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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-5-15 10:23:50 | 只看该作者 Only view this author
亲爱的群主:
       你好!我优化一个结构见附件,问题是:其中两个C-Cl键键长比较合理,还有两个跑到1.92和1.98,这个结构合理吗?我想模拟一下NMR,不知道可行不?辛苦群主指导一下:)

Ayong

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发表于 Post on 2017-5-15 11:19:13 | 只看该作者 Only view this author

明白了,谢谢sob老师。还有一个问题,单电子转移反应计算的自由能垒也是负值,这个我该怎么解释,先谢谢老师了

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3618#
发表于 Post on 2017-5-15 13:42:51 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,热力学组合方法计算,如G4,可以用来计算溶剂中分子的热力学数据吗,如计算水环境中ph-H键解离能,是否可以用G4 scrf(smd,solvent=water)关键词计算

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发表于 Post on 2017-5-15 18:44:28 | 只看该作者 Only view this author
赝势基组输入的时候要输入两次,第一次是价电子的基组,第二次是内核的基组。例如:
Cu 0
lanl2dz    //定义价电子的基组
****
Cu 0
lanl2dz   //定义内层电子的赝势
请问老师,(1)计算时的基组,可以来自各种基组库,比如https://bse.pnl.gov/bse/portal,是不是也可以来自文献?
(2)有些基组gaussian不带,怎么知道?是要试一下?如果是外来基组是不是要写成如下形式:
S   7   1.00
    560.0880000              0.0006370        
     56.6486000             -0.0097350        
     35.4258000              0.0657930        
     11.0546000             -0.4150350        
      2.3068200              0.7466110        
      0.9514290              0.4621730        
      0.1451840              0.0159830
谢谢老师!

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发表于 Post on 2017-5-15 22:02:02 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!请问这项out文件输出的内容要怎么处理:<<<<<<<<<<Alpha-Beta overlap>>>>>>>>>>
out中写出Alpha哈密顿量H(Alpha)与Beta哈密顿量H(Beta),这一项表示两个矩阵的交叠?要怎么处理
你生而有翼,为何竟愿一生匍匐前进,形如虫蚁?-——贾拉尔•阿德丁•鲁米

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发表于 Post on 2017-5-15 22:46:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-15 02:28
确保opt freq时候也是用了U并且用了guess=mix。
如果用了,但是无效,则guess=read,直接读取之前收敛的 ...

sob老师好,我听从了您的建议从单点能的chk文件作为初猜进行优化及频率分析,发现s^2还是等于0.这个应该怎么办呢?

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发表于 Post on 2017-5-16 11:58:26 | 只看该作者 Only view this author
收缩函数少,原始函数多,但是收缩函数里面包含的primitive functions数量(原始函数)没有变化,为什么通过线性组合就说减少函数了,可以节省计算?请老师解释一下,感觉哪儿没弄明白。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-16 15:53:40 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-5-16 11:58
收缩函数少,原始函数多,但是收缩函数里面包含的primitive functions数量(原始函数)没有变化,为什么通 ...


因为此时要变分求解的参数就少了,HF方程的维度会降低,构造Fock矩阵的耗时也更短了。这还只是对HF/DFT单点来说,对于后HF计算、导数计算等,不看GTF数,耗时关键是由基函数数目决定的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-16 15:55:35 | 只看该作者 Only view this author
spank 发表于 2017-5-15 22:46
sob老师好,我听从了您的建议从单点能的chk文件作为初猜进行优化及频率分析,发现s^2还是等于0.这个应该 ...

仔细看优化过程每一步的<S**2>的变化,既然初猜的波函数是对称破缺的,起码优化的第一步<S**2>总不该是0,如果是0,说明关键词不合理或读入的波函数就不是对称破缺的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-16 15:57:09 | 只看该作者 Only view this author
785524519 发表于 2017-5-15 22:02
sob老师您好!请问这项out文件输出的内容要怎么处理:
out中写出Alpha哈密顿量H(Alpha)与Beta哈密顿量H(B ...


这和哈密顿量无关。
Alpha-Beta overlap指的是alpha轨道与beta轨道间的重叠积分矩阵
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-16 15:58:52 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2017-5-15 18:44
赝势基组输入的时候要输入两次,第一次是价电子的基组,第二次是内核的基组。例如:
Cu 0
lanl2dz   ...


1 是
2 意义不明。EMSL里怎么写的就直接拷过来就完了,如果是文献里或其它网站上的基组,往往给出的格式和Gaussian不符,你就改写成Gaussian的格式就完了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-16 16:00:46 | 只看该作者 Only view this author
subway110 发表于 2017-5-15 13:42
请问sob老师,热力学组合方法计算,如G4,可以用来计算溶剂中分子的热力学数据吗,如计算水环境中ph-H键解 ...


原理上不适合(虽然不一定实际中不好),因为热力学组合方法提出当初都没考虑溶剂效应,有的还包含一些经验性的参数,都是真空下计算拟合的。

建议还是用热力学组合方法计算气相下热力学数据,然后再加上自行算的溶解自由能得到溶剂下的热力学数据。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-16 16:08:04 | 只看该作者 Only view this author
vangogh 发表于 2017-5-15 10:23
亲爱的群主:
       你好!我优化一个结构见附件,问题是:其中两个C-Cl键键长比较合理,还有两个跑到1.9 ...


对于算NMR没什么影响。
至于那两个C-Cl那么长,也许这两个键在当前体系里就是挺弱的。也可以换个泛函比如M06,重新优化确认一下是否是计算方法导致的。
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发表于 Post on 2017-5-16 17:17:32 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,高斯计算的原理教科书里面说的,总是感觉不具体。您手头有没有资料,里面举例使用简单基组对分子构型、分子轨道、过渡态等进行计算的过程。或者是指点一下,上哪儿找点资料。谢谢老师!

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发表于 Post on 2017-5-16 17:26:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-16 15:55
仔细看优化过程每一步的的变化,既然初猜的波函数是对称破缺的,起码优化的第一步总不该是0,如果是0,说 ...

老师您好:
Initial guess <Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.0000 <S**2>= 1.0000 S= 0.6180
接下来的s^2就都是0了。

本版积分规则 Credits rule

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