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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-3-4 08:41:07 | 只看该作者 Only view this author
请问老师文献上说的“DFT总能”是否为电子能量“electronic  Energies”?还是指焓或吉布斯自由能?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-4 09:00:24 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-3-4 08:41
请问老师文献上说的“DFT总能”是否为电子能量“electronic  Energies”?还是指焓或吉布斯自由能?

一般是指电子能量
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-3-4 10:35:45 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师您好,氮掺杂的石墨烯用于电催化ORR反应,吸附氧气反应会有2电子或4电子的反应,电子来源是电流,那么在高斯文件中怎么体现这个2电子或4电子呢,直接把体系的电子数设置成2或4吗
下面是2电子的
%chk=C3N4-2.chk
%mem=2GB
%nprocshared=2
# opt freq ub3lyp/6-31g(d,p) scrf=(solvent=water)

****

2 1
N                 -2.27168619    0.44500325   -0.04262072
C                 -1.00448384    0.87384718   -0.02740765
N                  0.00003916   -0.00910944    0.0001
...........
下面是4电子的
%chk=C3N4-40.chk
%mem=2GB
%nproc=2
# opt freq ub3lyp/6-31G** scrf=(solvent=water)

****

4 1
N                 -2.27168619    0.44500325   -0.04262072
C                 -1.00448384    0.87384718   -0.02740765
N                  0.00003916   -0.00910944    0.00010757
.......
这样写可以吗,谢谢Sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-4 11:07:13 | 只看该作者 Only view this author
suifeng 发表于 2017-3-4 10:35
Sob老师您好,氮掺杂的石墨烯用于电催化ORR反应,吸附氧气反应会有2电子或4电子的反应,电子来源是电流,那 ...


电催化ORR什么的我不清楚
注意那个数不是体系电子数,而是体系净电荷数。电子带负电,所以当体系比中性状态多4个电子的时候要设-4。

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发表于 Post on 2017-3-4 16:55:48 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我在ChemPhysChem上看到了一篇石墨烯Se掺杂的文章(ChemPhysChem 2014, 15, 3994 – 4000)。发现其大部分的性质计算都是通过高斯完成的,但同时又进行了VASP的PBE计算作为对照(但不是重点)。因为我本身不了解VASP,想问您一下:
1.进行VASP计算验证是因为石墨烯本身为周期性体系的缘故吗?
2.如果周期性体系使用VASP较好,为什么文章要以Gaussian计算为主呢?
麻烦您了!
It's my life and it's now or never

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-4 17:20:40 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2017-3-4 16:55
Sob老师,我在ChemPhysChem上看到了一篇石墨烯Se掺杂的文章(ChemPhysChem 2014, 15, 3994 – 4000)。发现 ...


我暂时没时间看那篇文章
如果高斯来算,只适合截取团簇来考察。VASP验证或许是为了考察截取团簇这种做法对当前问题的合理性。
用高斯截取团簇来算速度更快,而且便于分析。

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wrtgcn + 4 谢谢

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发表于 Post on 2017-3-4 17:37:33 | 只看该作者 Only view this author
请教老师问题,kisthelp报错说此文件已存在,是否继续,我选了是,就没有任何下一步操作的操作框,请问该怎么解决呢?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-4 19:07:31 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-3-4 17:37
请教老师问题,kisthelp报错说此文件已存在,是否继续,我选了是,就没有任何下一步操作的操作框,请问该怎 ...


把那个文件删了再试
实在鼓捣不清楚就问开发者,也没准是bug
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发表于 Post on 2017-3-4 20:03:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2017-3-4 20:14 编辑

老师,寻找global minimum,transition state ,intermediate的时候都有哪些需要输入温度、压强、存在的溶剂?我查到的是opt米咋提on的时候寻找global minimum不需要设置温度、压强。解释化学反应机理的时候会有几种构象,其中哪一个才是发生化学反应的?是能量最低的构象吗?怎么选择?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-4 20:43:59 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-3-4 20:03
老师,寻找global minimum,transition state ,intermediate的时候都有哪些需要输入温度、压强、存在的溶 ...


温度压强设置根本不影响这些,因为这些都是在势能面上定义的,而温度压强这些根本不影响势能面。
构象分布问题用自由能考察:
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
自由能这些热力学量才受温度的影响

能量最低的构象未必是发生化学反应的。根据具体问题判断。如果不同构象下发生反应势垒也有高有低,很可能是从虽然能量稍高但是势垒低的构象反应。
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发表于 Post on 2017-3-4 21:19:49 | 只看该作者 Only view this author
老师,能不能介绍一下Spartan软件的用途和优缺点?它和gaussian可以互补吗?

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发表于 Post on 2017-3-4 23:08:55 | 只看该作者 Only view this author

计算频率与键的强度

想用高斯计算分子在某个压强下每个键的振动频率和强度,求高斯的输入文件。谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-5 07:34:23 | 只看该作者 Only view this author
kechengbiao 发表于 2017-3-4 23:08
想用高斯计算分子在某个压强下每个键的振动频率和强度,求高斯的输入文件。谢谢

“压强”和这根本没关系,高斯更不可能有相应的设置
相关内容看
通过柔性力常数考察键的强度
http://sobereva.com/364
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-5 07:35:52 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2017-3-4 21:19
老师,能不能介绍一下Spartan软件的用途和优缺点?它和gaussian可以互补吗?

没多大用,搞量化的人并不需要它,只不过由于有图形界面,适合给一些很初级的量化研究者使用。
唯一有点用的也就是做构象搜索,不过靠Gaussian+molclus完全可以取代之
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
而且gview6里据说也带了构象搜索
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发表于 Post on 2017-3-5 09:37:48 | 只看该作者 Only view this author
请教老师:我在用kisthelp算CVT时,它让我选要读多少个点,那按您之前的《使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数》,这几个应该是TS-4,TS-3,TS-2,TS-1,TS-0,TS+1,TS+2,TS+3,TS+4这九个,不包括反应物和生成物,对吧?

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