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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-11 06:59:25 | 只看该作者 Only view this author
Mr.zhen 发表于 2022-8-8 18:32
我想模拟水中铬酸氢根离子与丙酮酸相互作用会产生什么产物,猜测会生成由一个Cr原子,两个C原子,两个O原子 ...

先猜个反应机理,然后搜索过渡态、跑IRC进行验证
对于一个不熟悉的反应,一定要先搜文献找线索,能找到类似反应的情况,特别是有别人专门做过计算、给出过过渡态结构的情况,参考前人提供的信息,能大大降低自己来回猜测来回试算花的时间
注意产物和反应物之间如果结构差异很大,通常不是基元反应,而是历经多步才能完成的反应。这种情况每个过渡态、中间体也都得优化出来,从而得到整个反应过程的全貌。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-8-11 13:55:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liang666 于 2022-8-11 14:12 编辑

老师请问,我想算的聚合物,是在三氟化硼乙醚溶剂中合成的,在碳酸丙烯脂溶剂中测量的光谱。如果我想算这个聚合物的吸收光谱的时候,那对聚合物进行结构优化时候,应该加上哪种溶剂呢?

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发表于 Post on 2022-8-11 14:14:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 WOOOOWOOOO 于 2022-8-11 14:56 编辑

请问这种图怎么画


已解决http://sobereva.com/443

c99e04017ba016c13150749d6c0366b.jpg (59.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

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发表于 Post on 2022-8-11 15:33:37 | 只看该作者 Only view this author
liang666 发表于 2022-8-11 06:55
老师请问,我想算的聚合物,是在三氟化硼乙醚溶剂中合成的,在碳酸丙烯脂溶剂中测量的光谱。如果我想算这个 ...

用测光谱的溶剂。凡是算一个性质,必然要用实验测这个性质用的溶剂,而不是合成分子用的溶剂,因为虽然聚合物是在三氟化硼乙醚里合成的,刚合成出来的时候也是三氟化硼乙醚里的结构,但是在你把溶剂换成碳酸丙烯酯以后,聚合物的结构会自动变成碳酸丙烯酯里的结构。并不是说在某个溶剂里合成出来的结构换到其他溶剂里不会变。
但是如果聚合物上配了BF3,而且加了碳酸丙烯酯以后BF3也没掉,那BF3需要在聚合物结构里画出来。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-8-11 18:09:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-8-11 15:33
用测光谱的溶剂。凡是算一个性质,必然要用实验测这个性质用的溶剂,而不是合成分子用的溶剂,因为虽然聚 ...

这回明白了,谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-12 06:38:34 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-8-11 14:14
请问这种图怎么画

文章作者按着这篇文章画的
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html
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发表于 Post on 2022-8-12 12:34:13 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,学生有点不明白在Gaussian16中做了CCSD计算后如何查看波函数的<S^2>的值,因为CCSD方法是基于HF波函数的,是否计算得到的<S^2>值都是HF波函数的值呢?是否有更“准确”的<S^2>的值在计算结果中呢?

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发表于 Post on 2022-8-17 16:47:18 | 只看该作者 Only view this author

求助:使用Guassian进行非绝热矩阵元(nacme) 计算时报错

以上是计算时出现的报错,求助大神关键词应该换成什么?另外这里意思是缺失了半径,那应该添加什么半径(原子半径、共价半径、范德华半径)?

LTD6{NC9{1NF]SD8XH`IQEH.png (19.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

LTD6{NC9{1NF]SD8XH`IQEH.png

mmexport1660718382583.png (477.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-17 17:05:48 | 只看该作者 Only view this author
lucky9 发表于 2022-8-17 16:47
以上是计算时出现的报错,求助大神关键词应该换成什么?另外这里意思是缺失了半径,那应该添加什么半径(原 ...

跟NACME计算没丝毫联系
去掉prop
若要算拟合静电势电荷用Multiwfn算,拟合静电势电荷原文里没定义半径的时候直接用Multiwfn在屏幕上推荐的半径。过程参考
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
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本帖最后由 wzkchem5 于 2022-8-17 17:23 编辑
lucky9 发表于 2022-8-17 09:47
以上是计算时出现的报错,求助大神关键词应该换成什么?另外这里意思是缺失了半径,那应该添加什么半径(原 ...

你是按MOMAP教程算的NACME吧?
这种通过电场反推NACME的做法只有对于老版本的高斯是有意义的,因为当时高斯还不支持计算NACME,但由transition density在原子核处的电场强度可以推出Hellmann-Feynman NACME(或称Chernyak-Mukamel NACME)。Hellmann-Feynman NACME仅当基组极其大(比如def2-QZVPP以上)的时候才接近真实的NACME,基组没有这么大的话只是一个极其粗糙的近似。
但是从Gaussian 16开始,高斯自己可以算NACME了,用的是Lagrangian formulation,精度比Hellmann-Feynman NACME高得多。所以应该参考高斯手册(http://gaussian.com/td/),用高斯直接计算NACME,而不是像你这样从transition density在原子核处的电场强度反推Hellmann-Feynman NACME。严格来说你这个输入文件不属于在算NACME,因为算出电场强度以后还要换算一下,这步换算是在MOMAP里完成的,换算完了才叫NACME。而且正如我所说,换算完了也只是一个极其粗糙的近似,远不如Gaussian 16直接算出来的靠谱。
可以看一下https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.accounts.1c00312?ref=PDF了解不同的计算NACME的方法的联系和区别,以及精度差异
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-8-18 01:59:40 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,仅用质谱可以证明M(HCCCH)-和M(CH2CC)-是两种结构吗?我利用质谱通过不同的前体得到了这两种产物,前者是HCCCH2基团少一个氢,后者是CH3CC基团少一个氢,但是导师说HCCCH和CH2CC的结构互变非常容易发生,因此没办法准确证明该二者结构,因此这样的结果也就没有意义,但是还是想挽救一下。

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发表于 Post on 2022-8-18 02:55:50 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2022-8-17 18:59
请问老师,仅用质谱可以证明M(HCCCH)-和M(CH2CC)-是两种结构吗?我利用质谱通过不同的前体得到了这两种产物 ...

普通质谱不可能。二级质谱有极其渺茫的希望可以,就是想办法再把离子打得更碎,M(CH2CC)-可能更容易被打碎一些。
这种简单体系应该有现成的文献结论说两者的互变速率常数是多少,也许没有实验结果但是高精度理论计算结果是一定有的,即便没有也可以自己算,直接上MRCISD+Q做opt+freq,MRCISD+Q/CBS算单点,大力出奇迹就行了。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-8-18 09:01:47 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-8-10 10:40
隐式溶剂模型不能(准确)描述金属离子与溶剂分子的配位键。所以要用显式-隐式溶剂模型,即先在金属离子 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2022-8-18 09:15:43 | 只看该作者 Only view this author
我想问一下各位老师,就是我看教程的时候里面说计算金属配合物的时候金属离子与配体配位的原子上要去氢,那我想问一下,比如说+2价Co有四个配位位点,如果这四个配位位点都要脱氢的话,那我这个配合物是不是就相当于是四个带负电的配体和一个带+2的Co配位呢?最后电荷是用-4加上+2还是应该怎么算呢?

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发表于 Post on 2022-8-18 09:28:40 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-8-18 00:22
你是按MOMAP教程算的NACME吧?
这种通过电场反推NACME的做法只有对于老版本的高斯是有意义的,因为当时 ...

谢谢您的解答,我再仔细研究研究,跟我老师再讨论一下

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