计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

195

帖子

0

威望

699

eV
积分
894

Level 4 (黑子)

4786#
发表于 Post on 2017-10-20 15:55:59 | 只看该作者 Only view this author
请问Sob老师,如何使用gaussian定量表征不同基团的电负性大小呀?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125252

管理员

公社社长

4787#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-20 17:48:28 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2017-10-20 15:55
请问Sob老师,如何使用gaussian定量表征不同基团的电负性大小呀?

对各个基团对应的片段计算Mulliken电负性,或者把基团连接到同一个片段上考察片段电荷
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125252

管理员

公社社长

4788#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-20 17:48:42 | 只看该作者 Only view this author
安衎然 发表于 2017-10-20 15:06
中午好,老师,写int=ultrafine今天收敛成功了,感谢老师!
再请问将泛函换成BHandHYLP或PBEO,请问为什 ...

手册里没写的泛函都不能直接写
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125252

管理员

公社社长

4789#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-20 17:55:20 | 只看该作者 Only view this author
阳光总在风雨后 发表于 2017-10-20 09:37
请问:使用Gaussian09计算有机分子在固相下的构型,光谱。输入文件怎么写呐?问的不恰当的地方  请多多指教 ...


严格计算需要做周期性计算,但是高斯PBC计算极慢,原子数稍微多点的体系根本没戏

如果把体系挖出一块团簇,将外层分子的原子冻结,只优化内层,倒也可以得到固相下的分子结构。但是没法严格得到光谱。某人回复的用PCM在这种场合根本没法用,固相外环境和各项同性溶剂环境差十万八千里,不要被他误导。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

195

帖子

0

威望

699

eV
积分
894

Level 4 (黑子)

4790#
发表于 Post on 2017-10-20 19:04:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-20 17:48
对各个基团对应的片段计算Mulliken电负性,或者把基团连接到同一个片段上考察片段电荷

Sob老师,可否提供较为详细的过程?

57

帖子

0

威望

181

eV
积分
238

Level 3 能力者

4791#
发表于 Post on 2017-10-20 20:36:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-20 17:48
手册里没写的泛函都不能直接写

G03手册里有写BHandHYLP,但不知道为什么不能运行。

27

帖子

0

威望

123

eV
积分
150

Level 3 能力者

4792#
发表于 Post on 2017-10-20 21:23:31 | 只看该作者 Only view this author

求助qst2的输入文件制作

如题,
1个HOOH分解为两个2个OH,用gaussion view画了出来,但是gjf文件怎么修改,多谢!
Title Card Required
0 1
H                  0.00000000    0.00000000    0.00000000
H                  0.00000000    0.00000000    2.15888860
O                  0.83124167    0.00000000    1.67864150
O                  0.64702877   -0.52183952    0.48024710
H                  0.47749960   -1.54145196   -1.32348185
H                  0.47749960   -1.54145196    0.83540675
O                  1.30874127   -1.54145196    0.35515965
O                  1.12452837   -2.06329148   -0.84323475
1 4 1.0
2 3 1.0
3 4 1.0
4
5 8 1.0
6 7 1.0
7
8
H                  3.38917758   -0.51067014    3.23833290
O                  4.03620635   -1.03250966    1.55969140

H                  3.38917758   -0.51067014    1.07944430
O                  4.22041925   -0.51067014    2.75808580


1 4 1.0
2 3 1.0
3
4


6 7 1.0
8

5 8 1.0
7 8 1.0




6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125252

管理员

公社社长

4793#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-21 00:27:09 | 只看该作者 Only view this author
18264109013 发表于 2017-10-20 21:23
如题,
1个HOOH分解为两个2个OH,用gaussion view画了出来,但是gjf文件怎么修改,多谢!
Title Card Req ...


把输入文件编辑好再帖
输入文件格式乱七八糟,怎么连接关系和原子坐标胡乱穿插在一起,还净是莫名其妙的空行

甭用QST2,用opt=TS省事得多

没有叫Gaussion view的程序,那叫GaussView或者gview
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125252

管理员

公社社长

4794#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-21 00:28:19 | 只看该作者 Only view this author
安衎然 发表于 2017-10-20 20:36
G03手册里有写BHandHYLP,但不知道为什么不能运行。

分明是BHandHLYP
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

27

帖子

0

威望

123

eV
积分
150

Level 3 能力者

4795#
发表于 Post on 2017-10-21 07:22:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 18264109013 于 2017-10-21 07:29 编辑
sobereva 发表于 2017-10-21 00:27
把输入文件编辑好再帖
输入文件格式乱七八糟,怎么连接关系和原子坐标胡乱穿插在一起,还净是莫名其妙 ...

多谢社长。opt=ts,这个需要过渡态结构不?现在要确定有没有过渡态,应该是没有,所以用TS合适吗?以上是我的菜鸟级猜测。如果合适的话,输入文件怎么写呢?

# opt=(ts,noeigentest,CalcFC) freq rb3lyp/6-31+g(d,p),用这个命令行行不?多谢!
Title Card Required
0 1
H              
H                  1            B1
O                  2            B2    1            A1
O                  3            B3    2            A2    1            D1    0
   B1             1.69341780
   B2             0.97277172
   B3             1.60534783
   A1            37.16068022
   A2           100.16189742
   D1           -46.95821329
用这个输入文件行不?

27

帖子

0

威望

123

eV
积分
150

Level 3 能力者

4796#
发表于 Post on 2017-10-21 07:40:21 | 只看该作者 Only view this author

gaussion能计算结合能吗

如题,gaussion能计算像xps测试的那样的结合能吗,能的话用什么关键字?

259

帖子

0

威望

851

eV
积分
1110

Level 4 (黑子)

4797#
发表于 Post on 2017-10-21 13:32:25 | 只看该作者 Only view this author
老师,关于分子轨道定域化,封继康老师在一篇文献中提到定域轨道的电子云实际上是遍及整个分子的电子在固定区域的平均表现(p22,倒数第二段),不知道目前对正则轨道的处理得到的定域轨道是否具有这样的意义?

正则分子轨道和定域分子轨道_从分子轨道理论_省略_解释CH_4分子中四个C_H键.pdf

252.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125252

管理员

公社社长

4798#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-21 14:32:30 | 只看该作者 Only view this author
18264109013 发表于 2017-10-21 07:40
如题,gaussion能计算像xps测试的那样的结合能吗,能的话用什么关键字?


是Gaussian,注意拼写
可以算。计算复合物能量减去两个片段各自的能量就是结合能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125252

管理员

公社社长

4799#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-21 14:34:07 | 只看该作者 Only view this author
18264109013 发表于 2017-10-21 07:22
多谢社长。opt=ts,这个需要过渡态结构不?现在要确定有没有过渡态,应该是没有,所以用TS合适吗?以上是 ...

需要提供过渡态的初猜结构
这种简单又很小的体系要确认有无过渡态,做个柔性扫描一看就清楚了。当然你也可以直接摆过渡态初猜,通常把原先要断的键拉长30~40%是比较合适的。
关键词没错。没必要加弥散。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125252

管理员

公社社长

4800#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-21 14:42:28 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-10-21 13:32
老师,关于分子轨道定域化,封继康老师在一篇文献中提到定域轨道的电子云实际上是遍及整个分子的电子在固定 ...


那种说法比较别扭,也没什么意思。强烈建议别看那些中文老文章(而且还是《大学化学》这种层次的,此类期刊涉及的量化的东西往往都是半民科的层次),建议看看JPC、PCCP、JCTC、JCC等期刊上的相关研究。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-28 21:25 , Processed in 0.209745 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list