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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-8-7 09:39:45 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-8-6 23:25
把双分子反应和三分子反应的过渡态分别找到,然后按http://sobereva.com/506的方法判断走哪条途径。实际 ...

老师,如果是双分子反应,小分子B 引入后,反应体系的原子数量发生了变化,这样反应路径中初始的路径反应参考点是孤立的A和M,后面小分子B的引入后,是不是后面的中间体和过渡态的参考变成了孤立的AM和B。这样会不会使intermediate(A+M)和intermediate(AM+B)的差异(自由能或者电子能量)变得很大?

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发表于 Post on 2022-8-7 15:48:20 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2022-8-7 02:39
老师,如果是双分子反应,小分子B 引入后,反应体系的原子数量发生了变化,这样反应路径中初始的路径反应 ...

老生常谈的问题了。
假设你要算A+M -> AM, AM + B -> AMB两步反应。有两种理解方法,按哪种理解方法都可以,两者是等价的:
(1)算G(AM)的时候,以G(A)+G(M)为零点;算G(AMB)的时候,以G(A)+G(M)+G(B)为零点。也就是不同物种选用的能量/自由能零点是不同的。
(2)虽然图上画的最初的反应物是A+M,但是反应物的自由能按G(A)+G(M)+G(B)算,而不是按G(A)+G(M)算。也就是把第一步反应当作A+M+B -> AM+B来算,B暂时不参与反应但是仍然写在反应式里面。这样自由能零点可以统一取为G(A)+G(M)+G(B)。不过这时注意,虽然把第一步反应当作A+M+B -> AM+B来算,但是在图上画的时候以及在正文里讨论的时候,建议仍然写作A+M -> AM,避免读者误以为B是这一步反应的催化剂。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-8-7 19:05:53 | 只看该作者 Only view this author
关于QM/MM MD的疑问:
1.QM/MM MD 是如何迭代的?每次一QM/MM MD迭代是有哪些关键步骤?
2.QM/MM MD的能量是如何进行计算的?个人理解MD是通过对对构象内能通过概率转化为自由能,如果在一个case中QM区域没有MM力学参数,如何和MM部分的能量耦合起来,计算得到自由能?
以上问题尝试着自己去寻找答案但是无奈网上似乎相关话题实在是太少,也希望老师能给个小白系统学习理解QM/MM MD的途径。
谢谢老师!

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发表于 Post on 2022-8-7 22:35:38 | 只看该作者 Only view this author
wanghaoyu 发表于 2022-8-7 12:05
关于QM/MM MD的疑问:
1.QM/MM MD 是如何迭代的?每次一QM/MM MD迭代是有哪些关键步骤?
2.QM/MM MD的能 ...

第一个问题:看http://sobereva.com/576,这个讲的是AIMD,但QM/MM MD可以认为是AIMD的一种,原理是一样的
第二个问题参见https://bdf-manual.readthedocs.i ... %20Guide.html#qm-mm
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-8 04:01:34 | 只看该作者 Only view this author
wanghaoyu 发表于 2022-8-7 19:05
关于QM/MM MD的疑问:
1.QM/MM MD 是如何迭代的?每次一QM/MM MD迭代是有哪些关键步骤?
2.QM/MM MD的能 ...

QM/MM的理论介绍文章或书籍多了去了,比如Introduction to Computational Chemistry (3ed,Frank Jensen,2017)就有介绍
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-8-8 09:04:29 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我需要做一个离子液体稳定构型的搜索;
阳离子有30个原子左右(C、H、O、N组成),阴离子有7个原子(C、H、O组成);
我想用molclus+Gaussian做构型搜索;
请问老师,我这里用B3LYP-D3(BJ)/6-311G** 可以吗?

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发表于 Post on 2022-8-8 09:48:26 | 只看该作者 Only view this author

如何运用高斯软件进行结合能的计算?

我想要通过高斯软件判断哪种单体与模板结合能力最好,现所遇到的问题是不太懂高斯软件如何进行结合能的计算。哪位老师可以给我提供一下计算教程和计算时所需注意事项吗?

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发表于 Post on 2022-8-8 09:57:21 | 只看该作者 Only view this author
请问结合能的计算与单点能的计算有什么不同?

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-8-8 10:13:14 | 只看该作者 Only view this author
忘不掉的回忆 发表于 2022-8-8 09:04
老师好,我需要做一个离子液体稳定构型的搜索;
阳离子有30个原子左右(C、H、O、N组成),阴离子有7个原 ...

建议分步优化,先用低级别优化,再用高级别。
最后一步优化至少阴离子要加弥散。
第一步用B3LYP-D3(BJ)/6-311G**还是太高,建议第一步用半经验。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-8 10:14:43 | 只看该作者 Only view this author
XYWO 发表于 2022-8-8 09:48
我想要通过高斯软件判断哪种单体与模板结合能力最好,现所遇到的问题是不太懂高斯软件如何进行结合能的计算 ...

公社论坛首页google框搜 Gaussian 结合能 计算
花半个小时若还没搞明白,再在这里具体问、描述具体不会的地方

这俩至少要看
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子
http://sobereva.com/542http://bbs.keinsci.com/thread-16585-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-8 10:14:51 | 只看该作者 Only view this author
XYWO 发表于 2022-8-8 09:57
请问结合能的计算与单点能的计算有什么不同?

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
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忘不掉的回忆 发表于 2022-8-8 09:04
老师好,我需要做一个离子液体稳定构型的搜索;
阳离子有30个原子左右(C、H、O、N组成),阴离子有7个原 ...

我的所有molclus的教程/例子里都不是一步得到结果,都是分步进行,以达到最佳性价比。把例子都仔细看了、思想充分领会了,提问时说具体哪个环节用哪个级别
B3LYP-D3(BJ)/6-311G**对优化浪费,对单点不够
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发表于 Post on 2022-8-8 10:27:33 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-8-8 10:13
建议分步优化,先用低级别优化,再用高级别。
最后一步优化至少阴离子要加弥散。
第一步用B3LYP-D3(BJ) ...

好的,谢谢老师,我这里没有表达清楚;
我这里想问的是做完半经验优化后再用Gaussian做最终优化

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发表于 Post on 2022-8-8 10:38:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-8 10:17
我的所有molclus的教程/例子里都不是一步得到结果,都是分步进行,以达到最佳性价比。把例子都仔细看了、 ...

谢谢老师的回复,下次提问问题时我一定注意;
我这里想问的是根据您的这篇文章(http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html)通过使用molclus+MOPAC做完初步优化后,
再用molclus+Gaussian做优化时泛函和基组的选择。
那么请问老师既然B3LYP-D3(BJ)/6-311G** 对优化浪费,那我可不可以先用一下小基组做一下优化,比如6-31G** ,
优化排序后筛选出几个构型再用大一点的基组优化一下。
谢谢老师

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发表于 Post on 2022-8-8 14:57:11 | 只看该作者 Only view this author
忘不掉的回忆 发表于 2022-8-8 03:38
谢谢老师的回复,下次提问问题时我一定注意;
我这里想问的是根据您的这篇文章(http://bbs.keinsci.com ...

6-31G**优化以后直接换更高的理论级别算单点就行了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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