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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-5-17 22:55:15 | 只看该作者 Only view this author

对 这是输入文件  
报错为No SCRF with Counterpoise.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-18 02:39:07 | 只看该作者 Only view this author
spank 发表于 2017-5-17 22:55
对 这是输入文件  
报错为No SCRF with Counterpoise.

先在气相下计算,得到期望的态之后,再在溶剂下直接计算(此时不用分片设定),读取气相下收敛的波函数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2017-5-18 02:56:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-18 02:39
先在气相下计算,得到期望的态之后,再在溶剂下直接计算(此时不用分片设定),读取气相下收敛的波函数

sob老师,这个输入文件能加opt和freq吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-18 03:08:38 | 只看该作者 Only view this author
spank 发表于 2017-5-18 02:56
sob老师,这个输入文件能加opt和freq吗?

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-5-18 10:12:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-17 21:49
能级说的是分子轨道,而不是基函数,基函数没有能级的概念
“两个轨道描述内轨(O)和外轨(I),”这种说 ...

好的,感谢sob老师的细心解答!
你生而有翼,为何竟愿一生匍匐前进,形如虫蚁?-——贾拉尔•阿德丁•鲁米

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发表于 Post on 2017-5-18 11:26:02 | 只看该作者 Only view this author

sob老师,高斯计算的原理教科书里面说的,总是感觉不具体。您手头有没有资料,里面举例使用简单基组对分子构型、分子轨道、过渡态等进行计算的过程。或者是指点一下,上哪儿找点资料。谢谢老师!
老师,前面发了,您可能忘了,我再发一次。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-18 11:30:34 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2017-5-18 11:26
sob老师,高斯计算的原理教科书里面说的,总是感觉不具体。您手头有没有资料,里面举例使用简单基组对分 ...

谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
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发表于 Post on 2017-5-18 12:06:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 冰释之川 于 2017-5-18 13:03 编辑



RSE泛函的分割形式为[a+berf(wr)]/r,则 “短程极限处HF%:a” 和 “长程极限处HF%:a+b” 是指 w -->0和 w --> 无穷大,还是指 库仑算符里r --->0  和 r --->无穷大 ?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-18 15:34:03 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2017-5-18 12:06
RSE泛函的分割形式为[a+berf(wr)]/r,则 “短程极限处HF%:a” 和 “长程极限处HF%:a+b” 是指 w -->0和 ...

r
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发表于 Post on 2017-5-18 21:01:13 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好,打扰了,我遇到了一个问题,想请教老师:
我是想做图片显示的分子(DTBP)中间的红色氧原子断裂过程的动力学分析,
1.我想先做柔扫,然后取最高点作为初猜,然后搜索过渡态结构,结果出现了李老师写的博文:《新手求助报错时的注意事项》里的最后写的出现了曲线不平滑、有“悬崖”,而文章最后写道"遇到这种扫描曲线不平滑的情况应视扫描轨迹的具体情况解决问题,尝试避免跳变的发生。"我自己不太明白我需要怎么做呢来解决呢?
2.我也试着尝试了一些初猜,直接将优化好的构型,把中间过氧键键长拉大到3.0埃,结果虚频只有-15左右,做irc(前后各10步)验证,结果也总共跑了3步,而且似乎也不是我想要的路径。那我是不是还应该试试将距离再拉大一点试试初猜呢?或者说找过渡态初猜有什么技巧吗?
还请老师多多指教,谢谢老师!

Q$~S~)M7SZQ4FEVGXO[@TEN.png (16.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 43)

Q$~S~)M7SZQ4FEVGXO[@TEN.png

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发表于 Post on 2017-5-19 01:18:11 | 只看该作者 Only view this author
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
Sob老师,我在分片计算中出现了这个问题,请问有什么好的解决方法吗?
尝试过更换基组还是出现了一样的错误

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发表于 Post on 2017-5-19 09:49:19 | 只看该作者 Only view this author
SCI-PCM计算出错,如下:
Compute SCI-PCM surface.

WARNING!  Serious error in surface integrals.
Nuclear flux =     75.59 Qnuc =    73.00 Error in int =     0.00
It is probable that some of the solute is outside the cavity and/or
parts of the cavity surface cannot be reached from the origin.
Try more integration points or a different set of integration origins.

输入文件,如下:
#p opt freq=raman b3lyp/6-311+g(d,p) scrf=(read,scipcm)

Al6w opt

3 1
Al                 0.00000000    0.00000000    0.00000000
O                  0.00000000    0.00000000    1.89885000
H                  0.00000000    0.80559800    2.47355000
H                  0.00000000   -0.80559800    2.47355000
O                  0.00000000    1.89885000    0.00000000
H                  0.80559800    2.47355000    0.00000000
H                 -0.80559800    2.47355000    0.00000000
O                 -1.89885000    0.00000000    0.00000000
H                 -2.47355000    0.00000000    0.80559800
H                 -2.47355000    0.00000000   -0.80559800
O                  0.00000000    0.00000000   -1.89885000
H                  0.00000000    0.80559800   -2.47355000
H                  0.00000000   -0.80559800   -2.47355000
O                  0.00000000   -1.89885000    0.00000000
H                 -0.80559800   -2.47355000    0.00000000
H                  0.80559800   -2.47355000    0.00000000
O                  1.89885000    0.00000000    0.00000000
H                  2.47355000    0.00000000    0.80559800
H                  2.47355000    0.00000000   -0.80559800

radii=uaks

http://muchong.com/bbs/viewthrea ... =1&target=blank
木虫上方案,没有解决问题。

如何解决?

谢谢!

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发表于 Post on 2017-5-19 13:27:56 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!能不能打扰您一下,一个分子中有片段A,B;如果A的HOMO和B的LUMO发生轨道重叠,问题1,能不能说A片段的电子跑到了B片段上?问题2,这个和electron transfer的本质是一样的吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-19 16:04:54 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2017-5-19 09:49
SCI-PCM计算出错,如下:
Compute SCI-PCM surface.


根本就不要用SCIPCM,比起用SMD耗时会增加不少,而精度还明显不如SMD

而且看点SCIPCM基本原理你就知道,此方法是用电子密度等值面定义分子孔洞的,根本用不着原子半径,你设诸如UAKS更是完全多余
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-19 16:06:43 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-5-19 13:27
sob老师您好!能不能打扰您一下,一个分子中有片段A,B;如果A的HOMO和B的LUMO发生轨道重叠,问题1,能不能 ...

这个问题直接做个CDA分析就知道了
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
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