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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-8-3 14:45:35 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-8-3 14:43
对,还是回到你的帖子,可能你的活性空间太大了,耗内存大。
chk文件是二进制文件,txt打不开,要打开, ...

感谢老师解答!

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发表于 Post on 2022-8-3 21:09:38 | 只看该作者 Only view this author
liustone 发表于 2022-8-3 04:44
谢谢sob老师,我需要处理的是几百个相似的三分子体系,都要计算BSSE,因此想求助对它们批量分片段的方法 ...

最省事的办法是用orca做计算,用gCP方法考虑BSSE,计算速度极快(几秒钟),不需要划分片段,有解析梯度,而且还可以考虑分子内BSSE。缺点是必须用某些指定的基组(如def2-TZVP等),且精度较counterpoise可能稍差一点
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-4 02:13:53 | 只看该作者 Only view this author
cxh19990601 发表于 2022-8-3 12:04
您好老师,我Gaussian上先用小基组(STO-3G)进行casscf以后,在使用该结果为初猜进行3-21G*基组进行运算时 ...

加大内存
干嘛就给512MB
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-4 02:14:33 | 只看该作者 Only view this author
liustone 发表于 2022-8-3 11:44
谢谢sob老师,我需要处理的是几百个相似的三分子体系,都要计算BSSE,因此想求助对它们批量分片段的方法 ...

“算BSSE”意义不明
BSSE只是个理论层面的中间量,对于实际研究的问题而言根本就不是非得计算的东西。直接说明白当前计算的最终目的。倘若你真的就是出于极特殊目的非得要计算BSSE校正能本身,必须自己写脚本/程序创建输入文件。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-4 02:17:53 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-8-3 09:59
谢谢大佬,但是我将此波函数读取,计算过渡态,新得到的chk就是自旋密度处处为零,这是咋回事哩。

最终波函数如果用stable测试发现稳定,说明基态本来就是闭壳层的
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发表于 Post on 2022-8-6 13:35:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 护卫天使 于 2022-8-6 13:36 编辑

老师好,我对稀土配合物作单点能的计算,自旋多重度设置为1,为什么还会出现两套轨道,输入文件如下。感谢老师!

202208061336537358..png (61.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

202208061336537358..png

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发表于 Post on 2022-8-6 15:27:13 | 只看该作者 Only view this author
老师好,请问在计算QM/MM时,对QM区域的能量计算是不是也必须要用满足能量计算级别的泛函和基组?比如需要用双杂化泛函或者一些比较出色的普通泛函比如wB97M-V,搭配达到计算能量级别的基组。
像是B3LYP和r2SCAN-3c只能用来做优化等计算任务对吗?还是说在QM/MM任务中QM区域能量精度不需要太高(总感觉MD计算出来的能量是不是没有QM准确)可以用更便宜的泛函和基组呢?
刚入门问题有些小白,请老师见谅。

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-8-6 15:58:25 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-8-6 13:35
老师好,我对稀土配合物作单点能的计算,自旋多重度设置为1,为什么还会出现两套轨道,输入文件如下。感谢 ...

什么稀土元素?什么赝势和基组?
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-8-6 16:05:50 | 只看该作者 Only view this author
wanghaoyu 发表于 2022-8-6 08:27
老师好,请问在计算QM/MM时,对QM区域的能量计算是不是也必须要用满足能量计算级别的泛函和基组?比如需要 ...

有条件尽量用好泛函,这个和是不是QM/MM计算没关系。
这个逻辑是这样的:表面上看,双杂化泛函比B3LYP耗时高比较多,比如高5倍。但是如果算上opt+freq的时间,就会发现用双杂化泛函算单点的总时间其实高不了太多。比如用B3LYP算单点的时候,opt+freq需要1天,单点需要2小时,结果误差4kcal/mol;用双杂化泛函算单点,opt+freq仍然需要1天,单点需要10小时,结果误差2kcal/mol。明显是更划算的。
对于QM/MM计算,固然MM部分会引入一些误差,比如2kcal/mol。那么此时就变成了:用B3LYP算单点的时候,opt+freq需要1天,单点需要2小时,结果误差6kcal/mol;用双杂化泛函算单点,opt+freq仍然需要1天,单点需要10小时,结果误差4kcal/mol。差别没那么悬殊了,但是仍然是划算的,毕竟总计算时间只增加了30%而已。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-8-6 16:06:27 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-8-6 06:35
老师好,我对稀土配合物作单点能的计算,自旋多重度设置为1,为什么还会出现两套轨道,输入文件如下。感谢 ...

因为stable=opt了。好好复习stable=opt的作用
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-8-6 16:43:10 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-8-6 16:05
有条件尽量用好泛函,这个和是不是QM/MM计算没关系。
这个逻辑是这样的:表面上看,双杂化泛函比B3LYP耗 ...

谢谢老师的解答,明白的您的意思了。
另外还有另一个困惑,您提到的算能量之前的opt和freq是否是必须的呢?比如我现在的使用场景只是对没有力场参数的部分用QM计算,其他部分用传统MD计算,然后能量耦合起来。
我是否可以简单粗暴的划定QM区域然后选择尽可能好的泛函和基组来计算呢?

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发表于 Post on 2022-8-6 17:05:31 | 只看该作者 Only view this author
wanghaoyu 发表于 2022-8-6 09:43
谢谢老师的解答,明白的您的意思了。
另外还有另一个困惑,您提到的算能量之前的opt和freq是否是必须的 ...

QM区域固然是一开始就划定好的,但是你怎么选择你用来算QM/MM单点能的结构?显然必须做结构优化,才有可靠的结构用来算单点能。而必须做频率计算,才知道优化出来的结构有没有虚频。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-8-6 17:32:39 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-8-6 17:05
QM区域固然是一开始就划定好的,但是你怎么选择你用来算QM/MM单点能的结构?显然必须做结构优化,才有可 ...

明白了,再次感谢老师对小白的友好解答 :) 感谢!

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16124#
发表于 Post on 2022-8-6 23:02:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xiayu1985 于 2022-8-6 23:04 编辑

物质A (大分子骨架)和物质B(小分子)在催化剂M的催化下进行。这个反应总体看是A分子脱去小分子,B分子结合到A上去成环。如何判断小分子B是开始就和MA结合在一起进行反应(三分子反应,图2),还是小分子B是反应机理的中间才参与的(AM先结合反应,然后再和B结合,二分子反应,图1)?如果是中间才参与的话,反应机理的图是不是要有两个参考。如下图的反应路径中(1:双分子反应,图2:三分子反应),图1TS1TS2对应的能量参考点是不是分别是intermediateA+M)和intermediateA+M+B)。这样可以吗?


1.jpg (16.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

图1

图1

2.jpg (11.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

图2

图2

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发表于 Post on 2022-8-6 23:25:44 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2022-8-6 16:02
物质A (大分子骨架)和物质B(小分子)在催化剂M的催化下进行。这个反应总体看是A分子脱去小分子,B分子结 ...

把双分子反应和三分子反应的过渡态分别找到,然后按http://sobereva.com/506的方法判断走哪条途径。实际走的那条路径的图必须画,另外那条途径的图可画可不画,取决于你文章的重点在哪。
注意必须做构象搜索
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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