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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-5 09:51:52 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-3-5 09:37
请教老师:我在用kisthelp算CVT时,它让我选要读多少个点,那按您之前的《使用KiSThelP结合Gaussian基于过 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-3-5 12:08:02 | 只看该作者 Only view this author
老师,用fchk文件做静电势图的时候,new cube显示是灰色,无法点击使用。什么原因?

1111.jpg (25.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-5 12:47:54 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2017-3-5 12:08
老师,用fchk文件做静电势图的时候,new cube显示是灰色,无法点击使用。什么原因?

要么你的fchk里没分子轨道信息,比如ONIOM产生的;要么gview没认出来本机安装的Gaussian的位置,因此gview没法调用Gaussian目录下的cubegen产生格点数据
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发表于 Post on 2017-3-5 15:58:36 | 只看该作者 Only view this author
请教老师问题:我在做一个单分子断键反应,现在用opt(calcfc,ts)想去寻找其过渡态,但是gaussian报错如图所示,请教一下怎么改正呢?
ps:初始的坐标应该怎么给呢?请老师指教,不甚感激!

2017-03-05_155753.jpg (54.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

2017-03-05_155753.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-5 16:00:45 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-3-5 15:58
请教老师问题:我在做一个单分子断键反应,现在用opt(calcfc,ts)想去寻找其过渡态,但是gaussian报错如图所 ...


断键过程大多都没有过渡态,能量曲线是单调变化的,比如乙烷断裂成甲烷。考察这种过程可以做柔性扫描
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发表于 Post on 2017-3-5 16:50:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-5 12:47
要么你的fchk里没分子轨道信息,比如ONIOM产生的;要么gview没认出来本机安装的Gaussian的位置,因此gvie ...

专家老师啊,你说的太对。你一说我想起来,那一台电脑没有装windows的gaussia。谢谢您的解答!

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发表于 Post on 2017-3-5 17:34:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-5 16:00
断键过程大多都没有过渡态,能量曲线是单调变化的,比如乙烷断裂成甲烷。考察这种过程可以做柔性扫描

好的,谢谢老师指导
那我柔性扫描完之后,是不是应该将其势能曲线做出来,然后将第一个曲率为零的点作为我的过渡态结构?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-5 19:21:56 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-3-5 17:34
好的,谢谢老师指导
那我柔性扫描完之后,是不是应该将其势能曲线做出来,然后将第一个曲率为零的点作为 ...

显然不是。曲率为零是拐点,这跟过渡态定义八竿子打不着
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发表于 Post on 2017-3-6 13:11:24 | 只看该作者 Only view this author
gjf文件里面在cartesian coordinate后面还有一部分内容是什么?可以删除吗?

格式.jpg (24.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

格式.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-6 13:34:35 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2017-3-6 13:11
gjf文件里面在cartesian coordinate后面还有一部分内容是什么?可以删除吗?

原子连接关系
具体的看
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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发表于 Post on 2017-3-6 14:46:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-5 19:21
显然不是。曲率为零是拐点,这跟过渡态定义八竿子打不着

那我用kisthelp的话,是不是将柔性扫描得到的输出文件,在gview里打开,保存其中的几帧,然后做freq任务?
如果是的话,请问您我应该选那几帧是比较合适的呢?
谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-6 14:48:58 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-3-6 14:46
那我用kisthelp的话,是不是将柔性扫描得到的输出文件,在gview里打开,保存其中的几帧,然后做freq任务 ...


每个点都做
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发表于 Post on 2017-3-6 16:48:53 | 只看该作者 Only view this author

请教老师:kisthelp报错如图所示:
它的意思是我的频率有问题,而我是这么做的:现将一个分子优化,将优化的坐标提取出来,然后针对两个原子的做柔性扫描,得到21帧,对这21帧做freq任务,再去kisthelp做速率常数计算,请教一下这个错误怎么解决呢?谢谢!

2017-03-06_164433.jpg (30.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

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发表于 Post on 2017-3-6 17:07:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-6 13:34
原子连接关系
具体的看
Gaussian FAQ

老师,我查了点资料发现,在general选项卡里面可以设置是否显示原子连接顺序。可以一旦我把原子连接顺序删除,然后提交到windos下的gaussian时,提示错误(如图所示)。原子连接顺序很重要吗?我看了GAUSSIAN faq的解释,说目前gaussian对键的判断是依靠距离,不是通过波函数,布局分析来判断的。这样的话为什么不能算呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-6 18:15:13 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-3-6 17:07
老师,我查了点资料发现,在general选项卡里面可以设置是否显示原子连接顺序。可以一旦我把原子连接顺序 ...

是连接关系不是连接顺序。你肯定把格式弄错了
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