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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-1 00:51:09 | 只看该作者 Only view this author
看置顶的Gaussian FAQ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-1 00:53:02 | 只看该作者 Only view this author
zhanghuize 发表于 2017-6-30 22:20
各位大神好,我寻找的过渡态没有虚频,有人知道这是怎么回事吗?还望各位大神指导,晚生不胜感激!


明显过渡态没找对,重新找
=savenm scf=(maxcyc=400,conver=7)完全多余
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发表于 Post on 2017-7-1 13:22:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 meatball1982 于 2017-7-1 14:32 编辑

大家好:
      我以ccsd(T)/6-311++G**计算能量。单点能。
   
  1. Error termination via Lnk1e in /home/liyan/softs/gaussian/g09/l913.exe at Sat Jul  1 11:10:26 2017.
复制代码


根据
Gaussian FAQ;新手求助报错时的注意事项
应该是到了50次的迭代次数,还没有收敛。

“计算过程中会输出每步迭代后的CCSD / CISD相关能(DE(corr)),CCSD还会输出本轮迭代的能量变化(Delta,即本轮的 DE(corr) 减去上一轮的 DE(corr))”
那本轮的能量(或是每轮的能量,观察能量是否震荡,并且与可能的正确值进行比较。),就是体系的能量(如果计算没出错, 比如 CCSD(T)= -0.68564668527D+03  这个位置的能量),是如何计算的?
E(CORR) + DE(Coor)  好像值不对。
另外,手册里没有对应的说明(or我没找到对的地方)。
谢谢。

     我的输入文件:
  1. % chk=./b_5_10.chk
  2. % mem = 12GB
  3. % CPU = 0-7

  4. # UCCSD(T)/6-311++G**

  5. eng  5-10

  6. 0 1
  7. C                 -2.59343600   -1.29770700   -0.28217000
  8. O                 -3.46915900   -0.24885700   -0.61941300
  9. 我是坐标。。。。。
  10. H                 -0.95824000    0.24455000    1.28956300
  11. H                  8.54359500   -1.14437400    0.50780300

复制代码



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发表于 Post on 2017-7-1 20:44:30 | 只看该作者 Only view this author

g03脚本优化碘原子

用g03脚本优化碘原子,输入文件及输出文件已给出,我的输入文件需要怎么改呢?谢谢!

1-OH-cat-1-I-g03.gjf

1.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

1-OH-cat-1-I-g03.gjf.g03.log

541.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

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发表于 Post on 2017-7-1 22:17:58 | 只看该作者 Only view this author
你这文件不是碘原子
只有一个原子的话优化它干啥

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发表于 Post on 2017-7-1 23:47:31 | 只看该作者 Only view this author
输入文件不是I原子    +1
另外优化什么呢?
说g03是脚本不太恰当吧

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-2 00:54:49 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2017-7-1 20:44
用g03脚本优化碘原子,输入文件及输出文件已给出,我的输入文件需要怎么改呢?谢谢!


别说优化一个原子毫无意义了,这体系里连碘都根本没有
要恰当描述问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-2 01:22:32 | 只看该作者 Only view this author
meatball1982 发表于 2017-7-1 13:22
大家好:
      我以ccsd(T)/6-311++G**计算能量。单点能。
     

6-311++G**完全是在糟蹋CCSD(T)
用CCSD(T)最穷也不能低于def2-TZVP

先把基组换了再试。CCSD迭代不收敛往往换个基组就能避过去。还不行到时候再说别的方法。别光贴lxxx错误,贴有内容的报错提示,说不清楚就上传输出文件。
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发表于 Post on 2017-7-2 11:07:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 498746012 于 2017-7-2 11:16 编辑

sob老师您好!能不能打扰您一下:请教 您一下问题:我开始的反应都在单重态的势能面上进行,后来到在IM1S,出现了如图所示的势能面,这是一个配体解离的过程,IM2S或T是不含有这个配体的过渡金属配合物,想问一下:能不能发生从单重态的势能面跳到三重态上还是一直走单重态的势能面?IM1S这一步的位垒该怎么算呀?

势能面.PNG (25.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

势能面.PNG

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发表于 Post on 2017-7-2 17:17:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2017-7-2 21:30 编辑

老师您好,有几个问题我比较混乱自己想不清楚,向您请教。
一:谐振近似的1/2kx^2这个势能算符项近似体现的是什么?是分子中电子对核的吸引势与核间排斥势之和吗
二:如果一个分子现在处于某个振动的本征态,那它此时的振动能和电子能量能直接相加吗?(如果1/2kx^2确实是用来近似体现分子中电子对核的吸引势与核间排斥势之和的话,那应该不能相加吧,因为电子能量中包含了核间排斥能和电子与核的吸引能。想不出为什么可以分开处理呢)
如果我在胡思乱想请您点拨一下。。非常感谢您sob老师

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发表于 Post on 2017-7-2 20:30:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2017-7-2 22:05 编辑

问题一:linux下用cat、vi命令打开chk文件结果是乱码。请问老师这是怎么回事?

问题二:寻找minimum,transition state时,溶剂效应时必须加上再寻找,还是现在气相条件下寻找,找到后,再在气相条件下的结构添加溶剂效应寻找?
问题三:计算能量时,以hartree为单位,一般小数点后面几位一样,就可以认为他们之间是一样的。

cat.jpg (114.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

cat命令

cat命令

vi.jpg (70.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

vi命令

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-2 23:00:27 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-7-2 20:30
问题一:linux下用cat、vi命令打开chk文件结果是乱码。请问老师这是怎么回事?

问题二:寻找minimum,tr ...

chk是二进制文件,显然用文本编辑器打开是乱码。看这里关于fch和chk关系的说明
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379

建议找的时候就考虑溶剂模型,耗时增加不了多少,而且明显更严格

一般小数点后5位得相同才能说一样
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-2 23:02:45 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-7-2 17:17
老师您好,有几个问题我比较混乱自己想不清楚,向您请教。
一:谐振近似的1/2kx^2这个势能算符项近似体现 ...

1 体现原子核在分子环境中受到的势场
2 能。BO近似下电子和核是独立处理的,振动能是核运动的能量,电子能量是电子自己的能量,两个独立的量显然能直接相加
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-2 23:08:44 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-7-2 11:07
sob老师您好!能不能打扰您一下:请教 您一下问题:我开始的反应都在单重态的势能面上进行,后来到在IM1S, ...

有可能从S经过MECP变成T。这有个转换概率问题,可以算,但不容易算
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发表于 Post on 2017-7-2 23:13:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-2 23:02
1 体现原子核在分子环境中受到的势场
2 能。BO近似下电子和核是独立处理的,振动能是核运动的能量,电子 ...

谢谢 辛苦了sob老师

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