简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

uchaoji58 · 发表于 Post on 2017-9-8 13:45:11

卡开发发发表于 2017-9-8 12:43
1.1 这个理解没问题，归结起来可以这样说：
（1）严格说起来对于气态分子溶剂化自由能和溶解度可以与平 ...

谢谢老师！
您看我这个想法是否可行。
1、因为一直用VASP算的都是有固定晶格结构的体系，对于有机分子，在不知道其单晶结构的前提下很难建模，所以最最粗糙的定性对比几种晶体的溶解度大小，用高斯计算结合能+同种溶剂的溶剂化自由能，选出一个已知的溶解度性能一般可溶的作为标杆，大于它的认为是可溶的】
2、另外问一下，溶剂化自由能大小-20-30Kcal/mol左右算是正常吗？因为算了甲烷等在水里的也就-0.005左右。。。
谢谢老师！敬礼~

火烈鸟小唐 · 发表于 Post on 2017-9-8 14:54:43

卡开发发发表于 2017-9-8 13:03
1、首先得向你确认一下从哪边读取的频率，读取频率可以在outmol读取，也能在Tools-Vibrational Analysis ...

首先谢谢老师啦
1、我计算的时候Options-Project out zero freq modes没有勾选，输出文件outmol里面没有平动和转动模式的频率数值，直接从第七个频率开始的，没有虚频。然后打开计算得到的xsd文件用Tools-Vibrational Analysis读取时，存在3个虚频，-62.84，-22.50，-0.28，0.40，1.09，81.32（1/cm）这6个频率是outmol里面没有的。我在网上百度说这6个理论上应该为0，我这个有的不但小于0还和0差别有点大，应该怎么调整。
2、这个deltaE指标为NO，确实是只计算了一个点，用之前的结果提高精度重算的。

ABetaCarw · 发表于 Post on 2017-9-8 16:02:30

本帖最后由 ABetaCarw 于 2017-9-8 18:50 编辑

卢老师好，我有一个不着边际的想法，想请老师打醒。
根据不同同一种物质的两种构象可以求出相应温度构象所占比例。那么一个“比较复杂”分子和别的分子反应时候，也有不同的接触方式，能不能用这种方式或者类似的理论也求出不同反应接触方式的比例。还是说，怎么接触根本就没有可以拟合的规律？
描述地很白话文，请见谅。

huaxuewuli · 发表于 Post on 2017-9-8 17:46:20

老师你好，我想问一下一个分子的过渡态结构已经知道（就是光解的中间产物），过渡态怎么优化？关键词是opt（ts，calcfc，noeigen），是直接优化最开始的分子还是优化已知结构的过渡态分子？

卡开发发 · 发表于 Post on 2017-9-8 17:48:29

火烈鸟小唐发表于 2017-9-8 14:54
首先谢谢老师啦
1、我计算的时候Options-Project out zero freq modes没有勾选，输出文件outmol里面没有 ...

Tools->Vibrational Analysis->Options->Project out zero freq modes勾选之后重新分析，看看是否还有虚频，这个选项就是把转动部分投影掉的。

卡开发发 · 发表于 Post on 2017-9-8 17:58:04

uchaoji58 发表于 2017-9-8 13:45
谢谢老师！
您看我这个想法是否可行。
1、因为一直用VASP算的都是有固定晶格结构的体系，对于有机分子 ...

1、可以，不过这样的做法更接近于QSPR，确实有很多人这么做了，并没有全面考虑全部的因素，需要注意固体即便考虑cluster应当仅仅只有振动贡献。但如果能够预测晶格，并且比较好地计算晶格形成自由能，文章档次稍有不同。
2、CH4溶解在水这样的过程很简单，你可以严格把平衡常数写出来，给定温度压力等条件，可以换算出对应的溶解度，这里不帮你算了，你可以算一下看看。溶剂化自由能我比较推荐使用M05-2X/6-31G*/SMD这样的方法，更好一些的话你可以参考http://sobereva.com/327。

uchaoji58 · 发表于 Post on 2017-9-8 18:45:38

卡开发发发表于 2017-9-8 17:58
1、可以，不过这样的做法更接近于QSPR，确实有很多人这么做了，并没有全面考虑全部的因素，需要注意固体 ...

好的，非常谢谢您！
这个我已经看过了，学到了很多，测试的时候遇到个问题：
按照文章里面， scrf(pcm, solvent=Generic read) 自选溶剂，再加上 Dis Rep Cav 加入非极性部分。但是最后结果SCF Done 里面与不加 Dis Rep Cav 的一样。是我那里出错了嘛？
厚颜再请教！

卡开发发 · 发表于 Post on 2017-9-8 20:49:58

uchaoji58 发表于 2017-9-8 18:45
好的，非常谢谢您！
这个我已经看过了，学到了很多，测试的时候遇到个问题：
按照文章里面， scrf(pcm ...

我建议溶剂化模型你还是按照博文用scrf=smd好了，也省得计算溶剂化能找麻烦。

unforgivable · 发表于 Post on 2017-9-8 23:43:39

ABetaCarw 发表于 2017-9-8 13:40
http://sobereva.com/336

谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-9 04:20:27

erya123 发表于 2017-9-8 11:15
找到了问题原因，只要把opt的关键词加上，温度、压强的参数设置就不起作用。只有freq的关键词，温度压强 ...

用temperature即便是opt freq也会正确地传到freq步骤去

dingniu2 · 发表于 Post on 2017-9-9 10:25:46

sob老师，请问g09的DFT计算，用multiwfn做波函数分析，需要用wfn文件的，我都用的fchk文件，这样可以吗？
（1）例如ESP、密度差、RDG、AIM、Fukui函数等？
（2）是不是所有的关于波函数分析，需要用wfn的情况用fchk都可以呢？
（3）有赝势的情况呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-9 12:45:01

dingniu2 发表于 2017-9-9 10:25
sob老师，请问g09的DFT计算，用multiwfn做波函数分析，需要用wfn文件的，我都用的fchk文件，这样可以吗？
...

把这个仔细看了就明白了
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379

erya123 · 发表于 Post on 2017-9-9 16:46:26

本帖最后由 erya123 于 2017-9-9 20:10 编辑

（1）如何确定优化完的两个分子其分子结构一致？看电子能量？选取几个键长、键角对比是否一致？不知道有什么软件没有？（2）一个结构在gaussian中如何仅仅判断它是一个minimum或者transition state？
谢谢老师！

lily19830130 · 发表于 Post on 2017-9-9 21:40:24

关于translation entropy的计算，whitesides提出的方法中提及下图所示的公式，但是不知道Vmolec（分子体积，p3826）是如何计算的？不知道有没有什么软件？

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-10 05:24:35

erya123 发表于 2017-9-9 16:46
（1）如何确定优化完的两个分子其分子结构一致？看电子能量？选取几个键长、键角对比是否一致？不知道有什 ...

在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
http://sobereva.com/290

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