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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-19 16:07:12 | 只看该作者 Only view this author
spank 发表于 2017-5-19 01:18
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
Sob老师,我在分片计算中出现了这个问题, ...

光从这点提示无法判断,可能性太多
看置顶的高斯FAQ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-19 16:10:16 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-5-18 21:01
sob老师,您好,打扰了,我遇到了一个问题,想请教老师:
我是想做图片显示的分子(DTBP)中间的红色氧原 ...

你一看柔性扫描轨迹中,对应于尖端的左右两侧的点就知道那个点的大致意义是什么,要有化学直觉和限制性优化原理的基本理解
如果那个尖端意味着从势能面两个极小点附近区域的跳跃,就拿那个尖端的点作为过渡态初猜

直接拉到3.0埃显然太长了,一般要断的键也就拉长30~50%。3埃根本就已经是弱相互作用范畴了。
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发表于 Post on 2017-5-19 16:35:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-19 16:10
你一看柔性扫描轨迹中,对应于尖端的左右两侧的点就知道那个点的大致意义是什么,要有化学直觉和限制性优 ...

那如何判断我的反应没有过渡态呢?柔扫吗?

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发表于 Post on 2017-5-19 16:54:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-19 16:04
根本就不要用SCIPCM,比起用SMD耗时会增加不少,而精度还明显不如SMD

而且看点SCIPCM基本原理你就知 ...

明白了,谢谢!
SMD,IPCM也用不着指定半径?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-19 17:36:28 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2017-5-19 16:54
明白了,谢谢!
SMD,IPCM也用不着指定半径?


IPCM也是基于电子密度等值面定义分子孔洞的
SMD自己已经明确定义了原子半径,你瞎改的话结果会很糟

不要听网上特别是小木虫上乱七八糟人的说法,他们大多都不怎么懂,只会以讹传讹
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-19 17:37:37 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-5-19 16:35
那如何判断我的反应没有过渡态呢?柔扫吗?

反复找过渡态,合理的做法都用了还找不到就说明没有
柔性扫描可以帮助判断,但必须结合实际情况恰当理解、解释柔性扫描曲线
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发表于 Post on 2017-5-19 21:53:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-19 16:06
这个问题直接做个CDA分析就知道了
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sober ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2017-5-21 20:41:43 | 只看该作者 Only view this author

计算分子轨道组成的百分比

各位大神,
    向大家请教一下,我现在有了分子轨道在原子轨道下的展开系数,该如何计算每一个原子轨道的所占百分比?
    我怕自己会弄错,所以像大家请教一下。
    谢谢大家!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-21 23:49:49 | 只看该作者 Only view this author
kjxwl3 发表于 2017-5-21 20:41
各位大神,
    向大家请教一下,我现在有了分子轨道在原子轨道下的展开系数,该如何计算每一个原子轨道的 ...

看《分子轨道成分的计算》(http://sioc-journal.cn/Jwk_hxxb/CN/abstract/abstract340458.shtml
以及
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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发表于 Post on 2017-5-22 11:36:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2017-5-22 11:39 编辑

sob老师请教一下基组的问题。
第一个问题:
先说一下我的理解:primitive functions 构成contracted functions(basis functions),contracted functions 构成了atomic orbitals。primitive functions的系数有不同类别的基组自带(如下图,C原子3-21++G)
问题1:图片中黑框中的primitive functions的系数在这个基组中有,但是split valence的contracted functions系数如何确定?
第二个问题:
下面是Ru  aug-cc-pVQZ-PP  EMSL  Basis Set Exchange Library,
****Ru     0 S   13   1.00   7269.8900000              0.0000110           1087.8400000              0.0000780            241.7870000              0.0003110             35.4525000              0.0087340             22.1415000             -0.0636040             13.8292000              0.1857150              5.1321300             -0.4544900              3.1705900             -0.2563420              1.4948700              0.5330450              0.8005300              0.6399720              0.4116380              0.2152730              0.1424170              0.0112610              0.0635630             -0.0000950        
S   13   1.00   7269.8900000             -0.0000040           1087.8400000             -0.0000250            241.7870000             -0.0001060             35.4525000             -0.0024970             22.1415000              0.0188420             13.8292000             -0.0575810              5.1321300              0.1604580              3.1705900              0.0691260              1.4948700             -0.2039790              0.8005300             -0.3204980              0.4116380             -0.1746560              0.1424170              0.3326960              0.0635630              0.6303210        
S   13   1.00   7269.8900000             -0.0000070           1087.8400000             -0.0000650            241.7870000             -0.0001740             35.4525000             -0.0083680             22.1415000              0.0517850             13.8292000             -0.1417710              5.1321300              0.4144270              3.1705900              0.0784730              1.4948700             -0.4446880              0.8005300             -1.4550350              0.4116380              1.2722320              0.1424170              1.4072450              0.0635630             -0.9996440        
S   13   1.00   7269.8900000             -0.0000120           1087.8400000             -0.0000840            241.7870000             -0.0003620             35.4525000             -0.0076580             22.1415000              0.0584390             13.8292000             -0.1862370              5.1321300              0.5749660              3.1705900              0.4015520              1.4948700             -2.1997860              0.8005300             -0.4355220              0.4116380              3.4276070              0.1424170             -2.4454790              0.0635630             -0.1499430        
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S   1   1.00      0.0282960              1.0000000        
S   1   1.00      0.0126000              1.0000000        
P   10   1.00    174.3070000              0.0001030             11.5040000              0.0539940              7.1917600             -0.1610120              3.5749800             -0.1290380              2.1307800              0.3147630              1.0892200              0.5041410              0.5586370              0.3252710              0.2704770              0.0787020              0.1238960              0.0037630              0.0558230              0.0012860        
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P   10   1.00    174.3070000             -0.0000610             11.5040000             -0.0287850              7.1917600              0.0893050              3.5749800              0.0707170              2.1307800             -0.2047470              1.0892200             -0.3715110              0.5586370             -0.1436350              0.2704770              0.4622210              0.1238960              0.5855810              0.0558230              0.1507490        
P   10   1.00    174.3070000              0.0001120             11.5040000              0.0492620              7.1917600             -0.1538200              3.5749800             -0.1731520              2.1307800              0.5309750              1.0892200              0.8176260              0.5586370             -0.7867320              0.2704770             -1.0474860              0.1238960              0.7549080              0.0558230              0.4632510        
P   10   1.00    174.3070000             -0.0002500             11.5040000             -0.0629920              7.1917600              0.1916210              3.5749800              0.6528290              2.1307800             -2.1533740              1.0892200              0.4094420              0.5586370              2.4570950              0.2704770             -2.2868480              0.1238960              0.0777690              0.0558230              0.7656040        
P   1   1.00      0.0248420              1.0000000        
P   1   1.00      0.0111000              1.0000000        
D   9   1.00     75.3751000              0.0001800             19.8901000              0.0020840              7.8792400             -0.0186710              2.9083400              0.0780540              1.6388300              0.2263280              0.8757300              0.3171000              0.4504830              0.3050360              0.2227700              0.2151500              0.1053420              0.0997580        
D   9   1.00     75.3751000             -0.0002030             19.8901000             -0.0020860              7.8792400              0.0194280              2.9083400             -0.0871060              1.6388300             -0.2864130              0.8757300             -0.3319080              0.4504830             -0.0021210              0.2227700              0.4023550              0.1053420              0.4543320        
D   9   1.00     75.3751000             -0.0003550             19.8901000             -0.0031930              7.8792400              0.0319560              2.9083400             -0.1855990              1.6388300             -0.5831850              0.8757300             -0.0727660              0.4504830              0.7987070              0.2227700              0.3016360              0.1053420             -0.5409680        
D   9   1.00     75.3751000             -0.0001820             19.8901000             -0.0072830              7.8792400              0.0616630              2.9083400             -0.4441680              1.6388300             -0.7998390              0.8757300              1.3061620              0.4504830              0.3470880              0.2227700             -1.2223020              0.1053420              0.1744000        
D   1   1.00      0.0464550              1.0000000        
D   1   1.00      0.0205000              1.0000000        
F   1   1.00      2.8980000              1.0000000        
F   1   1.00      0.9588000              1.0000000        
F   1   1.00      0.3172000              1.0000000        
F   1   1.00      0.1138000              1.0000000        
G   1   1.00      1.7100000              1.0000000        
G   1   1.00      0.5778000              1.0000000        
G   1   1.00      0.2370000              1.0000000        
H   1   1.00      1.1646000              1.0000000        
H   1   1.00      0.4964000              1.0000000        ****! ELEMENTS                      REFERENCES! ---------                       ----------! O: B. Metz and H. Stoll, private communication (KAP)! Tl: B. Metz, M. Schweizer, H. Stoll, M. Dolg, W. Liu, Theor. Chem. Acc. 104, 22 (2000).! Ga-As, In-Sb, Pb-Bi: B. Metz, H. Stoll, M. Dolg, J. Chem. Phys. 113, 2563 (2000).! Se-Kr, Te-Xe, Po-Rn: K.A. Peterson, D. Figgen, E. Goll, H. Stoll, and M. Dolg, J. Chem. Phys., in press (2003).! Cu, Zn, Ag, Cd, Au, Hg: D. Figgen, G. Rauhut, M. Dolg, and H. Stoll, Chem. Phys. 311, 227 (2005).! Y Zr Nb Mo Tc Ru Rh Pd : K.A. Peterson, D. Figgen, M. Dolg, H. Stoll, Energy-consistent relativistic pseudopotentials and correlation consistent basis sets for the 4d elements Y-Pd, Journal of Chemical Physics 126, 124101 (2007).! I: K. A. Peterson, B. C. Shepler, D. Figgen, H. Stoll, On the spectroscopic and thermochemical properties of ClO, BrO, IO, and their anions, Journal of Physical Chemistry A 110, 13877 (2006).! Hf Ta W Re Os Ir Pt: D. Figgen, K.A. Peterson, M. Dolg, and H. Stoll, Energy-consistent pseudopotentials and correlation consistent basis sets for the 5d elements Hf-Pt, Journal of Chemical Physics 130, 164108 (2009).! RU     0RU-ECP     4     28g-ul potential  12      1.0000000              0.0000000        s-ul potential  22     11.50059000           209.78649300       2      5.06857500            30.21430700       p-ul potential  42     10.53263400            48.75124400       2     10.19201000            97.49652900       2      4.73489200             7.86018800       2      4.50906500            15.32975100       d-ul potential  42      8.87797700            26.96750600       2      8.76612200            40.43230300       2      3.17019600             3.34075800       2      3.22885100             5.25635200       f-ul potential  22      7.82024900            -8.84752500       2      7.83964700           -11.83551800      
  问题2:以上基组红色部分的轨道太多,如何区分是内层的3s,4s。。。。,3p,4p。。。。,还是价层的哪个轨道?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-22 14:44:13 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-5-22 11:36
sob老师请教一下基组的问题。
第一个问题:
先说一下我的理解:primitive functions 构成contracted func ...

1 收缩系数都是基组定义的,高斯格式定义的时候是第二列,看此文
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

2 排版太乱,完全看不清楚。根据基组特征(不清楚就看原文),判断基函数如何对应原子轨道
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-5-22 20:52:16 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我算一个过渡态,做了irc也是对的。单点能的能量也是过度态高,但是加上热力学校正量后发现过渡态能量变的低了。这种情况应该怎么解释?

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发表于 Post on 2017-5-22 21:06:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 subway110 于 2017-5-22 21:07 编辑

sob老师,我采用windows版gaussian09程序,CBS-QB3计算
热力学参数,出现以下错误
Number              0
Base            20480
End             67072
End1            67072
Wr Pntr         20480
Rd Pntr         20480
Length          46592
Error termination in NtrErr:
NtrErr called from FIOCnC.
谷歌搜索了一下,显示是内存不够导致。
我内存已经设到最大1500M,如果确实这事这个原因,是否只能换用linux下gaussian计算

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untitled.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-22 23:47:08 | 只看该作者 Only view this author
subway110 发表于 2017-5-22 21:06
sob老师,我采用windows版gaussian09程序,CBS-QB3计算
热力学参数,出现以下错误
Number               ...

这和内存不够没直接关系,不要信网上的乱七八糟说法
对于你的机子,CBS-QB3哪怕对于这种体系耗时也很高,可尝试换更低级别的热力学组合方法,比如G3(MP2B3)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-22 23:48:55 | 只看该作者 Only view this author
paradise 发表于 2017-5-22 20:52
sob老师,我算一个过渡态,做了irc也是对的。单点能的能量也是过度态高,但是加上热力学校正量后发现过渡态 ...

电子能垒低的时候这是正常情况。说明不是化学意义上的过渡态
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