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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-6-24 20:49:27 | 只看该作者 Only view this author
sob老师我有一个问题请教您一下:
我在研究一个反应机理过程中,在几何优化反应中间生成的某一个“A结构”时由于一直存在两个虚频,我就加了int=ultrafine以及opt(tight,calcfc),但是我这一系列极小点结构中除A外,都是只用了opt并且也没加ultrafine就成功了。想问一下您我之后比较A和其他极小点结构的单点能时应该怎么做呢?
我自己的想法是把A的结构去掉ultrafine再用同样的级别算一次单点,心里没底这么做是否正确,因为我担心加ultrafine的情况下对应的势能面跟普通情况下不一样。

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发表于 Post on 2017-6-24 20:52:23 | 只看该作者 Only view this author
我想的是加了ULTRAFINE在一定程度上是不是就相当于换了个计算级别,那如果是的话势能面一定不一样啊。。。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-24 21:44:19 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-6-24 20:52
我想的是加了ULTRAFINE在一定程度上是不是就相当于换了个计算级别,那如果是的话势能面一定不一样啊。。。


对于明尼苏达系列泛函,势能面会有细微差别,个别体系甚至偏差极为明显(如稀有气体二聚体势能面)。其它大多数泛函对fine还是ultrafine很不敏感。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2017-6-24 22:01:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-24 21:44
对于明尼苏达系列泛函,势能面会有细微差别,个别体系甚至偏差极为明显(如稀有气体二聚体势能面)。其 ...

那像我这种类似的情况,假如还敏感的话,应该怎么办呢老师?如果某一结构只能ultrafine才出来,只能把其他极小点也全加上ultrafine重算马?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-25 03:01:32 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-6-24 22:01
那像我这种类似的情况,假如还敏感的话,应该怎么办呢老师?如果某一结构只能ultrafine才出来,只能把其 ...

优化结构是否用ultrafine无所谓,相差程度可以忽略,比较能量时格点必须一样
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-6-25 09:36:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-23 15:48
程序bug
换更新的g09版本
若仍不行,opt里加上gdiis之类再试,或者尝试修改扫描方式,比如步长改成0. ...

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2017-6-25 11:51:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-25 03:01
优化结构是否用ultrafine无所谓,相差程度可以忽略,比较能量时格点必须一样

明白了!感谢sob老师耐心解答。

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发表于 Post on 2017-6-26 09:16:59 | 只看该作者 Only view this author

chk不能转化成fchk文件

当我用G09 的FormChk功能转化chk为fchk时,出现如图所示错误。请问大家是什么原因

345.png (23.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

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发表于 Post on 2017-6-26 09:41:34 | 只看该作者 Only view this author
什么机器、什么版本Gaussian用什么Formchk。
确认上一点的话重新算一遍单点再产生一次chk

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发表于 Post on 2017-6-26 12:37:49 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2017-6-21 10:53
你这个显然是开壳层的,第一张图是总的,第二、三张图分别对应alpha和beta

谢谢!初学者,不知道的事情太多了~

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发表于 Post on 2017-6-26 16:02:53 | 只看该作者 Only view this author
有人算过BSSE机组校正吗?求助

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发表于 Post on 2017-6-26 16:56:59 | 只看该作者 Only view this author
alicedu 发表于 2017-6-26 16:02
有人算过BSSE机组校正吗?求助

BSSE校正与gaussian对它的处理 http://sobereva.com/46

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发表于 Post on 2017-6-26 19:01:02 | 只看该作者 Only view this author
如果是Linux中计算得到的.chk要在Linux上转
eureka

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-26 22:27:05 | 只看该作者 Only view this author
好好学习 发表于 2017-6-26 09:16
当我用G09 的FormChk功能转化chk为fchk时,出现如图所示错误。请问大家是什么原因

详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
仔细看里面关于chk转fch的说明
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发表于 Post on 2017-6-27 08:29:34 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2017-6-26 16:56
BSSE校正与gaussian对它的处理 http://sobereva.com/46

谢谢!

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