计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125216

管理员

公社社长

3976#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-11 22:09:00 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2017-7-11 21:17
今天一位群友提醒我提问要简洁。我尝试简化自己的描述后再提交,希望可以得到老师的回答。

将一个离子放 ...


离子的存在影响键断裂难易这是正常情况,但当前数据能否说明此问题,还得看具体模型有无说服力
离子对键的断裂的影响机制得结合实际问题考察,当前貌似没有在讨论离子与分子的反应,所以活性位点这个词用在这里怪怪的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

542

帖子

3

威望

6628

eV
积分
7230

Level 6 (一方通行)

3977#
发表于 Post on 2017-7-11 22:35:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-11 22:09
离子的存在影响键断裂难易这是正常情况,但当前数据能否说明此问题,还得看具体模型有无说服力
离子对 ...

谢谢老师的解答。我在基础班结束 对问题有更深了解后 再向卢老师请教。
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

18

帖子

0

威望

45

eV
积分
63

Level 2 能力者

3978#
发表于 Post on 2017-7-11 23:26:26 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢

581

帖子

0

威望

1700

eV
积分
2281

Level 5 (御坂)

3979#
发表于 Post on 2017-7-12 11:53:35 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 498746012 于 2017-7-12 12:17 编辑

sob老师您好!能不能打扰您一下:一是,闭壳层单重态的势能面与开壳层单重态的势能面之间如何转化,它们之间的转化效率是多少,高斯能算吗?二是,fchk文件中如何知道它们是正则分子轨道还是NLMO?这两种轨道都是离域的,没法区分

16

帖子

0

威望

300

eV
积分
316

Level 3 能力者

3980#
发表于 Post on 2017-7-12 15:38:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 gangcheng 于 2017-7-12 15:39 编辑

老师,我想请教关于一个bodipy化合物基态结构优化时候碰到的问题:
   我在用B3LYP/6-31+G(d,p) opt scrf=Solvent=Ethanol优化时(输入文件见:附件11_6-31 G(d,p).gjf),得出的基态是一个平面结构(图1)(输出文件为: 附件11_6-31 G(d,p).log)
  但是,再用一个小基组优化的时候opt B3LYP/6-31g(d) scrf=Solvent=Ethanol (输入文件为:附件11_6-31G(d).gjf),得到的是一个非平面结构(图2)(输出文件为:附件11_6-31G(d).log)。
问题是,不知道为何这两个基组优化之后的结构相差这么大,还是我输入文件哪里出错了。 下一步我还想计算该化合物的吸收波长,和荧光发射波长,但如果基态结构出错,后面更无法继续了。




11_6-31 G(d,p).log

579.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

大基组log文件

11_6-31 G(d,p).gjf

2.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

大基组输入文件

11_6-31G(d).log

1.82 MB, 下载次数 Times of downloads: 1

小基组log文件

11_6-31G(d).gjf

2.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

小基组输入文件

30

帖子

0

威望

107

eV
积分
137

Level 2 能力者

3981#
发表于 Post on 2017-7-12 16:18:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-10 20:17
calcall会使IRC曲线更平滑更理想,但对你的体系耗时会很高。或者减小IRC步长也能更光滑。

老师,您好。我想麻烦问您一下,一般Ir(III)配合物找过渡态虚频一般至少要达到多少,30以上?我算的这个分子虚频有30多,扫出来的IRC是这样,好像像那么一回事,不知是不是过渡态?在这里先提前谢过老师,最近总是麻烦你

IRC扫描图.png (33.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

IRC扫描图

IRC扫描图

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125216

管理员

公社社长

3982#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-12 17:47:45 | 只看该作者 Only view this author
zhanghuize 发表于 2017-7-12 16:18
老师,您好。我想麻烦问您一下,一般Ir(III)配合物找过渡态虚频一般至少要达到多少,30以上?我算的这个 ...


是不是过渡态和虚频大小无关,你这叫做过渡态,但关键是要得到自己想考察的化学过程的过渡态,这需要看虚频和IRC轨迹来判断。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125216

管理员

公社社长

3983#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-12 17:56:43 | 只看该作者 Only view this author
gangcheng 发表于 2017-7-12 15:38
老师,我想请教关于一个bodipy化合物基态结构优化时候碰到的问题:
   我在用B3LYP/6-31+G(d,p) opt scrf= ...

对最后的结构在相应的基组下做振动分析,看有无虚频。很有可能平面的体系有破坏平面的虚频

PS:优化这体系用弥散毫无意义,想得到比6-31G*更好的结果应当用6-311G*或更好的TZVP
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

16

帖子

0

威望

300

eV
积分
316

Level 3 能力者

3984#
发表于 Post on 2017-7-12 20:08:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-12 17:56
对最后的结构在相应的基组下做振动分析,看有无虚频。很有可能平面的体系有破坏平面的虚频

PS:优化这 ...

非常感谢老师的指导,我试试

30

帖子

0

威望

107

eV
积分
137

Level 2 能力者

3985#
发表于 Post on 2017-7-12 22:24:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-12 17:47
是不是过渡态和虚频大小无关,你这叫做过渡态,但关键是要得到自己想考察的化学过程的过渡态,这需要看 ...

老师,您好,我要得到的是T1态和MC态之间的过渡态,没有具体的化学反应过程,只能根据TS震动方向和IRC来判断。

2425

帖子

1

威望

6197

eV
积分
8642

Level 6 (一方通行)

3986#
发表于 Post on 2017-7-13 10:28:30 | 只看该作者 Only view this author
lianghua飘 发表于 2015-11-9 13:54
用gaussian09中的MP2进行优化时,出现下面的错误,请问如何解决呢?谢谢
E(PUHF)=      -0.65054858921D+03 ...

可否告知,当前的例子中, 需要多大的磁盘空间呢?
High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
https://labitc.top
http://tophpc.top:8080
电邮: ask@hpc4you.top

175

帖子

0

威望

2136

eV
积分
2311

Level 5 (御坂)

3987#
发表于 Post on 2017-7-13 15:35:34 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,对于含离子键的体系,有两个问题想请教您:
1.如果目的是几何优化后做波函数分析,是否可以不加弥散函数(并将6-31g*升到6-311g*)?
2.这类体系是否仅在研究与离子键本身密切相关的问题时才很有必要加弥散函数?(如计算能量及能垒则不属此类?)
It's my life and it's now or never

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125216

管理员

公社社长

3988#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-13 15:47:10 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2017-7-13 15:35
sob老师,对于含离子键的体系,有两个问题想请教您:
1.如果目的是几何优化后做波函数分析,是否可以不加 ...

1 看具体分析什么。比如考察静电势就得加弥散,如果是比如计算Mayer键级则不能加,如果是计算比如Hirshfeld/ADCH电荷则加不加几乎没影响。
2 计算能量也需要加,因为毕竟此时有明显带负电的原子。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
wrtgcn + 5 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

49

帖子

0

威望

1733

eV
积分
1782

Level 5 (御坂)

3989#
发表于 Post on 2017-7-13 16:28:27 | 只看该作者 Only view this author
这个问题有点丢人哈,但是,我花了一下午没搞明白。
那就是,咋让VMD显示配位键???

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125216

管理员

公社社长

3990#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-13 21:05:53 | 只看该作者 Only view this author
nunup5 发表于 2017-7-13 16:28
这个问题有点丢人哈,但是,我花了一下午没搞明白。
那就是,咋让VMD显示配位键???

没有专门的“配位键”显示方式
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-28 06:25 , Processed in 0.216192 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list