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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-10-28 19:44:26 | 只看该作者 Only view this author

两个是一样的情况,MOF4O-C2H2的用的WFN,出来WFN文件是空的,WF4O-C2H2用的WFX,出来的log文件出错了,(试了很多次,一个结构两种方法,都用了,)

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发表于 Post on 2022-10-28 20:07:25 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,图片里的TS是通过对•CH2-CH2=CH-CH2•双自由基扫描中间的C2-3键长、对扫描曲线极大点结构优化得到的(前面在找过渡态的时候都使用了自旋极化单重态,过渡态输出文件<S**2>= 0.7181)。现在计算过渡态的能量,电荷与自旋多重度设置0 1,是不是也要向之前一样继续构造对称破缺初猜波函数呢?突然有点迷茫了,双自由基是很常见的自旋极化单重态的例子,但是对于这个过渡态,我就不太清楚,还望老师们指点,谢谢。

202210282007069900..png (59.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

双自由基——TS——乙烯

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发表于 Post on 2022-10-28 20:17:40 | 只看该作者 Only view this author
有一个小问题请教老师们,在opt+freq优化完了分子结构之后,计算单点能的时候我一般都是只提取分子结构,在输入方法、关键词等,没有用过guess=read;请问在计算单点能的这一步读取上一步结构优化的波函数有什么帮助吗?谢谢老师

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发表于 Post on 2022-10-28 22:48:36 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-28 13:17
有一个小问题请教老师们,在opt+freq优化完了分子结构之后,计算单点能的时候我一般都是只提取分子结构,在 ...

参见http://bbs.keinsci.com/thread-32988-1-1.html#pid222457
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-10-28 22:51:44 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-28 13:07
请教各位老师,图片里的TS是通过对•CH2-CH2=CH-CH2•双自由基扫描中间的C2-3键长、对扫描曲线极 ...

既然你结构优化的时候的波函数是对称破缺的,那单点能当然也几乎必然是对称破缺的。
但是未必要重新构造对称破缺初猜,因为也可以用stable=opt或者guess=read代替。总之最后收敛的波函数得是对称破缺的,如何收敛到这个波函数不重要。
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-29 04:45:35 | 只看该作者 Only view this author
小翟w 发表于 2022-10-28 19:44
两个是一样的情况,MOF4O-C2H2的用的WFN,出来WFN文件是空的,WF4O-C2H2用的WFX,出来的log文件出错了, ...

Gaussian版本太老,甭用bug一堆的早就过时的G09 A.01
另外,这种体系用MP2计算极差,费力不讨好,绝对没有任何理由使用。
用PBE0-D3(BJ)强百倍,而且此时用直接产生的chk文件再转成fch文件就能给Multiwfn做波函数分析,省得去特意产生wfn/wfx文件。而且用fch文件时能用的Multiwfn分析功能远多于wfn/wfx文件。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2022-10-29 08:45:47 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-28 22:51
既然你结构优化的时候的波函数是对称破缺的,那单点能当然也几乎必然是对称破缺的。
但是未必要重新构造 ...

谢谢老师,那比如最后的产物乙烯,明确知道他不具备自旋极化单重态特征,就可以用非限制性方法结构优化/计算能量了吧?

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发表于 Post on 2022-10-29 08:46:29 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-28 22:48
参见http://bbs.keinsci.com/thread-32988-1-1.html#pid222457

“只要你读的初猜波函数比默认的Harris functional(大体可以认为是把分子的电子密度近似为原子的电子密度之和)初猜好,读波函数就可以帮助SCF收敛。”,学习到了,谢谢老师。

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发表于 Post on 2022-10-29 09:27:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-29 04:45
Gaussian版本太老,甭用bug一堆的早就过时的G09 A.01
另外,这种体系用MP2计算极差,费力不讨好,绝对没 ...

就是说,现在这个方法和基组就没有能解决的办法了,换个方法和基组用直接产生出来的chk文件再转成fch,是不

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发表于 Post on 2022-10-29 14:04:57 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-29 01:45
谢谢老师,那比如最后的产物乙烯,明确知道他不具备自旋极化单重态特征,就可以用非限制性方法结构优化/ ...

Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-30 05:50:03 | 只看该作者 Only view this author
小翟w 发表于 2022-10-29 09:27
就是说,现在这个方法和基组就没有能解决的办法了,换个方法和基组用直接产生出来的chk文件再转成fch,是 ...

如果不换基组就得用更新版的Gaussian
你用的远古版本Gaussian没法对含有较高角动量的基组下的计算产生wfn文件,也不支持产生wfx


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发表于 Post on 2022-10-30 09:26:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-30 05:50
如果不换基组就得用更新版的Gaussian
你用的远古版本Gaussian没法对含有较高角动量的基组下的计算产生wf ...

好,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-10-30 11:30:26 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,问一个比较脑瘫的事情,请问计算反应势垒的时候,先把各个IRC末端结构优化然后计算高精度的单点能得到自由能。怎样把各步反应汇总成总势垒图呢?
比如说中间某步反应比前面的步骤多加了一个碳酸氢根,是把前面所有结构的能量都加上碳酸氢根的能量,还是把这一步反应原料与前一步产物能量标定成一样的

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发表于 Post on 2022-10-30 12:53:41 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我用G16优化了一个氯乙烯分子,两个碳原子的Mulliken电荷与NBO电荷是相反的,如果预测反应位点是需要别的依据还是一哪个电荷为基准呢?

vinyl_chloride.gjf

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vinyl_chloride.out

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发表于 Post on 2022-10-30 15:13:36 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2022-10-30 05:53
各位老师,我用G16优化了一个氯乙烯分子,两个碳原子的Mulliken电荷与NBO电荷是相反的,如果预测反应位点是 ...

说实话,这种常见有机小分子根本不需要预测什么反应位点,直接查实验的文献是最靠谱的。预测反应位点是针对那些没有人做过的反应而言的
Zikuan Wang
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