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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-11-9 20:41:40 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-11-9 18:46
gen的意思是你另外定义基组。别用pseudo=read, 定义赝势和基组直接用genecp,
http://sobereva.com/60

你好,老师直接给了我一个输出log文件,怎么从输出文件看那个原子用的什么基组的呢。

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发表于 Post on 2022-11-9 21:42:27 | 只看该作者 Only view this author
小翟w 发表于 2022-11-9 20:41
你好,老师直接给了我一个输出log文件,怎么从输出文件看那个原子用的什么基组的呢。

这个文件没写基组。pseudo=read也过时了。
ORCA大法好!CP2K大法好!
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发表于 Post on 2022-11-9 21:56:45 | 只看该作者 Only view this author
RAL 发表于 2022-11-8 19:44
会不会是作者用了非默认的积分格点但没说

老师你好,非默认的积分格点对频率分析影响大吗?怎样分辨是不是使用了非默认的积分格点呢?

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发表于 Post on 2022-11-10 01:30:35 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-11-8 01:37
1. 石墨炔基本可以认为是一种多聚芳炔,所以可以查有机方面的文献,研究芳炔和Pd相互作用的。不过说实话 ...

老师您好,查阅了相关文献资料,了解到氢取代石墨炔(HsGDY)和Pd之间是形成化学键的。所以决定不用counterpoise方法算BSSE。根据您之前的建议,我又研究了一下基组和泛函的选择,想问下在针对在氢化石墨炔(HsGDY)表面吸附Pd原子的结合能的计算(总原子数为300多个)中,如下的基组泛函选择是否合理:

几何结构优化+频率计算:
泛函:PBE0-D3(BJ)
基组:C、H用6-31G**,即6-31g(d,p),Pd用lanl2TZ

单点能计算:
泛函:PBE0-D3(BJ)
基组:C、H用def2-TZVP,Pd用def2-TZVP

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发表于 Post on 2022-11-10 04:29:06 | 只看该作者 Only view this author
Mary 发表于 2022-11-9 18:30
老师您好,查阅了相关文献资料,了解到氢取代石墨炔(HsGDY)和Pd之间是形成化学键的。所以决定不用count ...

可以
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-11-10 09:34:35 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2022-11-9 21:56
老师你好,非默认的积分格点对频率分析影响大吗?怎样分辨是不是使用了非默认的积分格点呢?

积分格点不够精细可能导致算出来小虚频,G16默认是int=ultrafine,有小概率作者用了int=superfine但没说,没办法分辨

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发表于 Post on 2022-11-10 13:16:16 | 只看该作者 Only view this author

计算tddft时报错

是因为命令写的不对吗
这是输入文件

这是报错

而且有以下疑问:
结构优化之后基组和方法需不需要保持一致


12.PNG (33.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

12.PNG

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发表于 Post on 2022-11-10 13:28:30 | 只看该作者 Only view this author
PBE0泛函在Gaussian中写作PBE1PBE。如果你真的写PBE0,那其实做的不是PBE0泛函的计算。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-10 15:07:55 | 只看该作者 Only view this author
Lithium 发表于 2022-11-10 13:16
是因为命令写的不对吗
这是输入文件

http://bbs.keinsci.com/thread-13660-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-11-11 00:39:46 | 只看该作者 Only view this author
RAL 发表于 2022-11-10 09:34
积分格点不够精细可能导致算出来小虚频,G16默认是int=ultrafine,有小概率作者用了int=superfine但没说 ...

老师你好,int=superfine的关键词是这样写吗?计算出来的频率还是有一个小虚频应该怎样处理呢?多谢老师回复

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发表于 Post on 2022-11-11 09:25:05 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2022-11-11 00:39
老师你好,int=superfine的关键词是这样写吗?计算出来的频率还是有一个小虚频应该怎样处理呢?多谢老师 ...

你现在单独算freq,有没有和opt级别严格一致?算opt时有没有虚频?
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发表于 Post on 2022-11-11 09:54:55 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2022-11-11 00:39
老师你好,int=superfine的关键词是这样写吗?计算出来的频率还是有一个小虚频应该怎样处理呢?多谢老师 ...

那估计就是作者结构优化没处理好

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发表于 Post on 2022-11-11 10:19:43 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-11-11 09:25
你现在单独算freq,有没有和opt级别严格一致?算opt时有没有虚频?

老师你好,我直接用的文献中的过渡态坐标,使用文中写的方法结构优化并不收敛。想着直接进行频率分析试着找到过渡态

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发表于 Post on 2022-11-11 12:52:50 | 只看该作者 Only view this author
我想问一下,就是这种大分子结构是那gausview自己点出来的,还是有什么网站可以下载

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发表于 Post on 2022-11-11 16:28:14 | 只看该作者 Only view this author

求助:如何通过gaussian计算相对自由能谱

如题,应当如何通过g16计算反应过程中的相对自由能谱呢?在阅读论文时发现了下图,但文中对此图的计算方法没有什么说明,只是提到是由gaussian计算得到,不知具体应该用结构优化还是过渡态搜索什么的,希望大家不吝赐教。

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