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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-7-14 00:17:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 498746012 于 2017-7-14 00:19 编辑

sob 老师您好!能不能请教您一个问题:我在文献上看到如下的讨论关于熵校正,而http://sobereva.com/327在计算溶质在溶剂下的自由能却没有熵校正这一项,这是怎么回事?

熵校正.PNG (100.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

熵校正

熵校正

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-14 00:21:28 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-7-14 00:17
sob 老师您好!能不能请教您一个问题:我在文献上看到如下的讨论关于熵校正,而http://sobereva.com/327在 ...


这只是个别文献这么做,更多人的做法,包括一些本领域的专家,都是假定气相和液相下平动贡献是相同的,这在实际中并没什么问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2017-7-14 09:31:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-14 00:21
这只是个别文献这么做,更多人的做法,包括一些本领域的专家,都是假定气相和液相下平动贡献是相同的, ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2017-7-14 11:01:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-13 21:05
没有专门的“配位键”显示方式

通过调整dynamicbonds阈值结合ps大法已经解决了,谢谢sob酱!

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发表于 Post on 2017-7-14 21:14:17 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好,请问在做IRC中,使用downhill关键词和不使用有什么区别?

Downhill 从输入的结构朝着下坡的方向跟踪。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-14 21:17:04 | 只看该作者 Only view this author
万山红遍 发表于 2017-7-14 21:14
sob老师,您好,请问在做IRC中,使用downhill关键词和不使用有什么区别?

Downhill 从输入的结构朝着下 ...

没必要用它
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-7-15 09:40:43 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好。请问,在做过渡金属团簇的过程中,使用的是B3LYP/lanl2dz,但尝试各种异构体计算每次都是502错误,而且几乎全部都是一步都没算的情况,是什么原因呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-15 12:24:59 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-7-15 09:40
sob老师,您好。请问,在做过渡金属团簇的过程中,使用的是B3LYP/lanl2dz,但尝试各种异构体计算每次都是50 ...

你是指优化的第一步就SCF不收敛?除了此文提的办法以外没有其它解决办法
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
过渡金属团簇属于最难收敛的体系之一,得耐心仔细尝试文中提到的很多方法
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发表于 Post on 2017-7-16 14:10:23 | 只看该作者 Only view this author

关于三重态结构的虚频问题

优化一个中间体的结构,中心金属为Co,优化单态没问题,正常收敛,但是优化三态的时候就有一个200多的虚频,请教大家,应该怎么消虚频,非常感谢。

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发表于 Post on 2017-7-16 14:29:40 | 只看该作者 Only view this author
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-16 14:42:35 | 只看该作者 Only view this author
yan505256466 发表于 2017-7-16 14:10
优化一个中间体的结构,中心金属为Co,优化单态没问题,正常收敛,但是优化三态的时候就有一个200多的虚频 ...

Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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发表于 Post on 2017-7-17 10:27:06 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2017-7-16 14:29
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278

谢谢。我再尝试下。

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发表于 Post on 2017-7-17 10:32:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-16 14:42
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278

谢谢老师。我试了Manual Displacement调值,并把滑条拉动了0.29来沿着虚频模式略微调整结构,又试了加verytight,还有calcfc,效果都不太好,不知道还有什么办法吗?

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发表于 Post on 2017-7-17 12:42:47 | 只看该作者 Only view this author

求助大神,高斯计算频率中断后,怎么继续计算

请问高斯G09 C.01版本计算频率中断后,怎么继续计算?(我用了restart关键词,直接link died了,以下是输入文件命令)
[img]file:///C:/Users/Administrator/AppData/Roaming/Tencent/Users/1528661062/QQ/WinTemp/RichOle/O%60HTSY%7BS%7DSLZP[TG[DEPNGU.png[/img](初始文件命令  
%chk=D2A.chk
%mem=150MW
%rwf=loc1,2000mb,loc2,2000mb,loc3,2000mb,loc4,2000mb,loc5,2000mb,loc6,2000mb
%nprocshared=3
# opt freq b3lyp/6-31g(d)
......) file:///C:/Users/Administrator/AppData/Roaming/Tencent/Users/1528661062/QQ/WinTemp/RichOle/9KCCNHLN%7DQI%7D_QG69FDB7QH.png
(我自己尝试的续算文件命令,结果直接link died了
%chk=D2A.chk
%mem=150MW
%rwf=loc1.rwf,loc2.rwf,loc3.rwf,loc4.rwf,loc5.rwf,loc6.rwf
%nprocshared=3
# freq b3lyp/6-31g(d) restart
......)        


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发表于 Post on 2017-7-17 13:51:33 | 只看该作者 Only view this author
无法继续
https://www.x-mol.com/groups/weijie_chi

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