简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

忘不掉的回忆

wzkchem5 发表于 2022-8-8 14:57
6-31G**优化以后直接换更高的理论级别算单点就行了

好的，谢谢老师

cxh19990601

您好老师，我做计算时出现了以下内容导致link dead，请问这是什么原因？
%mem=4GB
%nprocshared=8
Will use up to    8 processors via shared memory.
%chk=E:\test.chk
----------------------------------------------------------------------
#p opt=calcfc casscf(10,8)/3-21g* scrf=(solvent=chloroform) guess=read
  int=ultrafine scf=maxcyc=200 iop(1/8=3)
----------------------------------------------------------------------
1/8=3,10=4,14=-1,18=20,19=15,38=1/1,3;
2/9=110,12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=5,7=1,16=1,25=1,32=1,70=2201,71=2,72=7,75=-5,116=101,140=1/1,2,3;
4/5=1,17=10,18=8/1,5;
5/5=2,7=200,17=200,38=6,53=7/10;
8/6=4,10=90,11=11/1;
11/42=1,45=1/1;
10/6=1,13=1/3;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7/10=1,18=20,25=1/1,2,3,16;
1/8=3,10=4,14=-1,18=20,19=15/3(2);
2/9=110/2;
99//99;
2/9=110/2;
3/5=5,7=1,16=1,25=1,32=1,70=2205,71=1,72=7,75=-5,116=101/1,2,3;
4/5=5,16=3,17=10,18=8,69=1/1,5;
5/5=2,7=200,23=1,38=5,53=7/10;
7//1,2,3,16;
1/8=3,14=-1,18=20,19=15/3(-5);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
Leave Link    1 at Mon Aug 08 17:00:36 2022, MaxMem=   268435455 cpu:         0.0

Mr.zhen

我想模拟水中铬酸氢根离子与丙酮酸相互作用会产生什么产物，猜测会生成由一个Cr原子，两个C原子，两个O原子组成的五元环，我想验证我的猜想是否正确，我应该用高斯的什么功能，是过渡态搜索吗？我购买了初级培训班的讲义，但是没能亲自到场参加培训，导致一些地方一知半解，希望各位老师能够指点一二。

mlzhao

老师好，我在文献看到这种结构说是用高斯view画的，自己尝试了一下，发现怎么都不能放到一个平面，请问这个该怎么操作？

chands

mlzhao 发表于 2022-8-8 23:36
老师好，我在文献看到这种结构说是用高斯view画的，自己尝试了一下，发现怎么都不能放到一个平面，请问这个 ...

你用结构式绘图软件画不就得了吗，比如Kingdraw

wzkchem5

mlzhao 发表于 2022-8-8 16:36
老师好，我在文献看到这种结构说是用高斯view画的，自己尝试了一下，发现怎么都不能放到一个平面，请问这个 ...

这显然不是gaussview画的啊，gaussview里面原子要么是点、要么是球，不可能是字母。你放到平面里也不可能和文献一样

sobereva

cxh19990601 发表于 2022-8-8 17:05
您好老师，我做计算时出现了以下内容导致link dead，请问这是什么原因？
%mem=4GB
%nprocshared=8

如果是windows 32bit版，没法设那么大内存和核数，仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

非DFT计算设 int=ultrafine没丝毫意义

Marc0

mlzhao 发表于 2022-8-8 23:36
老师好，我在文献看到这种结构说是用高斯view画的，自己尝试了一下，发现怎么都不能放到一个平面，请问这个 ...

这可能是chemdraw画的，不可能是高斯view

Marc0

高斯计算得到的前线轨道分布图，有什么物理意义？

我这样理解是否正确：计算一个空穴传输型分子，得到的HOMO分布如下图所示，则可以推测，空穴主要在图右侧那一部分（有HOMO轨道分布的部分）传输。电子传输型分子类似，看LUMO分布。

KCM@SHU

请问一下用Gaussian计算金属和有机物的络合的时候，我加入了水溶剂化命令之后，我还需要去考虑水参与金属离子配位的数量吗？还有金属离子配位数除了查文献还有什么好的方法确认吗？

chands

KCM@SHU 发表于 2022-8-10 10:29
请问一下用Gaussian计算金属和有机物的络合的时候，我加入了水溶剂化命令之后，我还需要去考虑水参与金属离 ...

隐式溶剂模型不能（准确）描述金属离子与溶剂分子的配位键。所以要用显式-隐式溶剂模型，即先在金属离子周围配满溶剂分子再加隐式溶剂模型。
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 http://sobereva.com/327

金属离子配位数可以跑MD求得，论坛里有不少帖子，搜一搜。

Zhuoran

请教关于Gaussian在PBS脚本下提交出现故障的问题。
使用某一普通用户，以PBS脚本提交作业，出现报错。查看pbs的job.log，信息如下：

/share/home/test/.bashrc: line 16: /share/apps/g16/bsd/g16.profile: Permission denied
/var/spool/pbs/mom_priv/jobs/1071.mgr.SC: line 12: g16: command not found

已使用groupmems -g gaussian -a test        创建群组        
chgrp -R gaussian g16   赋予g16群组权限
chmod 750 -R g16  
chmod 777 -R scratch  赋予scratch文件权限，

并配置user用户下.bashrc权限。且在该用户下直接使用nohup g16 XXX.gjf一切正常。仅使用pbs时出现报错，请问是什么原因？

附上使用pbs内容。

#!/bin/bash
#PBS -N Gaussian
#PBS -o job.log
#PBS -e err.log
#PBS -q workq
#PBS -l nodes=1:ppn=20
#PBS -l mem=4000mb
#PBS -l walltime=2440:00:00
#PBS -j oe

cd $PBS_O_WORKDIR
g16 xxx.gjf

同样的.bashrc文件，pbs文件，在其他用户下进行过测试，没有故障。请问各位是什么原因？感谢

wzkchem5

Marc0 发表于 2022-8-9 07:16
高斯计算得到的前线轨道分布图，有什么物理意义？

我这样理解是否正确：计算一个空穴传输型分子，得到的 ...

可以认为空穴“有比较大概率”在HOMO分布的区域传输，电子“有比较大概率”在LUMO分布的区域传输，但这不是一定的（甚至这个比较大概率有没有50%都不好说）。在HOMO-1（乃至更低的占据轨道）上传输空穴、在LUMO+1（乃至更高的空轨道）上传输电子，以至于传输空穴或电子的轨道是若干前线轨道的线性组合的情况都很常见。
具体参见http://sobereva.com/543

Marc0

wzkchem5 发表于 2022-8-10 14:54
可以认为空穴“有比较大概率”在HOMO分布的区域传输，电子“有比较大概率”在LUMO分布的区域传输，但这不 ...

谢谢wzk老师的解答。

sobereva

Marc0 发表于 2022-8-9 14:16
高斯计算得到的前线轨道分布图，有什么物理意义？

我这样理解是否正确：计算一个空穴传输型分子，得到的 ...

特别是前线轨道简并或者近乎简并的情况，光拿一个轨道说事没什么意义