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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-5-23 00:21:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-22 23:48
电子能垒低的时候这是正常情况。说明不是化学意义上的过渡态

所以我的是过渡态找的不对?如果是这样,那应该怎么找呢?

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发表于 Post on 2017-5-23 01:10:32 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,stable=opt和opt两个关键词是不是不一样?我用stable=opt之后得到的一个chk文件可以继续再读取进行结构优化吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-23 03:46:31 | 只看该作者 Only view this author
spank 发表于 2017-5-23 01:10
sob老师,stable=opt和opt两个关键词是不是不一样?我用stable=opt之后得到的一个chk文件可以继续再读取进 ...

完全不是一码事,用处完全不同。前者是自动寻找当前结构下最稳定波函数,而几何结构不变
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-23 03:46:50 | 只看该作者 Only view this author
paradise 发表于 2017-5-23 00:21
所以我的是过渡态找的不对?如果是这样,那应该怎么找呢?


不算不对,只不过这只是理论意义上的过渡态。你仍可以在文章中提
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发表于 Post on 2017-5-23 10:42:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-22 23:47
这和内存不够没直接关系,不要信网上的乱七八糟说法
对于你的机子,CBS-QB3哪怕对于这种体系耗时也很高 ...

如果继续在我的机子上用cbs-qb3计算热力学参数,上面的问题,请问该怎么解决呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-23 13:36:25 | 只看该作者 Only view this author
subway110 发表于 2017-5-23 10:42
如果继续在我的机子上用cbs-qb3计算热力学参数,上面的问题,请问该怎么解决呢

换成linux 64bit版本再试
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发表于 Post on 2017-5-23 15:25:32 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!看过您的帖子《Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法》有些问题想请教:
1、”溶剂效应“是否就是正规的DTDFT电荷在外场下的重新分布, 溶剂场就是诱导场?
2、它这里是否给出‘溶剂’的电荷分布以及溶剂电势呢?
你生而有翼,为何竟愿一生匍匐前进,形如虫蚁?-——贾拉尔•阿德丁•鲁米

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发表于 Post on 2017-5-23 19:19:16 | 只看该作者 Only view this author
我同时做优化和振动频率分析,电脑运行过程中听停电了,请问重新开机后是把原来的log文件拖到GaussView 里保存为输入文件后再拖进高斯继续计算吗?还是把chk文件拖到GaussView 里保存为输入文件后再拖进高斯里继续计算?

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发表于 Post on 2017-5-24 01:02:43 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!能不能请教两个个问题:1. 为什么在量化计算中拟合静电势电荷用的很少,而NPA用的很多?而分子模拟中拟合静电势电荷用的很多,NPA用的很少?2. Hirshfeld电荷是拟合静电势电荷吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-24 02:23:07 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-5-24 01:02
sob老师您好!能不能请教两个个问题:1. 为什么在量化计算中拟合静电势电荷用的很少,而NPA用的很多?而分 ...

看《原子电荷计算方法的对比》http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml
拟合静电势电荷在量化里用的并不少,只不过有更多选择
分子模拟领域里的原子电荷重在描述原子间静电相互作用,只有对静电势重现性好的原子电荷才适合使用,看上面的文章
Hirshfeld显然不是拟合静电势电荷。更多讨论看
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=221
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-24 02:23:28 | 只看该作者 Only view this author
qcn 发表于 2017-5-23 19:19
我同时做优化和振动频率分析,电脑运行过程中听停电了,请问重新开机后是把原来的log文件拖到GaussView 里 ...


都一样。载入的是最后一帧的结构。但载入chk有可能会因为chk文件不完整而载入出错,一般载入输出文件就行了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-24 02:32:23 | 只看该作者 Only view this author
785524519 发表于 2017-5-23 15:25
sob老师您好!看过您的帖子《Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法》有些问题想请教: ...

1 你的这种说法太含糊。溶剂效应代表的是气相下和溶剂下计算结果各方面的差异,体现在电荷分布的不同、光谱的峰位置和强度的不同、结构的变化等多方面。
2 如果你用显式溶剂模型,可以直接计算溶质附近溶剂分子的电子结构;如果你用隐式溶剂模型,并不是把周围的溶剂分子的电荷分布直接描述出来的,而是把溶剂环境对溶质产生的反应场利用溶质孔洞的表面显著电荷来体现,弄懂细节得了解更深层PCM方法的原理才行。
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发表于 Post on 2017-5-24 09:13:54 | 只看该作者 Only view this author
老师,CC2这种post-HF方法标度处于多少?普通i7 8G 1T硬盘一般能算多大体系呢?
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发表于 Post on 2017-5-24 09:30:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2017-5-24 09:41 编辑
sobereva 发表于 2017-5-22 14:44
1 收缩系数都是基组定义的,高斯格式定义的时候是第二列,看此文
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和 ...

老师,这是aug-cc-pVQZ-PP基组(https://bse.pnl.gov/bse/portal)的具体形式。
请问这些s轨道的基组怎么区分哪些是弥散基组,哪些是valence QZ 基组?有什么相关资料吗?gaussian是怎么区分这些基组的?谢谢老师!

222.jpg (147.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-24 10:22:18 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-5-24 09:30
老师,这是aug-cc-pVQZ-PP基组(https://bse.pnl.gov/bse/portal)的具体形式。
请问这些s轨道的基组怎 ...

根本就没有“弥散基组”这种词
从GTF指数上可以判断弥散程度,数值越小弥散程度越大。如果搞不清楚,比较比如6-31+G*和6-31G*的定义便知
基组属于什么级别的,看基组原文就知道
高斯不做任何区分
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