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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-11 23:50:26 | 只看该作者 Only view this author
785524519 发表于 2017-5-11 19:41
sob老师您好!我尝试了大部分的SCF试调设置,开始用UB3PW91很快收敛,后用guess=check和ROB3PW91,怎么都不 ...

常规的SCF不收敛。
加大maxcyc毫无意义,此文说了
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

一共做了400轮,每一轮又输出那么一大堆矩阵,显然输出文件会巨大
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-11 23:52:45 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-5-11 21:45
sob老师您好!能不能再麻烦您一下,我在win7 32位系统上不能运行shermo,我想计算一下CH3的热力学量,把CH ...


和操作系统无关
要么自己乱改了.ini文件内容,要么Shermo.ini没放在Shermo.exe所在目录下
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发表于 Post on 2017-5-12 00:11:40 | 只看该作者 Only view this author
老师,想请教您一下,我做了一个柔性分子的反应,其中只考虑了应该最稳定(参考文献相似结构)构象的反应过程,由于里面存在比较强的氢键作用的定性比较高,审稿人问我是否考虑了其他和它能量相近的结构的反应,我通过旋转其中一个二面角倒是找到了其他的构象,对一些路径的反应进行计算发现构象转变的能垒大于或等于这个结构反应的能垒,但我不能保证这个结构就是次能量最低的结构。您认为用这个结构去回答合理么?还是一定要找到次稳定结构去说呢?谢谢老师了。

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发表于 Post on 2017-5-12 00:25:09 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我用GV对周期性结构进行优化的时候,发现结构都散掉了,这种情况该怎么处理,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-12 00:28:27 | 只看该作者 Only view this author
一心搞科研 发表于 2017-5-12 00:25
各位老师,我用GV对周期性结构进行优化的时候,发现结构都散掉了,这种情况该怎么处理,谢谢

GV根本就不能对周期性体系进行优化(扫把工具),只对于孤立的有机体系通常有效
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-12 00:30:12 | 只看该作者 Only view this author
librakitty 发表于 2017-5-12 00:11
老师,想请教您一下,我做了一个柔性分子的反应,其中只考虑了应该最稳定(参考文献相似结构)构象的反应过 ...


只要你能充分说明原先你算的构象比其它构象能量更低,而且转化成其它构象所需能垒很高,就足以说明之前计算所选用的构象的合理性
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发表于 Post on 2017-5-12 00:39:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-12 00:28
GV根本就不能对周期性体系进行优化(扫把工具),只对于孤立的有机体系通常有效

说错了老师,是用Gaussian进行结构优化,出错了以后放到GV里看发现散掉了。

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发表于 Post on 2017-5-12 00:52:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-12 00:30
只要你能充分说明原先你算的构象比其它构象能量更低,而且转化成其它构象所需能垒很高,就足以说明之前 ...

谢谢老师,只是比较困惑怎么能做到充分?第一次审稿人问的时候我计算了该反应物结构的氢键大小,没给氢键断掉的结构,这次他说到了氢键破坏后的结构。所以考虑要破坏氢键,我就对其中一个二面角进行了扭转目的就是破化氢键,进行柔性扫描得到了上面和你说的结构,然后得到了这样的结论。另外他说one,but certainly not the only,example of a local minimum is a structure with a broken hydrogen bond.是说的要一个局部最低点吧,我都读晕了。麻烦老师给点建议,谢谢了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-12 04:11:44 | 只看该作者 Only view this author
一心搞科研 发表于 2017-5-12 00:39
说错了老师,是用Gaussian进行结构优化,出错了以后放到GV里看发现散掉了。

检查关键词,基组设置等
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发表于 Post on 2017-5-12 08:46:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-12 04:11
检查关键词,基组设置等

opt freq pm6 scf=(novaracc,noincfock,xqc) 老师,这是关键词和基组设置。
以下是错误信息
Rotational constants (GHZ):      0.0061720      0.0054331      0.0049353
Standard basis: VSTO-6G (5D, 7F)
There are   277 symmetry adapted cartesian basis functions of A   symmetry.
There are   250 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
   250 basis functions,  1662 primitive gaussians,   277 cartesian basis functions
   153 alpha electrons      152 beta electrons
       nuclear repulsion energy      2827.3535971065 Hartrees.
Integral buffers will be    262144 words long.
Regular integral format.
Two-electron integral symmetry is turned off.
Do NDO integrals.
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis=   250 RedAO= F EigKep=  0.00D+00  NBF=   250
NBsUse=   250 1.00D-04 EigRej=  0.00D+00 NBFU=   250
Initial guess from the checkpoint file:  "20170511_NH3 on Ag (1 1 1)_opt.chk"
B after Tr=     0.000000    0.000000    0.000000
         Rot=    0.999997   -0.002484    0.000191    0.000428 Ang=  -0.29 deg.
Initial guess <Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.7503 S= 0.5001
Overlap will be assumed to be unity.
Keep J ints in memory in canonical form, NReq=2863477.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within  64 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
SCF Done:  E(UPM6) =   1.30504911939     A.U. after   13 cycles
            NFock= 12  Conv=0.73D-08     -V/T= 1.0087
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.7503 S= 0.5001
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     0.7503,   after     0.7500
QCSCF skips out because SCF is already converged.
Calling FoFJK, ICntrl=      2127 FMM=F ISym2X=0 I1Cent= 0 IOpClX= 1 NMat=1 NMatS=1 NMatT=0.
***** Axes restored to original set *****
-------------------------------------------------------------------
Center     Atomic                   Forces (Hartrees/Bohr)
Number     Number              X              Y              Z
-------------------------------------------------------------------
      1       47          -0.000072271   -0.000763151   -0.000148538
      2       47          -0.000819259   -0.000397969   -0.000250617
      3       47           0.000340408   -0.000271863    0.001718992
      4       47          -0.000950355   -0.003668561   -0.003167419
      5       47           0.000711375    0.001637613    0.000296113
      6       47           0.000198539    0.000236375    0.001140060
      7       47          -0.002032191   -0.002508002    0.000658140
      8       47           0.000160308   -0.000258181    0.000058117
      9       47           0.000975143   -0.000235409   -0.000267669
     10       47           0.000339672   -0.001118326   -0.000913054
     11       47           0.000669819   -0.000137127    0.000603601
     12       47          -0.000114985    0.000416739   -0.000383056
     13       47           0.001593742    0.001370935   -0.000806817
     14       47           0.000180113    0.002440770    0.000350804
     15       47           0.000991035    0.002020262   -0.002769978
     16       47           0.000150591    0.001761370    0.000529214
     17       47           0.000240346    0.000345274   -0.000425025
     18       47          -0.001068654    0.000651568    0.000953616
     19       47          -0.000316453    0.001162552    0.000341183
     20       47           0.000039681   -0.000036740    0.000148765
     21       47           0.000296822   -0.000103542   -0.000797918
     22       47           0.000115119    0.000873356    0.000808386
     23       47          -0.000391294   -0.000402546   -0.000060721
     24       47          -0.000239553   -0.002458913    0.000401465
     25       47          -0.001229234   -0.001197281    0.001955229
     26       47           0.000085266    0.000138605    0.000043690
     27       47          -0.000211885   -0.000030186    0.000398213
     28        7           0.004940609   -0.005690403   -0.000998695
     29        1          -0.006056731    0.003186002    0.002149585
     30        1          -0.001127022    0.003558640   -0.002317387
     31        1           0.002601297   -0.000521859    0.000751720
-------------------------------------------------------------------
Cartesian Forces:  Max     0.006056731 RMS     0.001582006

GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
Bend failed for angle     4 -     7 -     9
Tors failed for dihedral     2 -     4 -     7 -     9
Tors failed for dihedral     6 -     4 -     7 -     9
Tors failed for dihedral    13 -     4 -     7 -     9
Tors failed for dihedral     4 -     7 -     9 -     6
Tors failed for dihedral     4 -     7 -     9 -    18
FormBX had a problem.

谢谢老师!

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发表于 Post on 2017-5-12 09:06:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-11 23:50
常规的SCF不收敛。
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解决SCF不收敛问题的方法

sob老师辛苦了!那么迟还能上贴吧指点大家
你生而有翼,为何竟愿一生匍匐前进,形如虫蚁?-——贾拉尔•阿德丁•鲁米

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发表于 Post on 2017-5-12 09:25:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-11 23:52
和操作系统无关
要么自己乱改了.ini文件内容,要么Shermo.ini没放在Shermo.exe所在目录下

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2017-5-12 09:36:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 498746012 于 2017-5-12 09:39 编辑

sob老师!您好!一次又一次的打扰给您造成了不便,学生初学者确实不怎么懂,我把老师您给的CH3_Shermo记事本文件改名为shermo.ini,双击shermo.exe,只是一闪,还是一点反应都没有,这些程序我都是从http://sobereva.com/315下载的,是不是得用Dos中的cmd来运行啊?

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发表于 Post on 2017-5-12 09:57:22 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我对体系计算了stable后显示internal instability(内部不稳);但是我略微调整了某个键角后重算stable,又显示波函数稳定。想问您一下,出现这种情况的原因是什么呢?
It's my life and it's now or never

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发表于 Post on 2017-5-13 01:45:24 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,您好,请问一下我算的几个反应的过渡态自由能垒均为负值,大约在(-0.5~-2kcal/mol)之间,电子能垒是正值,在1~2kcal/mol 之间,想知道:1.找的这些过渡态结构对不对 2.如果过渡态的结构没有问题,我该如何解释这负的自由能垒?

本版积分规则 Credits rule

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