208022252107893..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-3 04:13:02 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-8-2 21:49
请问,根据http://sobereva.com/82片段组合的方法计算出来的自旋极化单重态波函数自旋密度是正确的,但是将 ...

甭管gview显示什么,gview又不会自动做波函数分析来给你显示实际的电子结构状态

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-3 04:14:41 | 只看该作者 Only view this author
liustone 发表于 2022-8-2 09:26
是我表达不清楚引起歧义了,本意是在做BSSE时要对多分子体系中各个分子进行分片段,我是使用gaussview的a ...

如果有100个分子,你这等于是计算100个分子间的考虑BSSE的总相互作用能
如果你确实是这个目的,只能自己写程序/脚本创建输入文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-3 04:22:36 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2022-8-2 11:46
各位老师好!我根据“详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入 - 思想家公社的门口:量子化学 ...

什么有效信息都没有,直接贴输入输出文件

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-3 05:03:22 | 只看该作者 Only view this author
chenpeiyan 发表于 2022-8-2 22:54
老师们好,我在Linux下做完Gaussian计算后,登录节点想把chk转换为fchk时,报错如下:

以下为gjf写的计 ...

详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html

把上文提到的和formchk有关的都注意了
如果你确认formchk的用法没任何问题,就是程序的bug。可以重算个单点,结合guess=read,然后再尝试转新产生的chk,轨道和之前的chk里一样
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发表于 Post on 2022-8-3 09:56:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-3 05:03
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379(http://bbs.keinsci. ...

感谢老师,我尝试尝试

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发表于 Post on 2022-8-3 09:59:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-3 04:13
甭管gview显示什么,gview又不会自动做波函数分析来给你显示实际的电子结构状态

谢谢大佬,但是我将此波函数读取,计算过渡态,新得到的chk就是自旋密度处处为零,这是咋回事哩。

TS计算文件.rar

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波函数文件.rar

7.31 MB, 下载次数 Times of downloads: 0

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发表于 Post on 2022-8-3 11:44:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-3 04:14
如果有100个分子,你这等于是计算100个分子间的考虑BSSE的总相互作用能
如果你确实是这个目的,只能自己 ...

谢谢sob老师,我需要处理的是几百个相似的三分子体系,都要计算BSSE,因此想求助对它们批量分片段的方法。

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发表于 Post on 2022-8-3 12:04:22 | 只看该作者 Only view this author
您好老师,我Gaussian上先用小基组(STO-3G)进行casscf以后,在使用该结果为初猜进行3-21G*基组进行运算时出现了以下问题:
Memory needed for direct integral evaluation:   124652490
  Direct SDER calculation needs more space:   124652490
  DISK based calculation
  Calculation does not fit in Transformation
  Increase the memory to:   112634500
Error termination via Lnk1e in D:\G09W\l510.exe at Wed Aug 03 11:48:30 2022.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  2.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     30 Int=      0 D2E=      0 Chk=      8 Scr=      1
这是让我增大运算内存吗?我增大到了512MB,但还是出现了这个问题,麻烦各位老师帮忙解答一下,谢谢!
还有一个小问题,我的chk档文件在gview里能正常打开,但是用记事本打开时就会乱码,请问是什么原因?

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发表于 Post on 2022-8-3 14:43:59 | 只看该作者 Only view this author
cxh19990601 发表于 2022-8-3 12:04
您好老师,我Gaussian上先用小基组(STO-3G)进行casscf以后,在使用该结果为初猜进行3-21G*基组进行运算时 ...

对,还是回到你的帖子,可能你的活性空间太大了,耗内存大。
chk文件是二进制文件,txt打不开,要打开,用formchk转换成fch。
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