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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-13 11:28:07 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-5-12 09:36
sob老师!您好!一次又一次的打扰给您造成了不便,学生初学者确实不怎么懂,我把老师您给的CH3_Shermo记事 ...

双击运行就行
你也可以进DOS后运行,这样出错也不会自动关闭窗口,能知道是什么原因导致的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-13 11:28:42 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2017-5-12 09:57
sob老师,我对体系计算了stable后显示internal instability(内部不稳);但是我略微调整了某个键角后重算s ...

可能正好在另一个结构下,自动给的初猜波函数恰能收敛到稳定波函数上

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-13 11:33:37 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2017-5-13 01:45
Sob老师,您好,请问一下我算的几个反应的过渡态自由能垒均为负值,大约在(-0.5~-2kcal/mol)之间,电子能 ...

IRC能走通就对
这些都是理论意义上的过渡态,不是化学意义上的过渡态

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发表于 Post on 2017-5-13 18:52:42 | 只看该作者 Only view this author
溶剂模型中Gaussian提供同一溶剂在G03和G09中的介电子常数不一样?
G03中
Water or H2O: ε=78.39
Acetonitrile or CH3CN: ε=36.64

G09中
Water: ε=78.3553
Acetonitrile: ε=35.688
以上为其中两个例子。

介电常数不是实验数据么?G03和G09中为什么使用不同的值?

谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-13 20:28:00 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2017-5-13 18:52
溶剂模型中Gaussian提供同一溶剂在G03和G09中的介电子常数不一样?
G03中
Water or H2O: ε=78.39

程序自带的实验参数值会不断更新到更可靠、更新的
新老版本就连物理常数也会有所不同
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发表于 Post on 2017-5-13 22:35:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-13 11:28
双击运行就行
你也可以进DOS后运行,这样出错也不会自动关闭窗口,能知道是什么原因导致的

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2017-5-14 18:24:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-13 20:28
程序自带的实验参数值会不断更新到更可靠、更新的
新老版本就连物理常数也会有所不同

谢谢,了解了!

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发表于 Post on 2017-5-14 21:45:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 785524519 于 2017-5-14 21:54 编辑

sob老师您好,看过一些基组后还有一个问题不能理解,想再来请教下。
1、如何让AO轨道能和输出的MO轨道对应上?我想把所有的轨道能写出表达式形式出来。
采用lanl2dz后得到(Au为例子):
MO轨道:1S 2S 3S 4PX 4PY 4PZ 5PX 5PY 5PZ 6PX 6PY 6PZ 7D0 7D+1 7D-1 7D+2 7D-2 8D0(dxz) 8D+1(dxz) 8D-1(dyz) 8D+2(x^2-y^2) 8D-2(dxy)
AO轨道(得到壳层指数与收缩系数):S(三个基函数累加) S(三个基函数累加) S (一个基函数累加)P (三个基函数累加)P (两个基函数累加)P(一个基函数累加) D(两个基函数累加) D(一个基函数累加)
查看Iop(3/24)=1 得到每个AO对应MO的个数,按顺序 S(1S) S (2S) S(3S) P(4PX 4PY 4PZ) P(5PX 5PY 5PZ ) P (6PX 6PY 6PZ )D( 7D0 7D+1 7D-1 7D+2 7D-2) D( 8D0 8D+1 8D-1 8D+2 8D-2 )

每个AO轨道都由对应的基函数叠加,最终只有一个,后面怎么会表示多个分子轨道? eg:一个叠加后得到的P轨道怎么表示成PX PY PZ 如何把PX PY PZ的表达式写出来?

AO.jpg (324.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

AO.jpg

2.jpg (81.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

2.jpg
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发表于 Post on 2017-5-14 22:33:15 | 只看该作者 Only view this author
想知道MO轨道怎么才能写成函数表达式形式,如上提问是想从AO得到MO的表达式
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-14 23:34:55 | 只看该作者 Only view this author
785524519 发表于 2017-5-14 22:33
想知道MO轨道怎么才能写成函数表达式形式,如上提问是想从AO得到MO的表达式

不要用AO这个词,这有歧义,既可以指原子轨道,在一些程序里AO也被用来指代基组直接定义的基函数

如果AO指基组定义的基函数,组合系数pop=full直接就得到
如果AO指原子轨道,除非是用极小基,否则没法直接得到原子轨道组合成MO的系数。一种获得的方式是在NBO里用NAOMO关键词,得到MO向NAO的展开系数矩阵,详见
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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发表于 Post on 2017-5-15 00:18:18 | 只看该作者 Only view this author
IRC都能走对,我看了相关博文知道过渡态是自由能面上的一阶鞍点,肯定为正值,那现在我找到的过渡态都是理论意义上的,这个结果有意义吗,可以拿来发表吗,担心审稿人会质疑

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-15 01:12:07 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2017-5-15 00:18
IRC都能走对,我看了相关博文知道过渡态是自由能面上的一阶鞍点,肯定为正值,那现在我找到的过渡态都是理 ...

实话实说就完了
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发表于 Post on 2017-5-15 02:13:19 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,上次我问了您自旋极化单重态的计算。我取了三重态的结构做单点能计算,这时候s^2=1,然后我用这个结构做opt和freq发现s^2=0了,出现这种情况应该怎么办,因为我想得到热力学数据。
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-15 02:28:16 | 只看该作者 Only view this author
spank 发表于 2017-5-15 02:13
sob老师好,上次我问了您自旋极化单重态的计算。我取了三重态的结构做单点能计算,这时候s^2=1,然后我用这 ...

确保opt freq时候也是用了U并且用了guess=mix。
如果用了,但是无效,则guess=read,直接读取之前收敛的对称破缺波函数作为初猜
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发表于 Post on 2017-5-15 09:04:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-14 23:34
不要用AO这个词,这有歧义,既可以指原子轨道,在一些程序里AO也被用来指代基组直接定义的基函数

如果 ...

好的,感谢sob老师!回复的很清晰。
你生而有翼,为何竟愿一生匍匐前进,形如虫蚁?-——贾拉尔•阿德丁•鲁米

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