计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

357

帖子

0

威望

2071

eV
积分
2428

Level 5 (御坂)

真 掘墓者

4231#
发表于 Post on 2017-8-27 17:27:52 | 只看该作者 Only view this author
使用了GenCP后,因为多了赝势基组,SMD自定义的溶剂不知道该往哪插好?现在的格式是
坐标
【空行】
C H N O 0
6-311G*
****
Cu 0
lanl2dz
****
【空行】
Cu 0
lanl2dz
【空行】
【空行】

请问SolventName=应该写在哪里,后边的Eps可以加个空格连写吗,还是必须另一行,以及书写SolventName完毕,下边是都需要空一行
圣诞刨坟忙

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125234

管理员

公社社长

4232#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-27 17:29:21 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2017-8-27 15:33
老师,重复文献的计算结构,能不能拿文献给出的结构再去优化?这样是不是就会优化到其它结构,而不会继续保 ...

看文献里给的数据有多详细。如果直接都给你了几何优化完的结构,直接用提供的结构来计算就行了,不用再优化。如果只是给了结构图,或者只是给了几个关键的变量,那么还是得重新优化,不过只要初始结构摆得和文章里相近,一般不会优化到其它极小点去。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125234

管理员

公社社长

4233#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-27 18:02:22 | 只看该作者 Only view this author
kyuu 发表于 2017-8-27 17:27
使用了GenCP后,因为多了赝势基组,SMD自定义的溶剂不知道该往哪插好?现在的格式是
坐标
【空行】

...
Cu 0
lanl2dz
【空行】
[各种溶剂设定,每个设定之间不空行]

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

357

帖子

0

威望

2071

eV
积分
2428

Level 5 (御坂)

真 掘墓者

4234#
发表于 Post on 2017-8-27 20:37:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 kyuu 于 2017-8-28 02:45 编辑

这么写,任务在读取溶剂设定后出现l301错误,应该是输入文件书写格式上的问题吧,问题出在哪呢
圣诞刨坟忙

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125234

管理员

公社社长

4235#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-27 23:08:06 | 只看该作者 Only view this author
kyuu 发表于 2017-8-27 20:37
这么写,任务在读取溶剂设定后出现l301错误,应该是输入文件书写格式上的问题吧,文件附上,问题出在哪呢


SolventName=my_custom_solvent Eps=35.55266 Epsinf=1.7646
应当写
SolventName=my_custom_solvent
Eps=35.55266
Epsinf=1.7646
另一方面,SMD计算必须牵扯计算非极性部分,而对于完全全新的自定义溶剂(即写了generic),非极性部分的参数是没法直接由用户定义的,没法计算。详见
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

357

帖子

0

威望

2071

eV
积分
2428

Level 5 (御坂)

真 掘墓者

4236#
发表于 Post on 2017-8-28 02:44:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-27 23:08
SolventName=my_custom_solvent Eps=35.55266 Epsinf=1.7646
应当写
SolventName=my_custom_solvent
...

恩,我一直以为极性部分贡献大,做混合溶剂忽略掉较小的非极性贡献也是没有办法的事情。
但模型换到PCM,后边加Dis,Rep,Cav,混合溶剂非极性那里就能定义了吗?这些参数也能按体积比线性计算?
圣诞刨坟忙

73

帖子

0

威望

144

eV
积分
217

Level 3 能力者

4237#
发表于 Post on 2017-8-28 15:41:12 | 只看该作者 Only view this author
请问sob 老师,shielding tensors , isotropic magnetic shielding values 和化学位移是什么关系,他们之间的值如何换算?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125234

管理员

公社社长

4238#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-28 16:22:32 | 只看该作者 Only view this author
qcn 发表于 2017-8-28 15:41
请问sob 老师,shielding tensors , isotropic magnetic shielding values 和化学位移是什么关系,他们之 ...

参考物质同种元素原子的isotropic magnetic shielding values减去自己研究的体系的原子的isotropic magnetic shielding values就是化学位移

计算NMR的时候shielding tensors直接输出出来,是3*3矩阵,isotropic magnetic shielding values是它的对角元的平均值。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125234

管理员

公社社长

4239#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-28 16:23:02 | 只看该作者 Only view this author
kyuu 发表于 2017-8-28 02:44
恩,我一直以为极性部分贡献大,做混合溶剂忽略掉较小的非极性贡献也是没有办法的事情。
但模型换到PCM ...


即便用PCM结合这三项,非极性部分的参数还是没法自定义(虽然也不是绝对没法自定义,但是那些定义选项在手册里没写,得读源码或者直接问开发者才能找到途径)。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

73

帖子

0

威望

144

eV
积分
217

Level 3 能力者

4240#
发表于 Post on 2017-8-28 16:30:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-28 16:22
参考物质同种元素原子的isotropic magnetic shielding values减去自己研究的体系的原子的isotropic magne ...

我看到一篇文献里计算出来的NMR和实验室很大,请问是什么问题?

$E]0$DUL}]H4VC_]TNPVZD6.png (87.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

$E]0$DUL}]H4VC_]TNPVZD6.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125234

管理员

公社社长

4241#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-28 16:41:08 | 只看该作者 Only view this author
qcn 发表于 2017-8-28 16:30
我看到一篇文献里计算出来的NMR和实验室很大,请问是什么问题?

计算流程问题、文献数据问题等
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

73

帖子

0

威望

144

eV
积分
217

Level 3 能力者

4242#
发表于 Post on 2017-8-28 16:46:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-28 16:41
计算流程问题、文献数据问题等

谢谢 sob 老师

95

帖子

0

威望

237

eV
积分
332

Level 3 能力者

4243#
发表于 Post on 2017-8-28 23:40:43 | 只看该作者 Only view this author
老师,网上搜到的关于gaussian的thermochemistry的pdf。其中,第10页第二行的(内能)Sum of electronic and thermal energies=ε0+Etot, 为什么不是ε0+ZEP+Etot?不是0K时的vibrational motion并不是零,而是ZPVE(zero point vibrational energy)=∑0.5hcν?不知道是不是描述清楚。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125234

管理员

公社社长

4244#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-28 23:43:22 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2017-8-28 23:40
老师,网上搜到的关于gaussian的thermochemistry的pdf。其中,第10页第二行的(内能)Sum of electronic an ...

那个文档用的符号不好。培训的ppt清晰得多

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

95

帖子

0

威望

237

eV
积分
332

Level 3 能力者

4245#
发表于 Post on 2017-8-29 00:05:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-28 23:43
那个文档用的符号不好。培训的ppt清晰得多

谢谢老师!刚要上传那个文件,您已经解答了。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-28 13:48 , Processed in 0.193980 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list