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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-6 18:17:37 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-3-6 16:48
请教老师:kisthelp报错如图所示:
它的意思是我的频率有问题,而我是这么做的:现将一个分子优化,将优化 ...


要弄清楚kisthelp的用法和VTST的基本原理。它要求你提供IRC路径上的点,做柔性扫描根本没法用于kisthelp的VTST
你先搞清楚柔性扫描路径上自由能是怎么变化的,有没有自由能极大点,如果有,直接把自由能垒代入到VTST公式里直接算k。如果没有自由能极大点,是单调变化的,直接把反应物减产物得到的自由能变代入TST公式里算k
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-3-6 20:28:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-6 18:17
要弄清楚kisthelp的用法和VTST的基本原理。它要求你提供IRC路径上的点,做柔性扫描根本没法用于kisthel ...

谢谢老师指点,我按照您的建议,将柔性扫描做出的14帧文件,分别计算了freq任务,将其Sum of electronic and thermal Free Energies的变化图做出来看了一下,如图所示,(单位是Hartree)。是属于没有能量极大值的情况,我现在还有两个困惑,再麻烦老师解答一下:
1.我之前查阅过资料,说的是CVT才适合做没有过渡态的反应,您在之前的回复说,如果有自由能极大点,直接把自由能垒代入到VTST公式里直接算k。如果没有自由能极大点,是单调变化的,直接把反应物减产物得到的自由能变代入TST公式里算k,请问您是说反了吗?(最近被这个反应搅和得脑袋都不太清醒了)
2.在利用公式自行计算的时候,请问我是应该把Sum of electronic and zero-point Energies这一项的差值作为能垒,同时配分函数使用Q(V=0)吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-6 20:38:14 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-3-6 20:28
谢谢老师指点,我按照您的建议,将柔性扫描做出的14帧文件,分别计算了freq任务,将其Sum of electronic  ...


1 没说反。TST必须有电子能垒才能用,但没有电子能垒的时候可能有自由能垒,此时VTST可以用。既有电子能垒又有自由能垒的时候TST和VTST结果相差不多,后者更准确;没有电子能垒也没有自由能垒的时候,TST和VTST都没法使用。CVT是VTST中的最粗糙的形式。
对于没有自由能垒也因此没法直接用VTST的情况,如果非要计算k,把自由能变代入热力学形式的TST或VTST(此时二者等价)来算k都是某些人对这种情况的做法,并不严格。严格处理得用VRC-TST等方法,麻烦得要死。
2 根本用不着管配分函数,直接把自由能垒代入到热力学形式的TST里就完了

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发表于 Post on 2017-3-6 20:49:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-6 20:38
1 没说反。TST必须有电子能垒才能用,但没有电子能垒的时候可能有自由能垒,此时VTST可以用。既有电子 ...

那按照您的建议,我现在仅需要做的是将反应物以及生成的两个自由基分别优化,然后计算一下某一温度下的freq任务,将其Sum of electronic and thermal Free Energies找出,代入图中的公式(C°默认取1)就好了吗?

2017-03-06_204801.jpg (10.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-6 23:07:44 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-3-6 20:49
那按照您的建议,我现在仅需要做的是将反应物以及生成的两个自由基分别优化,然后计算一下某一温度下的fr ...


对要断裂的键做柔性扫描,一直扫描到自由能的曲线已经差不多水平,将此处整个体系的自由能减去极小点处的自由能当做自由能垒代入到TST公式,计算表格:
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
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发表于 Post on 2017-3-7 14:47:51 | 只看该作者 Only view this author
请问guassian Freeze选项中-1,-2,-3分别代表什么?

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发表于 Post on 2017-3-7 14:54:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 darknesseye 于 2017-3-7 14:58 编辑

file:///F:/%E6%96%B0%E5%BB%BA%E6%96%87%E4%BB%B6%E5%A4%B9/AI~1%7BGM@%7B5~PV8FPCEKODCU.png

请问guassian用fck生成fchk出现这种问题该怎么解决?

AI~1{GM@{5~PV8FPCEKODCU.png (31.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

AI~1{GM@{5~PV8FPCEKODCU.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-7 14:59:55 | 只看该作者 Only view this author
darknesseye 发表于 2017-3-7 14:54
请问guassian用fck生成fchk出现这种问题该怎么解决?

没有fck文件一说
贴图方式不对,看置顶的新人必读
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-7 15:00:59 | 只看该作者 Only view this author
darknesseye 发表于 2017-3-7 14:47
请问guassian Freeze选项中-1,-2,-3分别代表什么?

会用-1就完了
不要拼错gaussian
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发表于 Post on 2017-3-7 15:14:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-7 14:59
没有fck文件一说
贴图方式不对,看置顶的新人必读

不好意思,sob老师,我看了新社员必读,我回帖的时候插入图片是点的图片按钮,然后提示我输入图片地址,我输入图片地址就行了吗?但是我看帖子中只是插入了地址,并看不到图片,然后我编辑了回帖,然后在编辑回帖里点了图片按钮,则出来上传图片的步骤,不知道是哪种贴图方式不对?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-7 15:37:26 | 只看该作者 Only view this author
darknesseye 发表于 2017-3-7 15:14
不好意思,sob老师,我看了新社员必读,我回帖的时候插入图片是点的图片按钮,然后提示我输入图片地址, ...

点击“图片”-“选择文件上传”-选择要上传的图片文件,然后点击图片的缩略图,则图就插到了文章中
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-7 15:37:55 | 只看该作者 Only view this author
darknesseye 发表于 2017-3-7 14:54
请问guassian用fck生成fchk出现这种问题该怎么解决?


重新算一遍单点之后再转换再试
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发表于 Post on 2017-3-7 15:42:54 | 只看该作者 Only view this author

关于gaussian生成fchk文件错误求解!

使用集群中formchk程序转换chk文件为fchk文件时,出现如下错误:
Read checkpoint file triTCPB.chk
Write formatted file triTCPB.fchk
Missing data for FChkPn.
Error termination via Lnk1e at Tue Mar 7 14:21:35 2017.
segmentation fault (core dumped)

我用同样方法转其他的chk文件就可以,但是转这个文件就不行,我想问下是什么原因,还是这个chk文件出错了?

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发表于 Post on 2017-3-7 15:45:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-7 15:37
点击“图片”-“选择文件上传”-选择要上传的图片文件,然后点击图片的缩略图,则图就插到了文章中

我知道了,sob老师,这个选项在高级模式中,我才发现

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发表于 Post on 2017-3-7 15:45:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-7 15:37
重新算一遍单点之后再转换再试

行,我再试试看,谢谢您的解答

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