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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-10-19 13:38:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 kyuu 于 2017-10-19 14:08 编辑

有点纠结一个有机分子(90个原子左右,C,N,H,O,Cu)在溶剂化效应下的HOMO-LUMO gap的泛函选择问题,你看:
gap推荐 B3PW91, HSE06 ,基组想用def2-TZVP或者def2-TZVPP
SMD模型里推荐的是M05-2X/6-31G* 精度最高,但又说M06-2X通用性好点,适合懒人
结构优化对基组不大敏感,那方法选择上是偏gap还是偏溶剂化好些?不是很清楚溶剂化效应大不大。像gap这种的计算,如果相同方法但用不同基组(6-31G* 或6-311G**)对几种变体算出来的gap能量可比较吗
圣诞刨坟忙

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发表于 Post on 2017-10-19 15:33:38 | 只看该作者 Only view this author
老师,mulliken布局数和mulliken电荷是不是相反的一组概念?我是在《谈谈轨道成分的计算方法》(http://sobereva.com/131)中读到这样一句话:因此He原子的Mulliken布居数就是1.772。由于He的核电荷为2,因此它的Mulliken电荷是2-1.772=0.228,和Gaussian输出的一致。关于mulliken布局数和mulliken电荷的意义,不知道这样理解对不对?mulliken布局数反映的是离域电荷数,mullken电荷的意义是留在原子上的电荷。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-19 16:48:13 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2017-10-19 15:33
老师,mulliken布局数和mulliken电荷是不是相反的一组概念?我是在《谈谈轨道成分的计算方法》(http://sob ...

原子布居数是原子带的电子数。原子电荷是原子核电荷数减去原子布居数,体现的是原子带的净电量。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-19 16:49:19 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2017-10-19 13:15
如何计算某一轨道上的电子数?文献有这样的描述the population of the HOMO of Nicat moiety considerably  ...

按此文计算特定原子或片段所占的轨道成份,乘上轨道占据数就是这个轨道上属于那个原子或片段的电子数了
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-19 17:03:27 | 只看该作者 Only view this author
kyuu 发表于 2017-10-19 13:38
有点纠结一个有机分子(90个原子左右,C,N,H,O,Cu)在溶剂化效应下的HOMO-LUMO gap的泛函选择问题,你看:
...


溶剂里的溶质的gap本身也没有严格的精确不精确之说,毕竟HOMO-LUMO gap实验不可测,此时就用最常用的B3LYP/6-31G*结合隐式溶剂模型优化并同时得到HOMO-LUMO gap就行了。
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发表于 Post on 2017-10-19 22:11:51 | 只看该作者 Only view this author

看了老师的博文关于利用Multiwfn计算倾斜、扭曲环的NICS_ZZ, 几个问题不是很明白,  
2 (2).png (7.81 KB, 下载次数: 0)
下载附件
1
11 小时前 上传  
一、本征值与屏蔽张量的关系以及与XX、YY、ZZ的关系,二、G09计算出Bq的Iso值,是不是代表NICS(1)的值,  用G09输出的NMR结果如何得到NICS(1)_ZZ的值以及与Multiwfn软件结果的区别

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-19 22:45:15 | 只看该作者 Only view this author
weizheng007 发表于 2017-10-19 22:11
看了老师的博文关于利用Multiwfn计算倾斜、扭曲环的NICS_ZZ, 几个问题不是很明白,  
2 (2).png (7.81  ...


看不到附件。怎么上传看置顶的新人必读
建议在此文回帖中咨询http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=297
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发表于 Post on 2017-10-20 09:37:45 | 只看该作者 Only view this author

构型的优化

请问:使用Gaussian09计算有机分子在固相下的构型,光谱。输入文件怎么写呐?问的不恰当的地方  请多多指教指教!

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发表于 Post on 2017-10-20 09:44:03 | 只看该作者 Only view this author

频率 出现3个yes 1个no

我原来使用#p m062x/6-311g(d,p) opt freq        进行几何优化和频率计算,结果几何优化4个yes已经收敛,但是频率出现3个yes 1个no;然后按照sob老师说的,加上了tignt 和int=ultrafine,输入#p m62x/6-311g(d,p) opt=tight int=ultrafine freq    结果是优化收敛,但是频率还是出现3个yes 1个no
最后的频率计算部分显示如下:
Item               Value     Threshold  Converged? Maximum Force            0.000002     0.000015     YES
RMS     Force            0.000001     0.000010     YES
Maximum Displacement     0.000067     0.000060     NO
RMS     Displacement     0.000017     0.000040     YES
Predicted change in Energy=-8.568053D-11


这样的程度可以吗?

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发表于 Post on 2017-10-20 10:08:28 | 只看该作者 Only view this author
可以采用PCM模型,设置介电常数。

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发表于 Post on 2017-10-20 10:10:57 | 只看该作者 Only view this author
http://sobereva.com/278

先阅读此文,个人认为没什么问题了

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发表于 Post on 2017-10-20 10:29:59 | 只看该作者 Only view this author
让你变成回忆 发表于 2017-10-20 10:08
可以采用PCM模型,设置介电常数。

恩恩   好的   

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发表于 Post on 2017-10-20 11:40:52 | 只看该作者 Only view this author
我本是个娃娃 发表于 2017-10-20 10:10
http://sobereva.com/278

先阅读此文,个人认为没什么问题了

谢谢老师,那老师我原来的结果是下面这个
               Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.000027     0.000450     YES
RMS         Force            0.000008     0.000300     YES
Maximum Displacement   0.001937     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.000440     0.001200     YES
Predicted change in Energy=-3.073948D-08
这个是不是也可以接受,因为我原来的时候没有看清楚几何优化的结果,就直接用原来的几何优化的结构去计算的单点能,如果原来的结果可以接受的话,我就不用重新计算单点能了

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发表于 Post on 2017-10-20 14:28:06 | 只看该作者 Only view this author
长颈鹿先森 发表于 2017-10-20 11:40
谢谢老师,那老师我原来的结果是下面这个
               Item               Value     Threshold  Con ...

当然可以接受,仔细看文章

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发表于 Post on 2017-10-20 15:06:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-16 23:03
写int=ultrafine再试
本身B3LYP就比明尼苏达系列泛函通常要收敛更容易
更多的看

中午好,老师,写int=ultrafine今天收敛成功了,感谢老师!
再请问将泛函换成BHandHYLP或PBEO,请问为什么G03程序不能运行呢?

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