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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-7-3 08:32:15 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 15whyhq 于 2017-7-3 09:03 编辑
sobereva 发表于 2017-7-2 00:54
别说优化一个原子毫无意义了,这体系里连碘都根本没有
要恰当描述问题

我要把离子液体的阳离子、阴离子拆开单独用g03算下,上面发的是阳离子的构型,阴离子是碘,用g03算下是为了用ambertools建盒子。现在我不知道怎么单独用g03算下碘,输入文件不知道怎么写?谢谢老师们!

1-OH-cat-1-I-g03-I-1.gjf

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1-OH-cat-1-I-g03-I-1.gjf.g03.log

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发表于 Post on 2017-7-3 09:05:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-2 01:22
6-311++G**完全是在糟蹋CCSD(T)
用CCSD(T)最穷也不能低于def2-TZVP

谢谢sob提供的思路。
我尝试def2-TZVP先。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-3 12:15:47 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2017-7-3 08:32
我要把离子液体的阳离子、阴离子拆开单独用g03算下,上面发的是阳离子的构型,阴离子是碘,用g03算下是为 ...

格式不对,看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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发表于 Post on 2017-7-3 17:57:28 | 只看该作者 Only view this author
您好。在研究一个反应的机理时,在假定的过渡态中存在溶剂分子,而以底物(不含溶剂分子)和溶剂的自由能之和作为计算自由能的零点。发现这样算出的气相活化能是合理的,而对各个物种加上SMD溶剂化自由能后能垒升高了3倍以上。此外还尝试在气相下优化底物和溶剂分子的复合物,并发现考虑SMD溶剂化后该复合物的自由能比孤立分子更高的(我认为这一结果是不合理的,因为溶剂分子从无限远接近底物分子过程中出现的极小值的能量不可能比孤立的分子还高)。我猜测是否可能是因为隐式溶剂化模型对孤立分子会高估溶剂化稳定化能?

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发表于 Post on 2017-7-3 20:36:30 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-4 02:40:06 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2017-7-3 17:57
您好。在研究一个反应的机理时,在假定的过渡态中存在溶剂分子,而以底物(不含溶剂分子)和溶剂的自由能之 ...

算算复合物的溶解自由能,以及单体的溶解自由能加和,比较一下就知道了。哪个溶解自由能高要看体系,看单体是亲水还是憎水的(假设溶剂是水的话)。
溶剂效应既可能帮助单体结合,也可能阻碍结合
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发表于 Post on 2017-7-4 09:50:38 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,问个小问题
The basis set of atomic natural orbital (ANO) of L-type contracted to C,N[4s,3p,1d]/H[2s1p] has been employed
这篇文章中的这个基组是什么基组啊。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-4 09:52:33 | 只看该作者 Only view this author
万山红遍 发表于 2017-7-4 09:50
sob老师,问个小问题
The basis set of atomic natural orbital (ANO) of L-type contracted to C,N[4s,3p ...


就是L版ANO,你从molcas手册里可以找到更多信息,ANO是molcas那伙人搞的。如果你不用molcas的话强烈不建议用ANO,因为是广义收缩,对片段收缩的程序比cc-pVnZ系列贵得多得多,而精度则差不了多少。
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发表于 Post on 2017-7-4 10:31:24 | 只看该作者 Only view this author
那文章中的这个基组级别大概相当于cc-pvnz的哪一个呢

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发表于 Post on 2017-7-4 13:46:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 meatball1982 于 2017-7-4 13:56 编辑

我在重复《Exp Chem》2nd中第9章的 execise 9.3.

输入:
  1. % nprocshared=12
  2. % mem=12GB

  3. #T RCIS/6-31+G(D) Opt Freq Density=Current Test

  4. Acrolein n-->pi* Excited State Opt

  5. 0,1
  6. O
  7. C,1,R2
  8. C,2,R3,1,A3
  9. H,2,R4,1,A4,3,D4
  10. H,3,R5,2,A5,1,D5
  11. C,3,R6,2,A6,5,D6
  12. H,6,R7,3,A7,2,D7
  13. H,6,R8,3,A8,7,D8
  14.    Variables:
  15. R2=1.256568
  16. R3=1.45473426
  17. R4=1.08770373
  18. R5=1.07536394
  19. R6=1.33300302
  20. R7=1.07534333
  21. R8=1.07376407
  22. A3=123.48959792
  23. A4=115.65528691
  24. A5=114.82196904
  25. A6=124.5341657
  26. A7=122.50219154
  27. A8=120.25403084
  28.    Constants:
  29. D4=180.
  30. D5=0.
  31. D6=180.
  32. D7=0.
  33. D8=180.
复制代码



输出:
给出的是
  1. Test job not archived.

  2. 。。。。。

  3. Normal termination of Gaussian 16 at Tue Jul  4 12:58:48 2017.
复制代码



根据书上,应该是C-C-H的角度由116变成121.C-C的键长由1.32变成1.08.
可我用gaussian view 打开 .log。
看角度和键长,有改变,但没有书中变化那么大(基本就是没变)我觉得应该是opt没收敛。但normal了,没报L502的错。

我将test关键词去掉。依旧有问题。
请问,可能是哪方面的原因(因为是normal结束的,不能通过L***来找答案 。)
谢谢。


9_03.log

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9_03.gjf

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发表于 Post on 2017-7-5 01:30:30 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!能不能打扰您一下,请教您一个问题:我在文献中看到A+C6H12生成3,如何计算这个过程在溶剂中的自由能变,其中给出了A,C6H12,3的E(SCF)/(eV)(基组cc-pVTZ(-f)/LACV3P**),ZPE/(kcal/mol)(基组6-31G**/LACVP**),S(gas)/(eu)(基组6-31G**/LACVP**),G(solv)/(kcal/mol)(基组6-31G**/LACVP**),每个物种都有这四项(见附件)。计算方法文献中也提了G(Sol) = G(gas) + Gsolv (1)G(gas) = H(gas) - TS(gas) (2)
H(gas) = E(SCF) + ZPE (3)
ΔE(SCF) = ΣE(SCF) for products - ΣE(SCF) for reactants (4)
ΔG(Sol) = ΣG(Sol) for products - ΣG(Sol) for reactants (5)
这个计算方法和老师您的一样http://sobereva.com/327,但是有个问题:如计算A的绝对自由能G(Sol)时,是不是E(SCF),ZPE,S(gas),G(solv)都要变成hartree,即G(Sol)=(-54578.515/27.2116+459.03/627.5095)-298*251.09+(-5.46/627.5095),但是这样算出来的G(Sol),再算A+C6H12生成3在溶剂中的自由能变={G(Sol,3)-G(Sol,A)-G(Sol,C6H12)}*627.5095,这个数值大的非常离奇。老师您好,能问一下,这是错在什么地方了?熵的单位eu是=J/K还是hartree/K?

自由能1.PNG (36.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-5 06:26:29 | 只看该作者 Only view this author
万山红遍 发表于 2017-7-4 10:31
那文章中的这个基组级别大概相当于cc-pvnz的哪一个呢

ANO是一个系列,分为好多档,根据要求的精度和能够承受的耗时可调,你看了molcas手册里的介绍以及它自带的基组库文件就知道了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-5 06:39:54 | 只看该作者 Only view this author
meatball1982 发表于 2017-7-4 13:46
我在重复《Exp Chem》2nd中第9章的 execise 9.3.

输入:


关键词本身没有问题。test根本不影响结果,所以根本就不应加。Density=Current 也没必要写,除非要分析激发态电子结构
不排除是书里写错的可能,exploring里有很多错误
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-5 06:43:35 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-7-5 01:30
sob老师您好!能不能打扰您一下,请教您一个问题:我在文献中看到A+C6H12生成3,如何计算这个过程在溶剂中 ...


没听说过eu单位
熵常用单位就是J/mol/K或cal/mol/K,高斯输出文件里直接给的就是后者。
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发表于 Post on 2017-7-5 08:46:38 | 只看该作者 Only view this author

由热力学定律知,热力学循环中自由能变化应该是焓变,这里为什么可以使用自由能变化代替焓变?
谢谢!

thermodynamic cycle.png (58.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

thermodynamic cycle.png

本版积分规则 Credits rule

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