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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-11-1 13:44:58 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2022-11-1 12:18
各位老师好,有篇文献将初始原料R1和R2分别计算能量加到一起标定为零,请问一定要将R1和R2放到一起优化完 ...

建议将R1和R2分别计算的能量加到一起指定为0,如果将R1和R2放到一起优化,可能优化到反应前复合物。

“两个原料放到一起优化能量比单独优化降低了”-- 这就是反应前复合物。
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发表于 Post on 2022-11-1 14:04:38 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-11-1 13:44
建议将R1和R2分别计算的能量加到一起指定为0,如果将R1和R2放到一起优化,可能优化到反应前复合物。

...

老师你好,这是不是表示应该先把R1,R2分别优化,再把R1,R2一起优化,如果能量升高了就表示不存在反应复合物,在反应势垒图中展示与否都可以。如果能量降低了就表示存在反应前复合物,需要在势垒图中展示出来。

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发表于 Post on 2022-11-1 14:11:50 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2022-11-1 14:04
老师你好,这是不是表示应该先把R1,R2分别优化,再把R1,R2一起优化,如果能量升高了就表示不存在反应复 ...

可以这么理解。
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发表于 Post on 2022-11-1 14:15:53 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-11-1 14:11
可以这么理解。

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-11-2 09:10:40 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-10-27 17:48
可以。如果你没构造自旋对称破缺初始值,计算应该不会收敛到自旋对称破缺的解。

老师您好,可以再请教您一个问题吗?前面对于TS2我不是没有构造对称破缺态,然后找到了直接连接环丁烷和2分子乙烯的过渡态吗,但是这个过渡态的计算任务(#p opt=(calcfc,ts,noeigen,recalc=4) freq um062x/6-311g(d,p) int=superfine nosymm 标题 结构 0 1)里我的电荷、自旋多重度设置的也是0 1;对于这样的结构,在不构造对称破缺的情况下,这样的设置合理吗?

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发表于 Post on 2022-11-2 09:25:55 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-11-2 09:10
老师您好,可以再请教您一个问题吗?前面对于TS2我不是没有构造对称破缺态,然后找到了直接连接环丁烷和2 ...

如果过渡态有对称破缺结构,还是要构造对称破缺初始结构,否则波函数不会自动收敛到对称破缺结构。
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发表于 Post on 2022-11-3 09:26:05 | 只看该作者 Only view this author
老师们,想请教一下,算能量分解时,试了好几遍,一直在报错,这是我的输入文件和输出文件,科研小白,老师们,多多包涵! WF4O-C2H2.inp (18.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 2) WF4O-C2H2.out (11.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

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发表于 Post on 2022-11-3 10:02:13 | 只看该作者 Only view this author

几何优化完成任务不结束问题

打扰各位老师一下,我做优化几何和频率计算的时候优化几何能量随优化步数变化如图,基本已经没有变化就是任务不停止还在计算,这种情况是什么原因呢,有什么办法可以解决么?麻烦各位老师了,谢谢

202211030955494284..png (112.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

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发表于 Post on 2022-11-3 10:28:38 | 只看该作者 Only view this author
我想请问一下各位老师就是我用Gaussian里面的energy算出来的反应物的能量减去生成物的能量得到的数据可以表示什么呢?我看一些反应的反应能是不是要用freq里面的数据进行计算?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-3 10:40:52 | 只看该作者 Only view this author
zhb 发表于 2022-11-3 10:02
打扰各位老师一下,我做优化几何和频率计算的时候优化几何能量随优化步数变化如图,基本已经没有变化就是任 ...

没达到收敛限

拖个框把后期放大了就能看到能量变化
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-3 10:42:46 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-11-3 10:28
我想请问一下各位老师就是我用Gaussian里面的energy算出来的反应物的能量减去生成物的能量得到的数据可以表 ...


谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量
http://sobereva.com/488http://bbs.keinsci.com/thread-13450-1-1.html

如果用热力学量求差得到热力学量发生的变化,看下文了解各种热力学量怎么计算
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html
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发表于 Post on 2022-11-3 10:57:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-3 10:40
没达到收敛限

拖个框把后期放大了就能看到能量变化

谢谢老师,那意思是我需要继续等么,老师有什么方法可以增加计算时间适中,还可以达到收敛么。因为等了好长时间,觉得应该不会正常结束了,再次麻烦您

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发表于 Post on 2022-11-3 11:44:13 | 只看该作者 Only view this author
zhb 发表于 2022-11-3 10:57
谢谢老师,那意思是我需要继续等么,老师有什么方法可以增加计算时间适中,还可以达到收敛么。因为等了好 ...

http://sobereva.com/327
"在优化和振动分析过程中使用SMD时,个别情况下可能造成本来是高对称性的结构出现虚频、优化收敛变得困难等问题,而默认的IEFPCM则没这个问题。因此使用SMD优化和振动分析时碰到这种情况时可以尝试改用默认的IEFPCM再试,对于几何优化和振动分析来说SMD和IEFPCM在结果上几乎不会有什么差异,因为对这类任务产生影响的主要是极性部分。鉴于此,我个人经验和建议:做优化、振动分析时总是用IEFPCM,而算单点能的时候则改用SMD。"

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发表于 Post on 2022-11-3 14:47:06 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,我注意到sob站长在《大体系弱相互作用计算的解决之道》(http://sobereva.com/214)一文给出的弱相互作用建议方法中,许多基组都不含弥散项。这个可以理解为,zeta数大的基组结合D3校正,已经能很好地描述弱相互作用,无需额外引入弥散函数吗?以及,其中的D3能否用D4代替?谢谢!

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发表于 Post on 2022-11-3 15:43:22 | 只看该作者 Only view this author
一个用户名 发表于 2022-11-3 07:47
老师们好,我注意到sob站长在《大体系弱相互作用计算的解决之道》(http://sobereva.com/214)一文给出的弱 ...

不是的,弥散函数是为了解决BSSE问题的,D3是为了解决色散问题的,两者没有关系。如果不加弥散,要么是因为已经用了counterpoise或gCP方法做了BSSE校正(此时基组对弥散函数的需求要低很多),要么是基组本身足够大(例如def2-QZVP),要么是精度要求不高。
凡是有D4色散参数的泛函,D3都可以换成D4

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Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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