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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-5-16 21:18:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ABetaCarw 于 2017-5-16 21:19 编辑

老师好,我刚上完初级班 先在很着急就想应用在自己的课题里面了。我想用纤维二糖来模拟纤维素裂解的机理。
现在又个问题摆在了眼前,我相信这个很基础,但是我是真的心里没谱。
我这个纤维二糖是应该自己画出来然后优化几何结构 还是想方设法去想求一个cif文件。搞量化的前辈们都是怎么解决这类的问题的。优化后的自己画的结构就当自然界中的真实结构来用 心里不踏实呀。
别人文献说结构是这样的

Beddell C, Blake C, Oatley S. An X-Ray Study of the Structure and Binding Properties of Iodine-Inactivated Lysozyme. Journal of molecular biology, 1975, 97: 643-654
而我自己根据如下图形画个纤维二糖,

先用chembiooffice如图画了个,然后转换为mol2,然后用GV 打开 然后保存为gjf,然后文本状态改里面的信息,然后提交计算。
算出来结构是

我自己算出来的,两个主环平面的角度太邪乎了。我都不敢再往里面加催化剂算别的了。
第一次自己摸索问题,没有了卢老师给的参考答案,我心里很慌。可能有很多地方出现了问题,还请老师多多指教。
xianweiertang.out (5.46 MB, 下载次数 Times of downloads: 0)
这是我的计算的输出文件,没算完的状态。好像有振荡的信号。
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发表于 Post on 2017-5-16 23:43:38 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问一些相对很老的文献应该怎么查找?有时候想看一看比如HF、STO这些方法或基组最初提出的文献,但是不知道具体文献名,学校买的数据库好像也没有时间比较早的文献,来请教下如何查找?谢谢~

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发表于 Post on 2017-5-17 00:37:58 | 只看该作者 Only view this author
PhoenixYeti 发表于 2017-5-16 23:43
老师,请问一些相对很老的文献应该怎么查找?有时候想看一看比如HF、STO这些方法或基组最初提出的文献,但 ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-17 01:46:36 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2017-5-16 21:18
老师好,我刚上完初级班 先在很着急就想应用在自己的课题里面了。我想用纤维二糖来模拟纤维素裂解的机理。
...


把两个单元截出来,这样得到的分子有很多可旋转的键,柔性很强,势能面上有大量极小点,你直接优化只能得到其中一个极小点,而且未必是最小点。
如果文献里那个构象他们认为就是这个两个单体构成的体系最稳定构象,你就把初始结构摆成和他们的尽可能相似然后再优化。他们的构象,在两个单体间形成了两对氢键,估计能量应该比你现在得到的更低。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-5-17 08:19:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-16 16:08
对于算NMR没什么影响。
至于那两个C-Cl那么长,也许这两个键在当前体系里就是挺弱的。也可以换个泛函 ...

好的,sob老师,我改变了一下,确实是计算方法引起的,多谢了。改用m062x, wb97xd等都取得不错的结果,可以与现有的晶体学数据对应上。

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发表于 Post on 2017-5-17 10:23:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-17 01:46
把两个单元截出来,这样得到的分子有很多可旋转的键,柔性很强,势能面上有大量极小点,你直接优化只能 ...

老师,我这样理解您看是不是正确。
1同一种物质可能有不同构象,通过把放进高斯的初始结构进行调整 可以优化得到最接近自己画的初始结构的那种 实际构象
2高斯计算得到的键长键角和实际物质近似或一致,可以作为实际物质情况进行下一步计算
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发表于 Post on 2017-5-17 10:28:17 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,想请教下您关于double-zeta。
1、比如取lanl2dz,价电子和最外层轨道用用两个zeta函数描述恩的:P 采用1PX,PY,PZ,2PX,2PY,2PZ。最后体系H对应的能级也翻倍了,但实际应该是PX,pY,PZ三个能级?查看能级大小1PX,PY,PZ,2PX,2PY,2PZ都比较接近,是否将(1PX+2PX)*0.5得到对应体系实际的能级呢?
2、看材料闭合R开层U那些理解是按H得到体系的能级,电子占据由内层小的到大的排列。这样上方(1PX+2PX)*0.5就理解有误,比较费解。
感谢老师的细心回答。
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发表于 Post on 2017-5-17 10:35:49 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2017-5-17 00:37
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好的,谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-17 11:29:11 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2017-5-17 10:23
老师,我这样理解您看是不是正确。
1同一种物质可能有不同构象,通过把放进高斯的初始结构进行调整 可以 ...

1 对
2 对
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-17 11:30:03 | 只看该作者 Only view this author
785524519 发表于 2017-5-17 10:28
sob老师,想请教下您关于double-zeta。
1、比如取lanl2dz,价电子和最外层轨道用用两个zeta函数描述恩的: ...

没法这样表述
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发表于 Post on 2017-5-17 12:26:42 | 只看该作者 Only view this author

sob老师,那这样lanl2dz得到的能级能和实际体系的能级对应上吗?因为个数就不一样了。虽然书本是提到DZ是采用两个轨道描述内轨(O)和外轨(I),但是实际应该只对应一个能级。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-17 21:49:36 | 只看该作者 Only view this author
785524519 发表于 2017-5-17 12:26
sob老师,那这样lanl2dz得到的能级能和实际体系的能级对应上吗?因为个数就不一样了。虽然书本是提到DZ是 ...

能级说的是分子轨道,而不是基函数,基函数没有能级的概念
“两个轨道描述内轨(O)和外轨(I),”这种说法完全是错误的,那是两个基函数描述一个原子轨道
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发表于 Post on 2017-5-17 22:01:43 | 只看该作者 Only view this author
老师您能帮我看些输出文件有什么问题吗?一直报错

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-17 22:45:23 | 只看该作者 Only view this author
spank 发表于 2017-5-17 22:01
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