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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-5-11 12:45:19 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!能不能打扰一下,请教您三个问题,1.高斯频率计算用的是玻尔兹曼分布还是费米狄拉克分布?什么软件的什么计算用的是费米狄拉克分布?2.物化里面学过理想气体的内能和焓只是温度的函数,高斯频率计算用的也是理想气体模型,如何在输出文件中体现这一点?3.高斯频率计算如何输出某个分子的熵值,需要加什么关键词?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-11 14:14:59 | 只看该作者 Only view this author
扯淡夜夜夜 发表于 2017-5-11 09:19
请问老师,在用GaussView打开out文件时出现如图的错误,这是哪里出问题了,谢谢!

程序bug,或者和你的高斯版本不兼容,或者高斯输出文件有问题
你可以自行把输出文件最后的坐标提取出来,拷到gjf里再打开看
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-11 14:15:13 | 只看该作者 Only view this author
小时候头很油 发表于 2017-5-11 12:24
sob老师,我想请教一下
1.IEF-PCM模型下溶剂中的自由能是怎么算的,看见很多说法,有人说用"Thermal corre ...


谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327

你说的那两种计算方法都是完全错误的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-11 14:18:14 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-5-11 12:45
sob老师您好!能不能打扰一下,请教您三个问题,1.高斯频率计算用的是玻尔兹曼分布还是费米狄拉克分布?什 ...

计算频率根本不牵扯到玻尔兹曼还是费米-狄拉克分布,除非是计算热力学量。频率怎么算出来的,看这个
基于fch中的Hessian矩阵计算振动频率的简单程序Hess2freq
http://sobereva.com/328

你用temperature设不同温度,给出的热力学量数值不同,直接就体现了。建议你看看这个了解下量化程序输出热力学量用的公式
Shermo:计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315

直接就会输出,仔细一看就能找到,在输出配分函数那一块儿
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-11 14:21:43 | 只看该作者 Only view this author
斑马痴 发表于 2017-5-11 11:10
老师你好,优化好的结构在计算旋光时正负不一样,应该根据波兹曼分布进行拟合还是舍弃一些数据呢?拟合后的 ...

那叫根据波尔兹曼分布进行“权重”而不叫“拟合”
可能的影响因素很多。基组可以用aug-cc-pVTZ再试试。ORD并不好算准,可以参考这两篇J. Nat. Prod. 2008, 71, 285–288、J. Phys. Chem. A 2005, 109, 11752-11764
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发表于 Post on 2017-5-11 15:15:35 | 只看该作者 Only view this author

请问如何算核磁

请问各位大神如何算氢谱

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发表于 Post on 2017-5-11 15:18:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-11 14:14
程序bug,或者和你的高斯版本不兼容,或者高斯输出文件有问题
你可以自行把输出文件最后的坐标提取出来 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2017-5-11 15:35:47 | 只看该作者 Only view this author
谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移
http://sobereva.com/354

注意低能构象比较多的分子算起来其实是很麻烦的(麻烦,不是慢)

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发表于 Post on 2017-5-11 15:45:05 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2017-5-11 15:35
谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移
http://sobereva.com/354

怎么处理低能构象多的柔性大分子的NMR?
Stand on the shoulders of giants

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发表于 Post on 2017-5-11 15:57:21 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2017-5-11 15:35
谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移
http://sobereva.com/354

谢谢老师 我先试试

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发表于 Post on 2017-5-11 17:40:53 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2017-5-11 15:45
怎么处理低能构象多的柔性大分子的NMR?

我只知道一个一个算了平均的办法→_→
有的时候还得考虑会不会有构象间转化能垒足够高的,这个时候还有能出两套峰事可多了

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发表于 Post on 2017-5-11 19:41:04 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!我尝试了大部分的SCF试调设置,开始用UB3PW91很快收敛,后用guess=check和ROB3PW91,怎么都不收敛。报错Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
   rdx 0000000000005909, rsp 00007fffffffba88, rbp 00007fffffffc060
   rsi 000000000000000b, rdi 0000000000005909, r8  00002aaaaaae9300
   r9  0000000000000000, r10 00007fffffffb850, r11 0000000000000206
   r12 0000000000000000, r13 0000000000000000, r14 00007fffffffc0a8
   r15 00002aaaab7c1050
  --- traceback not available
Aborted (core dumped)
out文件末尾是:
              436           437           438           439           440
    436  0.291911D-01
    437  0.000000D+00  0.293004D-01
    438  0.000000D+00  0.000000D+00  0.293004D-01
    439  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.284921D-01
    440  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.284939D-01
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home/yyb/software/Gaunssian/g09/l502.exe at Thu May 11 01:20:59 2017.
Job cpu time:  0 days  2 hours 42 minutes  7.4 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    145 Int=      0 D2E=      0 Chk=     10 Scr=      1
路径是:
# ROb3pw91/lanl2dz Pseudo=lanl2 geom=connectivity gfinput IOP(5/33=3) iop(3/33=1) pop=full guess=check SCF=vshift=500 scf(maxcyc=400) scf=conver=6
计算的out文件达到7.55G停掉,但是我只是算19个Au单链参杂1个Ni,这是为什么?
2、<<<<<<<<<<Alpha-Beta overlap>>>>>>>>>>与H(Alpha)与H(overlap)什么关系
你生而有翼,为何竟愿一生匍匐前进,形如虫蚁?-——贾拉尔•阿德丁•鲁米

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发表于 Post on 2017-5-11 20:36:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-11 14:18
计算频率根本不牵扯到玻尔兹曼还是费米-狄拉克分布,除非是计算热力学量。频率怎么算出来的,看这个
基 ...

谢谢sob老师耐心的讲解

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发表于 Post on 2017-5-11 20:50:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-11 14:21
那叫根据波尔兹曼分布进行“权重”而不叫“拟合”
可能的影响因素很多。基组可以用aug-cc-pVTZ再试试。O ...

好的,谢谢sob老师。

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发表于 Post on 2017-5-11 21:45:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-11 14:18
计算频率根本不牵扯到玻尔兹曼还是费米-狄拉克分布,除非是计算热力学量。频率怎么算出来的,看这个
基 ...

sob老师您好!能不能再麻烦您一下,我在win7 32位系统上不能运行shermo,我想计算一下CH3的热力学量,把CH3_Shermo改成Shermo.ini,双击shermo一闪而过,没有一点反应,这是怎么回事啊?

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