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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-8 10:34:40 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-11-7 14:32
请问用shermo计算的能量的热校正和用高斯计算热校正的方法有什么不同呢?我尝试计算了一个分子发现从小数点 ...

认真看了便知
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2022-11-8 10:47:08 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我想问一下在用虚拟机安装Linux系统进行计算的时候,给系统分配的内存最好是多少呢?我看又说分配的太多会影响电脑的正常使用

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发表于 Post on 2022-11-8 11:22:19 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,使用文献中过渡态坐标,用他给出的方法基组优化不收敛怎么办?直接用给出的坐标计算频率有三个虚频,结构也不收敛。


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发表于 Post on 2022-11-8 11:30:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-8 10:34
认真看了便知
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552(h ...

好的谢谢sob老师,我直接下了软件看说明书的,没注意到这篇文章

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-8 11:46:48 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-11-8 10:47
各位老师我想问一下在用虚拟机安装Linux系统进行计算的时候,给系统分配的内存最好是多少呢?我看又说分配 ...

取决于你主机运行什么,肯定会剩余的物理内存可以都给客户机
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-8 11:57:58 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2022-11-8 11:22
各位老师好,使用文献中过渡态坐标,用他给出的方法基组优化不收敛怎么办?直接用给出的坐标计算频率有三个 ...

既然都给了过渡态坐标了,干嘛还再去优化

opt freq过程不建议用SMD,此文明确说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
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发表于 Post on 2022-11-8 15:04:38 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2022-11-8 04:22
各位老师好,使用文献中过渡态坐标,用他给出的方法基组优化不收敛怎么办?直接用给出的坐标计算频率有三个 ...

看看是不是有两个虚频都特别小(例如绝对值小于100cm^-1),被作者忽略了。如果是的话,作者的处理不严格,但不一定算错。
如果不是的话,建议跟作者发信询问,可能作者算这个体系没有检查虚频,那样的话作者应当发个勘误。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2022-11-8 16:04:45 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我用shermo计算能量,将计算频率没有优化结构的高斯log文件作为输入,setting.ini中的校正没有改动都还是1,为什么输出的结果中各项能量都与高斯log文件的第一次输出的对应能量相同而不是最后一次输出的能量呢?

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发表于 Post on 2022-11-8 17:33:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-8 11:46
取决于你主机运行什么,肯定会剩余的物理内存可以都给客户机

老师我想问一下虚拟机和双系统那个会好一点呢?

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发表于 Post on 2022-11-8 18:25:04 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-11-8 15:04
看看是不是有两个虚频都特别小(例如绝对值小于100cm^-1),被作者忽略了。如果是的话,作者的处理不严格 ...


老师你好,文献中虚频为-111.1,我重复出来是-109左右。振动是对的

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发表于 Post on 2022-11-8 18:29:52 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2022-11-8 11:25
老师你好,文献中虚频为-111.1,我重复出来是-109左右。振动是对的

那就是作者处理不严格,把小虚频忽略了。
至于优化不收敛,是因为高斯想把这两个小虚频消掉,但是消着消着结构可能就跑偏了。如果发现不管怎么试图把小虚频消掉,过渡态都会完全跑偏,那说明这个过渡态很可能不存在,也就是作者不该忽略那两个小虚频,这种情况下可以考虑跟作者发信argue一下。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2022-11-8 18:50:51 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-11-8 18:29
那就是作者处理不严格,把小虚频忽略了。
至于优化不收敛,是因为高斯想把这两个小虚频消掉,但是消着消 ...

好的老师,感谢老师指导

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发表于 Post on 2022-11-8 19:44:10 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2022-11-8 18:50
好的老师,感谢老师指导

会不会是作者用了非默认的积分格点但没说

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发表于 Post on 2022-11-8 20:15:36 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,对于C4H8双自由基,如果想要利用molpro做一个CASPT2(2,2)计算的话,设置如下:basis=VTZ  
{hf;wf,32, irrep,0} (①单重态双自由基wf项中的第二项irrep,即波函的总对称性怎么写呢?)
{casscf;occ,17;closed,15;} (单重态双自由基,两个单电子,32-2=30,,3/2=15,故15个双占据轨道,closed设置15;occ=closed+活性轨道数目=17②这样理解正确吗?)
③{rs2c;occ,17;closed,15;orbital;maxit,500},麻烦各位老师看看,谢谢老师。

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发表于 Post on 2022-11-8 20:55:09 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-11-8 13:15
请教各位老师,对于C4H8双自由基,如果想要利用molpro做一个CASPT2(2,2)计算的话,设置如下:basis=VTZ  
...

对称性怎么写取决于你的C4H8双自由基的构象。分子属于C2v点群、C2h点群或者其他点群时,对称性相关的关键词的写法是截然不同的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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