计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

73

帖子

0

威望

144

eV
积分
217

Level 3 能力者

4276#
发表于 Post on 2017-9-2 09:35:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-1 22:18
显然不一样。你用gview载入chk再产生的输入文件里,默认没有guess=read

谢谢sob老师

175

帖子

0

威望

2136

eV
积分
2311

Level 5 (御坂)

4277#
发表于 Post on 2017-9-2 10:15:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-2 07:42
结构不同所致。有的结构下可能二重态能量低,有的结构下也可能四重态能量低

你在自旋多重度为2优化的 ...

谢谢老师的回复。但是我以2重态的优化结果为初始结构,设置4重态进行计算的时候总是碰到收敛失败的问题(convergence failure),包括stable及opt,无奈之下我以guess=read读取了2重态收敛结构的波函数作为初猜,此时不再收敛失败,opt一步后无虚频收敛,但能量仍然比2重态结果高。
还想请教一下老师,这种情况该如何处理呢?麻烦您了。
It's my life and it's now or never

73

帖子

0

威望

144

eV
积分
217

Level 3 能力者

4278#
发表于 Post on 2017-9-2 11:20:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-1 22:20
没具体情况没法说。凭基本逻辑、直觉和二面角的定义就能弄明白怎么回事

同一个二面角,我从左到右依次选择H-C-C-H,GaussView自动显示出一个值,但若是先选择中间的C, C,再选择两头的H,H,GaussView自动显示出另外一个值。理论上它们应该一样才对。但不知道为什么显示的值不同?

559

帖子

0

威望

6220

eV
积分
6779

Level 6 (一方通行)

4279#
发表于 Post on 2017-9-2 15:53:02 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,gaussian09 研究一个未知体系,一定计算方法下寻找基态结构,
(1)是不是对不同初始构型、在不同自旋多重度1,3,5...或2,4,6...下优化后取能量最低的结构就是基态结构?
(2)什么样的体系也要考虑自旋极化单重态情况?
(3)自旋极化单重态关键词是“opt freq guess=(always,mix) ub3lyp/6-31g(d,p) ”吗?
(4)用(1)的方法取能量最低的结构作为基态结构就可以了吗?不用再做stable看波函数稳定性了吧?

357

帖子

0

威望

2071

eV
积分
2428

Level 5 (御坂)

真 掘墓者

4280#
发表于 Post on 2017-9-2 17:30:36 | 只看该作者 Only view this author
一个水分子B3LYP/6-31G** 优化后总能量 -76.41 a.u.
一个水分子置于1nm立方超胞中心,氢氧原子用的超软赝势,优化后总能量-34.3 Ry
里德堡常数换算应该是hartree能量的2倍吧(-34Ry=-17Hartree),能量差的有点大吧,是因为平面波不适合做这个,还是我哪里错了

20170902191727.jpg (231.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

20170902191727.jpg
圣诞刨坟忙

3809

帖子

3

威望

1万

eV
积分
20357

Level 6 (一方通行)

围观吃瓜群众

4281#
发表于 Post on 2017-9-2 18:07:54 | 只看该作者 Only view this author
kyuu 发表于 2017-9-2 17:30
一个水分子B3LYP/6-31G** 优化后总能量 -76.41 a.u.
一个水分子置于1nm立方超胞中心,氢氧原子用的超软赝 ...

使用赝势算得总能量与全电子计算得到的总能没有可比性,赝势本身构造就具有非唯一性,算出来总能也就不尽相同,比较相同(对应原子的)赝势计算得到的相对能量(如键能等)才有意义。

这个问题与平面波无关,即便采用LCAO和赝势搭配使用也会有一样的问题,只是一般量子化学程序前三周期很少会采用赝势基组进行计算而已。平面波普适性很强,不像原子轨道那样针对不同的赝势要优化基组的指数和收缩,也没有BSSE的问题。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
sobereva + 1

查看全部评分 View all ratings

日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。不做培*,不接代*,不接*发谢谢。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125235

管理员

公社社长

4282#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-2 18:48:32 | 只看该作者 Only view this author
qcn 发表于 2017-9-2 11:20
同一个二面角,我从左到右依次选择H-C-C-H,GaussView自动显示出一个值,但若是先选择中间的C, C,再选择 ...

理论上就不对,你对二面角的定义没搞明白
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125235

管理员

公社社长

4283#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-2 18:51:40 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-9-2 15:53
请问sob老师,gaussian09 研究一个未知体系,一定计算方法下寻找基态结构,
(1)是不是对不同初始构型、 ...

1 是。但也并非绝对严格,毕竟最终能收敛到哪个结构也是依赖于初猜结构的,说不定用A初猜结构优化发现4重态能量比2重态低,但是B初猜结构结论就反过来。所以初猜也得恰当选取。

2 反铁磁性耦合体系、双自由基体系

3 谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82

U结合guess=mix并非总能产生真正基态的自旋极化状态。有时必须通过stable=opt或者片段初猜才能达到目的

4 最好再检验一下以求稳妥
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

559

帖子

0

威望

6220

eV
积分
6779

Level 6 (一方通行)

4284#
发表于 Post on 2017-9-2 19:05:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-2 18:51
1 是。但也并非绝对严格,毕竟最终能收敛到哪个结构也是依赖于初猜结构的,说不定用A初猜结构优化发现4重 ...

多谢sob老师!

95

帖子

0

威望

237

eV
积分
332

Level 3 能力者

4285#
发表于 Post on 2017-9-2 22:43:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lily19830130 于 2017-9-2 23:26 编辑

老师,单点能指的是电子的总能量吗?包不包括零点能?和温度有关系吗?(后面的问题不确定是否和前面的重复) 输出文件中的SCF Done后面的能量指的仅仅是0K时的电子能量吗?是否指的是下图中的εele。

无标题.png (31.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

无标题.png

259

帖子

0

威望

851

eV
积分
1110

Level 4 (黑子)

4286#
发表于 Post on 2017-9-3 00:20:03 | 只看该作者 Only view this author
用gaussian如何计算过渡态结构的能垒大小?一般能垒大小是不是就是过渡态结构的吉布斯自由能?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125235

管理员

公社社长

4287#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-3 00:45:37 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-9-3 00:20
用gaussian如何计算过渡态结构的能垒大小?一般能垒大小是不是就是过渡态结构的吉布斯自由能?

过渡态自由能减去反应物自由能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125235

管理员

公社社长

4288#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-3 00:46:41 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2017-9-2 22:43
老师,单点能指的是电子的总能量吗?包不包括零点能?和温度有关系吗?(后面的问题不确定是否和前面的重复 ...

电子能量就是单点能,也就是εele。这是近似求解分子薛定谔方程得到的,显然跟温度毫无关系。
电子能量没法说温度
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

175

帖子

0

威望

2136

eV
积分
2311

Level 5 (御坂)

4289#
发表于 Post on 2017-9-3 12:27:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wrtgcn 于 2017-9-3 12:29 编辑

sob老师,我用gview读取正常优化完成的fchk文件时,出现了如下错误:E:\error.JPG
这段时间的这个体系计算完成后经常出现类似问题,且提示出错的总是Rbond下面的第二行。
您知道这是什么原因造成的吗?(和使用了geom=connect有关吗?)

error.JPG (20.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

error.JPG
It's my life and it's now or never

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125235

管理员

公社社长

4290#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-3 22:16:58 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2017-9-3 12:27
sob老师,我用gview读取正常优化完成的fchk文件时,出现了如下错误:
这段时间的这个体系计算完成后经常出 ...

可以去了geom=connect和连接关系,反正也不影响结果
如果确认计算过程正常,那就是gview的bug
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-28 15:22 , Processed in 0.206151 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list