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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-7-10 22:09:53 | 只看该作者 Only view this author

分子轨道图与CD图的绘制问题

sob老师好!      最近在自学理论计算(课题组不是搞理论计算的),身边没人会,有些东西查不到,痛苦中。有两个问题想请教老师。问题1:用高斯09算了一个分子的CD,老师闲用gausssum做的图不好,希望用kaleidagraph作图,问题是高斯的CD数据怎么导出用kgraph作图呢?问题2:用gview画了一些分子轨道 isovalue的值应设为多少好呢?图一老师觉得大了,轨道没重叠。图二老师觉得小了。图三怎么样呢?图1的值为0.02.谢谢老师!@sob

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-10 23:10:20 | 只看该作者 Only view this author
小子阿良 发表于 2017-7-10 22:09
sob老师好!      最近在自学理论计算(课题组不是搞理论计算的),身边没人会,有些东西查不到,痛苦中。有两 ...


画ECD、VCD图用Multiwfn效果是最好的,不要考虑其它程序。Gausssum弱爆了,早就没有存在价值了
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://sobereva.com/383

上传图片时不要用tif格式,一张图片占好几兆,浪费论坛空间,而且下载速度很慢。要用jpg,大小控制在400KB以内。
isovalue没有确切标准,自行调节,让效果满意就完了,普通情况适合0.02~0.05。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-7-10 23:34:41 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师!但我导师讲用mutiwfn做的ECD图片缩小后不清晰,没法用,只能放在支持文献里面

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发表于 Post on 2017-7-10 23:37:49 | 只看该作者 Only view this author
能否把ECD的数据从高斯输出文件里导出来,或另存为其他格式的文件用其他软件做图,比如orgin?

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发表于 Post on 2017-7-10 23:50:49 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师您好,我计算的是氢转移反应,有的虚频是两三千的样子,有的是七百左右,请问虚频数值的大小说明了什么问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-11 09:02:08 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2017-7-10 23:50
Sob老师您好,我计算的是氢转移反应,有的虚频是两三千的样子,有的是七百左右,请问虚频数值的大小说明了 ...

和TS处IRC方向上的曲率有关,曲率越大,虚频越大;这也和虚频模式涉及到的原子质量有关,质量越大虚频越小
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发表于 Post on 2017-7-11 10:30:23 | 只看该作者 Only view this author

优化结构的虚频消不掉

大家好,请教个问题。我用B3LYP/6-31+g*在气相条件优化分子HAT-CN的阴离子,出现了两个虚频,分别为-1135和-1131,尝试一些办法,都消不掉虚频,请问大家有什么好的办法吗?还是这个分子的阴离子状态本身就不稳定,请大家帮忙看一下。贴出优化后的log文件。

HAT-CN--opt-1.log

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-11 10:40:44 | 只看该作者 Only view this author
Kite1990 发表于 2017-7-11 10:30
大家好,请教个问题。我用B3LYP/6-31+g*在气相条件优化分子HAT-CN的阴离子,出现了两个虚频,分别为-1135和 ...

按照虚频挪动结构重新优化
8成是初始结构对称性太高所致
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发表于 Post on 2017-7-11 10:41:40 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob,我试试

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发表于 Post on 2017-7-11 14:43:12 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,用计算手段描述反应过程,可以不找过渡态吗?
最近看了几篇文献,描述的是电子转移反应的过程,发现其中都是把多步反应中各个物质单独进行能量计算,然后做出能量变化的折线图。可以理解成,只要每一步反应的产物能量都在逐步降低,就可以说明对反应的猜测是合理的,而不必找过渡态了吗?
It's my life and it's now or never

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-11 16:09:30 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2017-7-11 14:43
sob老师,用计算手段描述反应过程,可以不找过渡态吗?
最近看了几篇文献,描述的是电子转移反应的过程, ...

虽然不能说这种偷懒的做法一定是错的,但只要能过渡态就应该找出来,并且跑IRC,否则很可能中间遗漏掉中间体而自己浑然不知

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发表于 Post on 2017-7-11 21:17:31 | 只看该作者 Only view this author
今天一位群友提醒我提问要简洁。我尝试简化自己的描述后再提交,希望可以得到老师的回答。

将一个离子放在一个 我要研究键断裂的某分子周围特定位置 并优化,然后PES扫描考察那个键,发现有了这个离子在周围时候 对该键断裂的能量变化影响巨大。是不是就证明这个离子在它摆放的位置 真的能影响分子中那个键的断裂?可以判断该离子所在的位置就是该离子与该分子反应的活性位点吗?
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-11 22:03:35 | 只看该作者 Only view this author
小子阿良 发表于 2017-7-10 23:34
好的,谢谢老师!但我导师讲用mutiwfn做的ECD图片缩小后不清晰,没法用,只能放在支持文献里面


完全没那回事,明显是不会用而瞎诋毁Multiwfn,没好好读过手册2.8节
告诉你们导师,修改settings.ini里的graph2Dsize就可以控制输出的图片的像素大小,把graphformat参数设成pdf就可以输出pdf格式的图像,是矢量图,完全无损缩放
Multiwfn是绘制ECD/VCD图的最佳工具,没有之一
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-11 22:04:11 | 只看该作者 Only view this author
小子阿良 发表于 2017-7-10 23:37
能否把ECD的数据从高斯输出文件里导出来,或另存为其他格式的文件用其他软件做图,比如orgin?

Multiwfn直接就能导出曲线数据,这里说了
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-7-11 22:09:00 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2017-7-11 21:17
今天一位群友提醒我提问要简洁。我尝试简化自己的描述后再提交,希望可以得到老师的回答。

将一个离子放 ...


离子的存在影响键断裂难易这是正常情况,但当前数据能否说明此问题,还得看具体模型有无说服力
离子对键的断裂的影响机制得结合实际问题考察,当前貌似没有在讨论离子与分子的反应,所以活性位点这个词用在这里怪怪的
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