计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

178

帖子

0

威望

737

eV
积分
915

Level 4 (黑子)

16981#
发表于 Post on 2022-11-3 16:36:42 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我的体系带一个单位负电荷,结构优化和单点能计算是不是都需要加上妳散函数?

1.gjf

2.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

131

帖子

0

威望

1255

eV
积分
1386

Level 4 (黑子)

16982#
发表于 Post on 2022-11-3 16:48:40 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,用gaussian-orca连用进行IRC分析怎样写关键词调整步数呢?
还有就是怎样监测IRC进行到哪了?

1016

帖子

0

威望

2096

eV
积分
3112

Level 5 (御坂)

天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

16983#
发表于 Post on 2022-11-3 16:48:57 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-11-3 16:36
老师好,我的体系带一个单位负电荷,结构优化和单点能计算是不是都需要加上妳散函数?

可以只对明显带负电的原子(如羧基的氧)加弥散。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

178

帖子

0

威望

737

eV
积分
915

Level 4 (黑子)

16984#
发表于 Post on 2022-11-3 16:53:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 护卫天使 于 2022-11-3 17:01 编辑
chands 发表于 2022-11-3 16:48
可以只对明显带负电的原子(如羧基的氧)加弥散。

一共三个羧基,6个氧原子都加弥散吗?后面需要用到电荷分解分析,不能用弥散函数,能不能不加弥散函数呢?

1016

帖子

0

威望

2096

eV
积分
3112

Level 5 (御坂)

天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

16985#
发表于 Post on 2022-11-3 18:52:31 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-11-3 16:53
一共三个羧基,6个氧原子都加弥散吗?后面需要用到电荷分解分析,不能用弥散函数,能不能不加弥散函数呢 ...

做优化的时候加,电荷分解分析再用合适的级别算一遍。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

3

帖子

0

威望

75

eV
积分
78

Level 2 能力者

16986#
发表于 Post on 2022-11-3 20:35:02 | 只看该作者 Only view this author
老师好,请问如何理解GKS-EDA能量分解中的Ecorr(电子相关能)?为什么在ALMO-EDA中并没有出现这一项?另外GKS-EDA中提到Eexchage和Ereplusion相加就可以得到Pauli排斥能,这一排斥能与ETS-NOCV以及ALMO-EDA中的Pauli排斥能又有怎样的关系?非常感谢!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

16987#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-4 07:58:49 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2022-11-3 16:48
各位老师好,用gaussian-orca连用进行IRC分析怎样写关键词调整步数呢?
还有就是怎样监测IRC进行到哪了?

跟常规Gaussian计算时完全一样
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

16988#
发表于 Post on 2022-11-4 10:33:12 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,对于图注 “Figure X. PES (in kcal/mol, at 0 K) for the xx reaction of A at the CCSD(T)//M06-2X/cc-pVTZ level of theory”,纵坐标是△H, 这是不是说明势能面是用H(0)表示的呢?

202211041032438129..png (16.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

202211041032438129..png

1万

帖子

0

威望

8994

eV
积分
20744

Level 6 (一方通行)

16989#
发表于 Post on 2022-11-4 14:19:57 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-11-4 03:33
请教各位老师,对于图注 “Figure X. PES (in kcal/mol, at 0 K) for the xx reaction of A at the CCSD(T) ...

Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

16990#
发表于 Post on 2022-11-4 14:47:44 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,请问G4的具体计算流程是什么呢?或者老师们有没有介绍G4方法的文献推荐呢?感谢

35

帖子

0

威望

217

eV
积分
252

Level 3 能力者

16991#
发表于 Post on 2022-11-4 15:00:28 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我用多参考方法计算了一个裂解反应的势能曲线,这个反应的自由能是一直增大的,呈现如图所示的趋势的,目前我准备用MESS计算这个无势垒反应的速率,请问这种情况需要考虑隧穿效应吗?

202211041500147648..png (8.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

202211041500147648..png

1万

帖子

0

威望

8994

eV
积分
20744

Level 6 (一方通行)

16992#
发表于 Post on 2022-11-4 15:25:58 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-11-4 07:47
请教各位老师,请问G4的具体计算流程是什么呢?或者老师们有没有介绍G4方法的文献推荐呢?感谢

https://aip.scitation.org/doi/10.1063/1.2436888
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

178

帖子

0

威望

737

eV
积分
915

Level 4 (黑子)

16993#
发表于 Post on 2022-11-4 19:25:24 | 只看该作者 Only view this author
有老师用过pbe0/def2-tzvp基组的频率校正因子吗?在网友Liyuanhe整理的表格中只有pbe/def2-tzvp基组的频率校正因子。

178

帖子

0

威望

737

eV
积分
915

Level 4 (黑子)

16994#
发表于 Post on 2022-11-5 10:12:26 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,计算A和B分子在SMD溶剂的相互作用能。在气相下计算得到了BSSE energy。然后带上溶剂模型分别计算E(AB),E(A)和E(B)的单点能(A和B结构直接从复合物中提取),最后是用如下的公式求相互作用能吗?E_interaction=E(AB)-[E(A)+E(B)]+BSSE energy.

160

帖子

0

威望

606

eV
积分
766

Level 4 (黑子)

16995#
发表于 Post on 2022-11-5 11:24:14 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,这是我的输入文件
%chk=
%nprocshared=6
#p opt=(calcfc,ts,noeigen,maxstep=5,notrustupdate,gdiis) b3lyp/genecp
empiricaldispersion=gd3 scrf=(smd,solvent=Tetrahydrofuran)
这是我那1kB的输出文件
**************************************************************************
File: /home/chen/bs/b3lyp-F/TS2-OL3.com
Time consuming: 8.96 hours
Submission time: 2022-11-04, Fri, 19:15:36
Ending time:     2022-11-05, Fri, 04:13:22
**************************************************************************
Temporary folder is /home/chen/bs/tmp/gaussian/20524
想问一下老师,这是一种什么错误?老师,这种错误需要怎么改呢?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 07:59 , Processed in 0.304942 second(s), 28 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list