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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-6-28 08:46:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-28 03:12
B3LYP/def2TZVP
不过体系这么小,不如用CCSD(T)/cc-pVTZ

谢谢社长!

54个原子,消费不起、CCSD(T)/cc-pVTZ。

社长博文“谈谈量子化学中基组的选择”中提到:而后HF(及多参考方法)对基组要求较高,在DFT的基础上还需要靠较多高角动量基函数才能充分描述电子动态相关作用。所以,对于CCSD(T)等高级别后HF方法用缺乏充分高角动量基函数的6-311G**真是鲜花插在牛粪上,用高级后HF方法必须从cc-pVTZ起步。即便低级后HF方法MP2也得至少6-311G(2d,p)起步。

文献(Environ. Sci. Technol. 2011, 45, 10082–10090)中使用MP2/6-311+G(d,p)//B3LYP/6-311+G(d,p)这种方法计算单点,称是为了得到精确的能量。这种方法是否合理?如果不合理的话,如何说明不合理,而改用其它方法,如社长提到的B3LYP/def2TZVP方法。

谢谢!

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发表于 Post on 2017-6-28 09:46:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-28 03:20
1 不是。即便是其它非meta系列的泛函,其交换相关能也把对独立粒子近似下的动能(Ts)的修正考虑进去了。 ...

谢谢sob老师耐心的讲解,老师您辛苦了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-28 18:14:16 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2017-6-28 08:46
谢谢社长!

54个原子,消费不起、CCSD(T)/cc-pVTZ。

文中不合理。6-311+G**的极化明显不够,如果当前情况必须用弥散的话,最起码也得是ma-TZVP(如果pople的话,起码6-311+G(2df,p))
而且MP2结果多数情况没有B3LYP理想。
那篇文章居然还把B3LYP在算单点时候换成MP2,还不知道加更多的极化,明显理论知识不足。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2017-6-28 18:38:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-28 18:14
文中不合理。6-311+G**的极化明显不够,如果当前情况必须用弥散的话,最起码也得是ma-TZVP(如果pople的 ...

谢谢社长!

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发表于 Post on 2017-6-28 23:12:21 | 只看该作者 Only view this author

Ni13团簇高斯计算无法收敛?错在哪里

Ni13团簇高斯计算无法收敛。


输入文件如下:
%nprocshared=4
#p opt freq hf/lanl2dz geom=connectivity scf=(maxcycle=80,xqc)

Au13

0 1
Ni                -0.00000000   -0.00000000   -0.00000000
Ni                -0.00000073   -0.00000000    0.65546191
Ni                 0.18116489   -0.55756921    0.29313168
Ni                -0.47429702   -0.34459673    0.29313095
Ni                -0.47429703    0.34459671    0.29313095
Ni                 0.18116488    0.55756921    0.29313167
Ni                 0.58626263    0.00000000    0.29313213
Ni                -0.18116489   -0.55756922   -0.29313168
Ni                -0.58626264   -0.00000001   -0.29313213
Ni                -0.18116490    0.55756920   -0.29313169
Ni                 0.47429701    0.34459672   -0.29313096
Ni                 0.47429702   -0.34459672   -0.29313096
Ni                 0.00000072   -0.00000001   -0.65546192

1 2 1.0 4 1.0 6 1.0 7 1.0 8 1.0 13 1.0 11 1.0
2 3 1.0 8 1.0 10 1.0 13 1.0 11 1.0
3 5 1.0 10 1.0 13 1.0 11 1.0
4 5 1.0 9 1.0 6 1.0 13 1.0 11 1.0
5 9 1.0 10 1.0 11 1.0
6 7 1.0 9 1.0 12 1.0 11 1.0
7 8 1.0 12 1.0 11 1.0
8 10 1.0 12 1.0 11 1.0
9 10 1.0 12 1.0 11 1.0
10 12 1.0 11 1.0
11
12
13


输出文件见附件:

NI13.LOG

179.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 9

计算结果

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发表于 Post on 2017-6-29 00:19:19 | 只看该作者 Only view this author
去掉xqc,如果去掉后有SCF收敛问题,用sobereva.com/61中除了qc之外的其他方法解决。

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发表于 Post on 2017-6-29 00:22:28 | 只看该作者 Only view this author
过渡金属团簇用高斯算本来就难搞

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发表于 Post on 2017-6-29 00:38:33 | 只看该作者 Only view this author
#p hf/lanl2dz opt=(calcfc,gdiis,maxstep=3,notrust)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-29 03:13:40 | 只看该作者 Only view this author

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

过渡金属不收敛是家常便饭
确定你真的打算用HF算这个。别说HF了,连高HF成份的泛函算这种体系都十分糟糕。
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发表于 Post on 2017-6-30 21:48:21 | 只看该作者 Only view this author

扫IRC后的曲线有问题

大家好,我找过渡态,显示虚频为-48,于是扫IRC ,结果扫出来的曲线是以下这样的,可以用吗,如果不能用,我该添加什么关键词?晚生先在这里叩谢了。


QQ图片20170630214711.png (14 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

IRC曲线

IRC曲线

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发表于 Post on 2017-6-30 21:58:27 | 只看该作者 Only view this author
我个人猜想这个过渡态并非正确,IRC两端的能量相差不大,看上去更像是某个单键的旋转,不信就把IRC两端的结构优化一下,对比一下就知道了

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发表于 Post on 2017-6-30 22:07:26 | 只看该作者 Only view this author

扫IRC后的曲线只有三个点

各位老师好,我使用IRC扫描,虚频为-28.59,试了好几个方法,都是三个点,请问一下各位老师,还有什么解决方案吗?

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发表于 Post on 2017-6-30 22:20:21 | 只看该作者 Only view this author

寻找过渡态

各位大神好,我寻找的过渡态没有虚频,有人知道这是怎么回事吗?还望各位大神指导,晚生不胜感激!

QQ图片20170630221758.png (13.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

结果文件

结果文件

QQ图片20170630221818.png (16.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

结果文件

结果文件

Ir-PBE0-TS-D-4-10-25-a-10.gjf

5.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

输入文件

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3884#
发表于 Post on 2017-6-30 22:38:59 | 只看该作者 Only view this author
类似的问题Sob老师在这里有解答:http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 3&highlight=irc

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-1 00:48:24 | 只看该作者 Only view this author
zhanghuize 发表于 2017-6-30 21:48
大家好,我找过渡态,显示虚频为-48,于是扫IRC ,结果扫出来的曲线是以下这样的,可以用吗,如果不能用,我 ...


明显不能用。IRC在TS位置不可能这么尖。要么过渡态没定位准,要么IRC的级别和搜索过渡态没在相同级别下进行

走IRC前先确保虚频方向正确再说

上传大文件前必须压缩,新人必读里说了,否则会严重浪费论坛空间。

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